Beschreibung
Der RefSeq Genes Track zeigt bekannte menschliche proteinkodierende und nicht-proteinkodierende Gene aus der NCBI RNA Referenzsequenzsammlung (RefSeq). Die Daten, die diesem Track zugrunde liegen, werden wöchentlich aktualisiert.
Besuchen Sie bitte die Seite Feedback für Gene und Referenzsequenzen (RefSeq), um Vorschläge zu machen, Ergänzungen und Korrekturen einzureichen oder um Hilfe zu den RefSeq-Datensätzen zu bitten.
Weitere Informationen zu den verschiedenen Gen-Tracks finden Sie in unseren Genes-FAQ.
Anzeigekonventionen und Konfiguration
Dieser Track folgt den Anzeigekonventionen für die Vorhersage-Tracks.Die Farbschattierung zeigt den Grad der Überprüfung des RefSeq-Datensatzes an: vorhergesagt (hell), vorläufig (mittel), überprüft (dunkel).
Die Elementbeschriftungen und die Anzeigefarben der Merkmale in dieser Spur können über die Steuerelemente am oberen Rand der Spurbeschreibungsseite konfiguriert werden.
- Beschriftung: Standardmäßig werden die Elemente mit dem Gennamen beschriftet. Klicken Sie auf die entsprechende Beschriftungsoption, um den Zugangsnamen anstelle des Gennamens anzuzeigen, sowohl den Gen- als auch den Zugangsnamen anzuzeigen oder die Beschriftung vollständig zu deaktivieren.
- Codonfärbung: Um Codonfarben anzuzeigen, wählen Sie die Option Genomische Codons aus dem Pulldown-Menü Spur nach Codons einfärben. Weitere Informationen zu dieser Funktion finden Sie auf der SeiteGenvorhersagen und Anmerkungen nach Codon färben.
- Nicht codierende Gene ausblenden: Standardmäßig werden sowohl die proteinkodierenden als auch die nicht-proteinkodierenden Gene angezeigt. Wenn Sie nur die kodierenden Gene sehen möchten, klicken Sie auf dieses Feld.
Methoden
RefSeq-RNAs wurden mit BLAT am menschlichen Genom ausgerichtet. RNAs mit einem Alignment von weniger als 15 % wurden aussortiert. Wenn eine einzelne RNA an mehreren Stellen ausgerichtet wurde, wurde die Ausrichtung mit der höchsten Basenidentität identifiziert. Nur Alignments mit einer Basenidentität innerhalb von 0,1 % der besten und mindestens 96 % Basenidentität mit der genomischen Sequenz wurden beibehalten.
Credits
Dieser Track wurde am UCSC aus RNA-Sequenzdaten erstellt, die von Wissenschaftlern weltweit generiert und vom NCBIRefSeq-Projekt kuratiert wurden.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018