Description
A RefSeq Genes track az NCBI RNS referenciaszekvenciagyűjteményéből (RefSeq) származó ismert emberi fehérjekódoló és nem fehérjekódoló géneket mutatja. A pálya alapjául szolgáló adatokat hetente frissítjük.
Kérje a Gén- és referenciaszekvenciák (RefSeq) visszajelzése oldalra, hogy javaslatokat tegyen, kiegészítéseket és javításokat küldjön, vagy segítséget kérjen a RefSeq rekordokkal kapcsolatban.
A különböző génpályákkal kapcsolatos további információkért lásd a Gén GYIK-et.
Kijelzési konvenciók és konfiguráció
Ez a pálya az általános predikciós pályák megjelenítési konvencióit követi.A színárnyalat azt jelzi, hogy a RefSeq rekord milyen szintű felülvizsgálaton ment keresztül: predicted (világos), provisional (közepes), reviewed (sötét).
A pályán belüli jellemzők elemcímkéi és megjelenítési színei a pálya leíró oldalának tetején található vezérlőkkel konfigurálhatók.
- Címke: Alapértelmezés szerint az elemek feliratozása génnév szerint történik. Kattintson a megfelelő Címke opcióra a génnév helyett a hozzáférési név megjelenítéséhez, a gén és a hozzáférési név megjelenítéséhez, vagy a címke teljes kikapcsolásához.
- Kódon színezés: Ez a sáv tartalmaz egy opcionális kodonszínezési funkciót, amely lehetővé teszi a felhasználók számára a génjóslások gyors validálását és összehasonlítását.A kodonok színének megjelenítéséhez válassza a genomi kodonok opciót aSáv színezése kodonok szerint lehúzható menüből. További információt erről a funkcióról a Gén-előrejelzések és megjegyzések színezése kodonok szerint oldalon talál.
- Nem kódoló gének elrejtése: Alapértelmezés szerint mind a fehérjekódoló, mind a nem fehérjekódoló gének megjelennek. Ha csak a kódoló géneket szeretné látni, kattintson erre a négyzetre.
Módszerek
A RefSeq RNS-eket BLAT segítségével igazítottuk a humán genomhoz. Azokat, amelyeknél az összehangolás mértéke 15%-nál kisebb volt, elvetettük. Ha egyetlen RNS több helyen is igazodott, a legmagasabb bázisazonosságú igazítást azonosították. Csak a legjobbtól 0,1%-on belüli bázisazonosságú és a genomi szekvenciával legalább 96%-os bázisazonosságú illesztéseket tartották meg.
Credits
Ez a pálya az UCSC-ben készült a tudósok által világszerte generált és az NCBIRefSeq projekt által kurátorként kezelt RNS-szekvencia adatokból.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.