I ricercatori possono scegliere tra diversi sistemi LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy) che differiscono in alcuni aspetti ma hanno tutti le seguenti caratteristiche principali: in contrasto con la microscopia confocale o la microscopia a fluorescenza widefield solo una sezione sottile del campione è illuminata da un foglio luminoso. Un’altra differenza importante è la separazione dei percorsi ottici di illuminazione e rilevamento. Per evitare la misurazione della fluorescenza fuori fuoco, la luce emessa viene rilevata su un asse diverso dall’illuminazione (per esempio, ortogonale). In questo modo, la fluorescenza fuori fuoco non necessaria non viene eccitata, il che impedisce il photobleaching e il fotodanneggiamento nelle regioni che non vengono attualmente scansionate. Infine, con LSFM, l’immagine viene creata dalla scansione di un piano di luce (sezionamento ottico), invece di punto per punto, che aumenta notevolmente la velocità di scansione rispetto alla microscopia confocale.
Questi vantaggi – stress cellulare ridotto, fluorescenza di fondo e consumo di tempo – sono particolarmente importanti quando si fa l’imaging 3D di cellule vive di campioni biologici sensibili.