Onderzoekers kunnen kiezen tussen verschillende LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy) systemen die in bepaalde opzichten van elkaar verschillen, maar die alle de volgende hoofdkenmerken hebben: in tegenstelling tot confocale of breedveld fluorescentiemicroscopie wordt slechts een dun deel van het preparaat door een lichtvel belicht. Een ander belangrijk verschil is de scheiding van de optische paden voor verlichting en detectie. Om de meting van onscherpe fluorescentie te vermijden, wordt het uitgezonden licht gedetecteerd op een andere as dan de belichting (bv. orthogonaal). Hierdoor wordt onnodige out-of-focus fluorescentie niet geëxciteerd, waardoor fotobleaching en fotoschade in gebieden die op dat moment niet worden gescand, worden voorkomen. Ten slotte is met LSFM, het beeld wordt gemaakt door het scannen van een vlak van licht (optische doorsnijden), in plaats van punt voor punt, die aanzienlijk verhoogt de scansnelheid in vergelijking met confocale microscopie.
Deze voordelen-verminderde cellulaire stress, achtergrond fluorescentie, en het tijdverbruik-zijn vooral belangrijk bij het doen van 3D live cell imaging van gevoelige biologische monsters.