Tutkijat voivat valita useista LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy) -järjestelmistä, jotka eroavat toisistaan joiltakin osin, mutta joilla kaikilla on seuraavat pääominaisuudet: toisin kuin konfokaali- tai laajakenttämikroskoopiassa, valolevy valaisee vain ohuen osan näytteestä. Toinen tärkeä ero on valaistuksen ja havaitsemisen optisten reittien erottaminen toisistaan. Tarkennuksen ulkopuolisen fluoresenssin mittaamisen välttämiseksi emittoitunut valo havaitaan eri akselilla kuin valaistus (esim. ortogonaalisesti). Tällä tavoin tarpeetonta ei-fokuksen ulkopuolista fluoresenssia ei herätetä, mikä estää valohäviämisen ja valovaurion alueilla, joita ei tällä hetkellä skannata. Lopuksi, LSFM:ssä kuva luodaan skannaamalla valon tasoa (optinen leikkaus) eikä piste kerrallaan, mikä lisää huomattavasti skannausnopeutta konfokaalimikroskopiaan verrattuna.
Nämä edut – solujen stressin, taustafluoresenssin ja ajankäytön väheneminen – ovat erityisen tärkeitä tehtäessä herkkien biologisten näytteiden 3D-eläväsolukuvausta.