Descrição
A faixa RefSeq Genes mostra genes codificadores de proteínas humanas conhecidas e genes não codificadores de proteínas extraídos da NCBI RNA sequências de referência (RefSeq). Os dados subjacentes a esta faixa são atualizados semanalmente.
Please visit the Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) page tomake suggestions, submit additions and corrections, or ask for help concerningRefSeq records.
Para mais informações sobre as diferentes faixas de genes, veja nossa FAQ Genes.
Display Conventions and Configuration
Esta faixa segue as convenções de exibição de faixas de predição perdoadas.O sombreamento de cores indica o nível de revisão do registro RefSeq hasundergone: previsto (claro), provisório (médio), revisto (escuro).
As etiquetas dos itens e as cores de exibição das características dentro desta faixa podem ser configuradas através dos controles no topo da página de descrição da faixa.
- Rótulo: Por padrão, os itens são etiquetados pelo nome do gene. Clique na opção Label apropriada para exibir o nome de acesso em vez do nome do gene, mostrar tanto o gene quanto os nomes de acesso, ou desligar o rótulo completamente.
- Coloração do códon: Esta faixa contém um recurso opcional de coloração de códão que permite aos usuários validar e comparar rapidamente as previsões genéticas. Para exibir as cores do códão, selecione a opção de códões genômicos no menu suspenso “Puxar Códão por Códão”. Para mais informações sobre este recurso, vá para a página Predições e Anotações de Gene por Códão.
- Ocultar genes não-codificadores: Por padrão, tanto os genes codificadores de proteínas como os genes não codificadores de proteínas são exibidos. Se você deseja ver apenas os codinggenes, clique nesta caixa.
Métodos
RefSeq RNAs foram alinhados contra o genoma humano usando BLAT. Estes, com um alinhamento inferior a 15%, foram descartados. Quando um único RNAalinhado em vários lugares, o alinhamento com a maior identidade de base foi identificado. Somente os alinhamentos com um nível de identidade base dentro de 0,1% do melhor e pelo menos 96% da identidade base com a seqüência genômica foram mantidos.
Credits
Esta faixa foi produzida na UCSC a partir de dados de seqüência de RNA gerados por cientistas de todo o mundo e curados pelo projeto NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – a ferramenta de alinhamento do tipo BLAST.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: uma atualização sobre sequências de referência de mamíferos.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018