Description
De RefSeq Genes track toont bekende menselijke eiwit-coderende en niet-eiwit-coderende genen uit de NCBI RNA reference sequencescollection (RefSeq). De gegevens die aan deze track ten grondslag liggen, worden wekelijks bijgewerkt.
Bezoek de Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) pagina om suggesties te doen, aanvullingen en correcties voor te leggen, of om hulp te vragen met betrekking tot RefSeq records.
Voor meer informatie over de verschillende genensporen, zie onze Genen FAQ.
Vergelijkingsconventies en configuratie
Deze track volgt de weergaveconventies voor andere voorspellingssporen.De kleurschakering geeft het niveau van herziening aan dat het RefSeq record heeft ondergaan: voorspeld (licht), voorlopig (medium), herzien (donker).
De itemlabels en weergavekleuren van kenmerken binnen deze track kunnen worden geconfigureerd met de knoppen bovenaan de pagina met de beschrijving van de track.
- Label: Standaard worden items gelabeld met de gennaam. Klik op de juiste Label-optie om de toetredingsnaam weer te geven in plaats van de gennaam, om zowel de gen- als de toetredingsnaam weer te geven, of om het label volledig uit te schakelen.
- Codon-kleuring: Dit spoor bevat een optionele codon coloring-feature waarmee gebruikers snel genvoorspellingen kunnen valideren en vergelijken.Om codon-kleuren weer te geven, selecteert u de genomische codons-optie uit hetColor track by codons pull-down menu. Voor meer informatie over dezefeature, ga naar de paginaKleur genvoorspellingen en annotaties per codon.
- Verberg niet-coderende genen: Standaard worden zowel de eiwit-coderende als de niet-eiwit-coderende genen weergegeven. Als u alleen de coderende genen wilt zien, klikt u op dit vakje.
Methods
RefSeq RNA’s werden met BLAT uitgelijnd tegen het menselijk genoom. Degenen met een uitlijning van minder dan 15% werden verwijderd. Wanneer een enkel RNA op meerdere plaatsen uitgelijnd was, werd de uitlijning met de hoogste basisidentiteit geïdentificeerd. Alleen uitlijningen met een basisidentiteit binnen 0.1% van de beste en ten minste 96% basisidentiteit met de genoomsequentie werden behouden.
Credits
Dit spoor werd geproduceerd bij UCSC uit RNA-sequentiegegevens gegenereerd door wetenschappers over de hele wereld en gecureerd door het NCBIRefSeq project.
Kent WJ.BLAT – het BLAST-achtige uitlijningstool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018