Popis
Sledování RefSeq Genes zobrazuje známé lidské geny kódující a nekódující proteiny převzaté ze sbírky referenčních sekvencí RNA NCBI (RefSeq). Data, na nichž je tato stopa založena, jsou aktualizována každý týden.
Navštivte prosím stránku Zpětná vazba pro geny a referenční sekvence (RefSeq), kde můžete podávat návrhy, zasílat doplňky a opravy nebo požádat o pomoc týkající se záznamů RefSeq.
Další informace o různých stopách genů naleznete na stránce Často kladené dotazy ke genům.
Konvence zobrazení a konfigurace
Tato stopa se řídí konvencemi zobrazení pro ostatní predikční stopy.Barevné stínování označuje úroveň revize, kterou záznam RefSeq prošel: predikovaný (světlý), předběžný (střední), revidovaný (tmavý).
Značky položek a barvy zobrazení funkcí v této stopě lze nastavit pomocí ovládacích prvků v horní části stránky s popisem stopy.
- Popisek: Ve výchozím nastavení jsou položky označeny názvem genu. Kliknutím na příslušnou volbu Štítek zobrazíte místo názvu genu název přírůstku, zobrazíte název genu i přírůstku nebo štítek zcela vypnete.
- Podbarvení kodonů: Chcete-li zobrazit barvy kodonů, vyberte možnost genomické kodony z rozbalovací nabídkyBarva stopy podle kodonů. Další informace o této funkci naleznete na stránceBarvení genových predikcí a anotací podle kodonů.
- Skrýt nekódující geny: Ve výchozím nastavení se zobrazují jak geny kódující proteiny, tak geny nekódující proteiny. Pokud si přejete zobrazit pouze kódující geny, klikněte na toto políčko.
Metody
RefSeq RNA byly srovnány s lidským genomem pomocí BLAT. Ty, jejichž zarovnání bylo menší než 15 %, byly vyřazeny. Pokud byla jedna RNAzarovnána na více místech, bylo určeno zarovnání s nejvyšší identitou bází. Ponechána byla pouze zarovnání s úrovní identity bází do 0,1 % nejlepšího a s alespoň 96% identitou bází s genomovou sekvencí.
Kredity
Tato stopa byla vytvořena na UCSC z dat sekvencí RNA generovaných vědci z celého světa a kurátorovaných projektem NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – nástroj pro zarovnání podobný BLAST.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.