Beskrivning
Spåret RefSeq Genes visar kända humana proteinkodande och icke-proteinkodande gener från NCBI:s samling av referenssekvenser för RNA (RefSeq). De data som ligger till grund för detta spår uppdateras varje vecka.
Besök sidan Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) för att komma med förslag, skicka in tillägg och korrigeringar eller be om hjälp angående RefSeq-poster.
För mer information om de olika genspåren, se vår FAQ om gener.
Displaykonventioner och konfiguration
Det här spåret följer de visningskonventioner som gäller för genetiska prediktionsspår.Färgskuggningen anger vilken granskningsnivå RefSeq-posten har genomgått: förutspådd (ljus), provisorisk (medium), granskad (mörk).
Etiketterna och visningsfärgerna för funktionerna i det här spåret kan konfigureras med hjälp av kontrollerna högst upp på sidan för spårbeskrivning.
- Etikett: Som standard märks objekt med gennamn. Klicka på lämpligt etikettalternativ för att visa accessionsnamnet i stället för gennamnet, visa både gen- och accessionsnamn eller stänga av etiketten helt och hållet.
- Kodonfärgning: Det här spåret innehåller en valfri funktion för kodonfärgning som gör det möjligt för användare att snabbt validera och jämföra genförutsägelser.Om du vill visa kodonfärger väljer du alternativet genomiska kodoner från rullgardinsmenynColor track by codons (Färga spåret efter kodoner). Mer information om den här funktionen finns på sidan Färgläggning av genförutsägelser och kommentarer efter kodon.
- Dölj icke-kodande gener: Som standard visas både proteinkodande och icke-proteinkodande gener. Om du vill se endast de kodande generna klickar du på den här rutan.
Metoder
RefSeq RNAs anpassades mot det mänskliga genomet med hjälp av BLAT. De med en anpassning på mindre än 15 % valdes bort. När ett enskilt RNA anpassades på flera ställen identifierades den anpassning som hade den högsta basidentiteten. Endast anpassningar med en basidentitet inom 0,1 % av den bästa och minst 96 % basidentitet med genomsekvensen behölls.
Krediter
Denna spår producerades vid UCSC från RNA-sekvensdata som genererats av forskare över hela världen och som kurerats av NCBIRefSeq-projektet.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.