Descriere
Pistele RefSeq Genes prezintă gene umane cunoscute, codificatoare de proteine și non-codificatoare de proteine, preluate din colecția de secvențe de referință NCBI RNA (RefSeq). Datele care stau la baza acestei piste sunt actualizate săptămânal.
Vă rugăm să vizitați pagina Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) pentru a face sugestii, pentru a trimite adăugiri și corecții sau pentru a cere ajutor cu privire la înregistrările RefSeq.
Pentru mai multe informații despre diferitele piste de gene, consultați FAQ Genes.
Display Conventions and Configuration
Această pistă urmează convențiile de afișare pentru pistele de predicție genetică.Umbrirea culorilor indică nivelul de revizuire la care a fost supusă înregistrarea RefSeq: predicted (ușoară), provisională (medie), revizuită (întunecată).
Etichetele elementelor și culorile de afișare ale elementelor din cadrul acestei piste pot fi configurate prin intermediul comenzilor din partea de sus a paginii de descriere a pistei.
- Label: În mod implicit, elementele sunt etichetate după numele genei. Faceți clic pe opțiunea corespunzătoare Label (Etichetă) pentru a afișa numele de acces în locul numelui genei, pentru a afișa atât numele genei, cât și numele de acces, sau pentru a dezactiva complet eticheta.
- Codon coloring: Această pistă conține o funcție opțională de colorare a codonilor care permite utilizatorilor să valideze și să compare rapid predicțiile genice.Pentru a afișa culorile codonilor, selectați opțiunea codoni genomici din meniul derulantColor track by codons. Pentru mai multe informații despre această funcție, accesați paginaColoring Gene Predictions and Annotations by Codon (Colorarea predicțiilor și adnotărilor de gene după codon).
- Hide non-coding genes: În mod implicit, sunt afișate atât genele codificatoare de proteine, cât și cele necodificatoare de proteine. Dacă doriți să vedeți numai genele codificatoare, faceți clic pe această casetă.
Methods
RefSeq RNAs were aligned against the human genome using BLAT. Celecu o aliniere mai mică de 15% au fost eliminate. Atunci când un singur ARN s-a aliniat în mai multe locuri, a fost identificată alinierea care avea cea mai mare identitate de bază. Au fost păstrate doar alinierile care aveau un nivel de identitate de bază în limita a 0,1% din cea mai bună și cel puțin 96% identitate de bază cu secvența genomică.
Credințe
Acest track a fost produs la UCSC din date de secvențe de ARN generate de oameni de știință din întreaga lume și curatoriate de proiectul NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.