A futam rajtja előtt több autónak is a mezőny végére kellett kerülnie: motorcserét hajtott végre a pole-ból induló Greg Biffle, Ryan Newman, Ricky Craven és az 1990-es futam győztese, Derrike Cope. Az újonc és Sprint Kupa-debütáns Scott Riggs hátulról indult egy tartalék autóval. Ez azt jelentette, hogy a Gatorade Duel #1 győztese, Dale Earnhardt, Jr. vette át az első rajtkockát, és vezette az első köröket.
A tavalyi kiábrándító szezonból érkező Mark Martin a 8. körben motorhibával kiszállt a versenyből, ami az első figyelmeztetést vonta maga után. A 26. körben Roush Racing csapattársa, Jeff Burton csatlakozott hozzá a garázsban, szintén motorhibával. Az első vezetőcserét Kevin Harvick hajtotta végre a 30. körben. Négy körrel később Cope megpördült a 4-es kanyarban, és elkapta Scott Riggs-et; ez a második figyelmeztető jelzést jelentette. A zöld zászlós boxkiállások első körét követően Tony Stewart vette át a vezetést. Ő és Jimmie Johnson néhányszor váltották egymást, miközben a lekörözött autókat navigálták (a legtöbbjük a vezető kör “végén” volt, tekintve, hogy a 34. körben történt baleset a boxkiállás alatt történt), mielőtt Earnhardt, Jr. visszaszerezte a vezetést.
A 60. körben a harmadik figyelmeztetés következett, amikor Rusty Wallace, Ken Schrader és Jeff Green ütközött a hátsó pályán. Az újraindítás után Stewart és Earnhardt, Jr. is küzdött a vezetésért, amíg a 71. körben egy hatalmas baleset történt a hátsó egyenesben. Ez akkor kezdődött, amikor az újonc Brian Vickers és Johnny Sauter érintkeztek, és begyűjtötték Marlint, Newmant, az 500-as címvédő Michael Waltripet, John Andrettit, Kevin Lepage-t, Terry Labontét; Johnny Benson, Jr-t; Scott Riggst, Robby Gordont és Jamie McMurrayt. Waltrip kapta a legrosszabbul, mivel az autója a pálya füvére zuhant. A súrlódás, valamint az a tény, hogy az előző napi Busch-futamot elmosta az eső, azt okozta, hogy a gumiabroncs felnije beleásta magát a pálya füvébe. Az autó háromszor felborult, rengeteg földet rúgott fel, és a tetején állt meg. Egy hosszú figyelmeztető jelzés alatt (bár a verseny nem volt piros zászlós) átmeneti késés következett, mivel a mentőcsapatok azon vitatkoztak, hogy Waltrip autóját felállítsák-e vagy sem, mielőtt kiszabadítják. A helyzetet Waltrip mérete súlyosbította.
Jeff Gordon vezette a mezőnyt a 81. körös újraindításnál. A 81. körtől a 200. körig figyelmeztetésmentesen futottak. A verseny második felében a fő versenytársak továbbra is Stewart és Earnhardt Jr. voltak, akik együttesen 101-et vezettek az utolsó 120 körből. Ők voltak a nap két legerősebb autója, hiszen több mint 156 kört vezettek (98-at Stewart és 56-ot Earnhardt, Jr.). Amikor a vezetők a 137. körben kiálltak a boxba, Sauter (aki öt kör hátrányban volt, miután a 71. körben történt balesetben megsérült az autója) megpróbált velük együtt a boxba menni, de nyilvánvaló fékezési problémái voltak. Kénytelen volt kitérni, hogy elkerülje Kurt Busch-t (aki egy kör hátrányban volt, miután a verseny korábbi szakaszában az ifjabb Earnhardt-tal történt ütközése miatt kilyukadt a gumija), és több mint 100 mérföld/órás sebességgel repült át a boxutcán. Bölcsen tette, hogy nem próbált megállni a boxában, és körbejött a pályán, hogy újra megpróbálja. A gyorshajtási büntetése miatt még hátrébb esett. A zöld zászlós boxkiállások utolsó körében, körülbelül 30 körrel a vége előtt Biffle megpróbált felzárkózni az élen állókhoz a boxbejáratnál, de elég nyilvánvalóan gyorsabb volt, mint a boxutcai sebességgel haladó autócsapat. A boxkiállás előtt lemaradt mögöttük, de a gyorshajtási büntetése miatt kiesett a top 10-ből és a győzelemért folytatott versenyből.
Az utolsó zöld zászlós boxkiállás végeztével az újonc Scott Wimmer (Bill Davis Racing) állt az élen. A csapat csak a jobb oldali gumikat cserélte le, ami a hetedik vagy nyolcadik helyről a győzelemre esélyessé tette őt. Sajnos nem volt draftoló partnere, és 25 körrel a vége előtt utolérte a gyorsabb Stewart és Earnhardt Jr. Earnhardt, Jr. a 181. körben megelőzte Stewartot, és a hátralévő körökben visszatartotta őt, így megnyerte első Daytona 500-as győzelmét. Earnhardt, Jr. pontosan három évvel azután nyerte meg a versenyt, hogy édesapja halálos balesetet szenvedett a 2001-es verseny utolsó körében, ahol Waltrip megnyerte az első futamát, ami szintén három évvel Earnhardt 1998-as győzelme után történt.
Ez a minta, miszerint háromévente (idősebb Earnhardt 1998-as győzelme óta) egy Earnhardt, Jr.-hoz valamilyen módon kötődő versenyző nyeri a Daytona 500-at, folytatódott. Kevin Harvick, aki Earnhardt halála után lépett Earnhardt helyére, a 2007-es futamot is megnyerte, épphogy megelőzve Mark Martint. A 2010-es versenyt az Earnhardt Ganassi színeiben versenyző Jamie McMurray nyerte. A Hendrick Motorsports (Earnhardt Jr. csapata volt akkoriban) versenyzője, Jimmie Johnson nyerte a 2013-as versenyt, bár Earnhardt Jr. 2. lett azon a versenyen, és megnyerte a 2014-es versenyt, éppen tíz évvel később.