Opis
Ścieżka RefSeq Genes pokazuje znane ludzkie geny kodujące białka i niekodujące białek, pobrane z kolekcji sekwencji referencyjnych NCBI RNA (RefSeq). Dane leżące u podstaw tej ścieżki są aktualizowane co tydzień.
Proszę odwiedzić stronę Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) page tomake suggestions, submit additions and corrections, or ask for help concerningRefSeq records.
Więcej informacji na temat różnych ścieżek genów można znaleźć w naszym Genes FAQ.
Konwencje wyświetlania i konfiguracja
Ta ścieżka jest zgodna z konwencjami wyświetlania dla ścieżek przewidywania genów.Kolor cieniowania wskazuje poziom przeglądu rekordu RefSeq: przewidywany (jasny), tymczasowy (średni), przejrzany (ciemny).
Etykiety pozycji i kolory wyświetlania cech w tej ścieżce można skonfigurować za pomocą kontrolek na górze strony opisu ścieżki.
- Etykieta: Domyślnie elementy są oznaczane według nazwy genu. Kliknij odpowiednią opcję Etykieta, aby wyświetlić nazwę akcesji zamiast nazwy genu, pokazać zarówno nazwę genu, jak i akcesji lub całkowicie wyłączyć etykietę.
- Kolorowanie kodonów: Ta ścieżka zawiera opcjonalną funkcję kolorowania kodonów, która pozwala użytkownikom na szybkie sprawdzenie poprawności i porównanie przewidywań genów.Aby wyświetlić kolory kodonów, wybierz opcję kodonów genomowych z menu rozwijanego Koloruj ścieżkę według kodonów. Aby uzyskać więcej informacji na temat tej funkcji, przejdź do strony Kolorowanie przewidywań genów i adnotacji według kodonów.
- Ukryj geny niekodujące: Domyślnie wyświetlane są zarówno geny kodujące białka, jak i niekodujące białek. Jeśli chcesz zobaczyć tylko geny kodujące, kliknij to pole.
Metody
RefSeq RNA zostały wyrównane do ludzkiego genomu przy użyciu BLAT. Odrzucono te, których wyrównanie wynosiło mniej niż 15%. Gdy pojedyncze RNA dopasowywano w wielu miejscach, identyfikowano dopasowanie o najwyższej identyczności bazowej. Zachowano tylko dopasowania mające poziom identyczności bazowej w granicach 0,1% najlepszego i co najmniej 96% identyczności bazowej z sekwencją genomową.
Credits
Ta ścieżka została stworzona w UCSC z danych o sekwencjach RNA wygenerowanych przez naukowców z całego świata i kuratorowanych przez projekt NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.