Beskrivelse
RefSeq Genes-sporet viser kendte menneskelige protein-kodende og ikke-protein-kodende gener fra NCBI RNA-referencesamling (RefSeq). De data, der ligger til grund for dette spor, opdateres ugentligt.
Besøg venligst siden Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) for at komme med forslag, indsende tilføjelser og rettelser eller bede om hjælp vedrørende RefSeq-poster.
For yderligere oplysninger om de forskellige genspor, se vores Genes FAQ.
Visningskonventioner og konfiguration
Dette spor følger visningskonventionerne for genforudsigelsesspor.Farveskyggen angiver det niveau af gennemgang, som RefSeq-posten har gennemgået: forudsagt (lys), foreløbig (medium), gennemgået (mørk).
Etiketterne og visningsfarverne for funktioner i dette spor kan konfigureres ved hjælp af kontrolelementerne øverst på siden med sporbeskrivelse.
- Etiket: Som standard er elementer mærket med gennavn. Klik på den relevante Label-indstilling for at vise accession-navnet i stedet for gennavnet, vise både gen- og accession-navnet eller slå labelet helt fra.
- Kodonfarvning: Dette spor indeholder en valgfri kodonfarvefunktion, der gør det muligt for brugerne hurtigt at validere og sammenligne genforudsigelser.Hvis du vil vise kodonfarver, skal du vælge den genomiske kodonindstilling i rullemenuenColor track by codons (Farve spor efter kodoner). Du kan få flere oplysninger om denne funktion ved at gå til siden Farvning af genforudsigelser og annotationer efter kodon.
- Skjul ikke-kodende gener: Som standard vises både de protein-kodende og ikke-protein-kodende gener. Hvis du kun ønsker at se de kodende gener, skal du klikke på dette felt.
Metoder
RefSeq RNA’er blev afstemt mod det menneskelige genom ved hjælp af BLAT. De med en tilpasning på under 15 % blev udelukket. Når et enkelt RNA blev afstemt flere steder, blev den afstemt med den højeste baseidentitet identificeret. Kun tilpasninger med et baseidentitetsniveau inden for 0,1% af det bedste og mindst 96% baseidentitet med genomsekvensen blev beholdt.
Kreditter
Dette spor blev produceret på UCSC fra RNA-sekvensdata genereret af forskere fra hele verden og kurateret af NCBIRefSeq-projektet.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018