Avant le départ de la course, plusieurs voitures ont dû passer à l’arrière du peloton : changement de moteur pour le poleur Greg Biffle, Ryan Newman, Ricky Craven et le vainqueur de la course 1990 Derrike Cope. La recrue et débutant en Sprint Cup Scott Riggs est parti de l’arrière dans une voiture de secours. Cela signifie que le gagnant du Duel Gatorade #1, Dale Earnhardt, Jr, a pris la première place de départ et a mené les premiers tours.
Mark Martin, qui sort d’une saison décevante l’année dernière, quitte la course avec un moteur explosé au 8e tour, ce qui entraîne le premier avertissement. Au 26e tour, son coéquipier de l’écurie Roush Racing, Jeff Burton, le rejoint au garage, lui aussi victime d’une panne moteur. Kevin Harvick a effectué le premier changement de leader au 30e tour. Quatre tours plus tard, Cope fait un tête-à-queue dans le virage 4 et récupère Scott Riggs, ce qui déclenche le deuxième avertissement. Après la première série d’arrêts au stand sous le drapeau vert, Tony Stewart prend la tête. Lui et Jimmie Johnson se l’échangent à quelques reprises tout en naviguant entre les voitures en retard (la plupart d’entre elles étaient à la » queue » du tour de tête, étant donné que l’accident du 34e tour s’est produit pendant les arrêts aux puits) avant que Earnhardt, Jr. ne reprenne la tête.
Au 60e tour, le troisième avertissement est lancé lorsque Rusty Wallace, Ken Schrader et Jeff Green s’écrasent sur le backstretch. Après le redémarrage, Stewart et Earnhardt, Jr. se sont tous deux battus pour la tête jusqu’à ce qu’un énorme accident se produise dans la ligne droite arrière au 71e tour. Les rookies Brian Vickers et Johnny Sauter sont entrés en contact, ramassant Marlin, Newman, Michael Waltrip, John Andretti, Kevin Lepage, Terry Labonte, Johnny Benson Jr, Scott Riggs, Robby Gordon et Jamie McMurray. C’est Waltrip qui a le plus souffert, car sa voiture est allée dans l’herbe du terrain. Le frottement, combiné au fait que les pluies qui avaient emporté la course Busch la veille, ont fait que la jante du pneu s’est enfoncée dans l’herbe du champ intérieur. La voiture s’est retournée trois fois, a soulevé beaucoup de terre et s’est arrêtée sur son toit. Un retard temporaire sous un long avertissement (bien que la course n’ait pas été signalée par un drapeau rouge) s’ensuit alors que les équipes de secours se demandent s’il faut ou non redresser la voiture de Waltrip avant de l’extraire. La situation a été exacerbée en raison de la taille de Waltrip.
Jeff Gordon menait le peloton lors du redémarrage au 81e tour. Des tours, 81 à 200 ont été courus sans avertissement. Les principaux concurrents durant la seconde moitié de la course étaient encore Stewart et Earnhardt, Jr, qui ont mené ensemble 101 des 120 derniers tours. Ce sont les deux voitures les plus fortes de la journée, puisqu’elles mènent pendant plus de 156 tours (98 par Stewart et 56 par Earnhardt, Jr.). Lorsque les leaders se sont arrêtés au 137e tour, Sauter (qui avait cinq tours de retard après les dommages subis par sa voiture lors de l’accident du 71e tour) a essayé de se mettre au stand avec eux mais a eu des problèmes de freinage évidents. Il a dû faire un écart pour éviter Kurt Busch (qui avait un tour de retard après avoir percé un pneu lors d’un contact avec Earnhardt Jr. plus tôt dans la course) et a traversé la voie des stands à plus de 100 mph. Sagement, il n’a pas essayé de s’arrêter dans son box et a fait le tour de la piste pour essayer à nouveau. Sa pénalité pour excès de vitesse l’a fait reculer davantage. Lors de la dernière série d’arrêts au stand avec le drapeau vert, à environ 30 tours de l’arrivée, Biffle a essayé de gagner du terrain sur les leaders à l’entrée des stands, mais il était de toute évidence plus rapide que le groupe de voitures qui roulait à la vitesse de la voie des stands. Il est passé derrière eux avant de s’arrêter, mais sa pénalité pour excès de vitesse l’a écarté du Top 10 et de la lutte pour la victoire.
Lorsque les derniers arrêts aux stands sous le drapeau vert ont été effectués, la recrue Scott Wimmer de Bill Davis Racing était en tête. L’équipe n’avait changé que les pneus du côté droit, le faisant passer d’une probable septième ou huitième place à une chance de gagner. Malheureusement, il n’avait pas de partenaire de drafting et a été rattrapé par les plus rapides Stewart et Earnhardt, Jr. à 25 tours de l’arrivée. Earnhardt Jr. dépasse Stewart au 181e tour et le tient à distance dans les derniers tours pour remporter sa première victoire aux Daytona 500. Earnhardt, Jr. a remporté la course exactement trois ans après l’accident mortel de son père dans le dernier tour de la course de 2001, où Waltrip avait remporté sa première course, qui est elle-même survenue trois ans après la victoire d’Earnhardt dans la course de 1998.
Ce modèle d’un pilote ayant un certain lien avec Earnhardt, Jr. remportant le Daytona 500 tous les trois ans (depuis la victoire d’Earnhardt, Sr. en 1998) s’est poursuivi. Kevin Harvick, qui a remplacé Earnhardt après sa mort, a remporté la course de 2007 en battant de justesse Mark Martin. Jamie McMurray, qui pilote pour Earnhardt Ganassi, a remporté la course de 2010. Jimmie Johnson, pilote de Hendrick Motorsports (équipe dans laquelle se trouvait Earnhardt Jr. à l’époque), a remporté la course de 2013, bien que Earnhardt Jr. ait été 2e de cette course et qu’il ait remporté la course de 2014, juste dix ans plus tard.