En ankeloperation tvang Crouch til at gå på skift i den sæson, hvor han vandt det nationale mesterskab i 1997. I 1998 begyndte Bobby Newcombe sæsonen som den startende quarterback, men han blev sat ud af spillet med en knæskade efter den første kamp, og Crouch overtog startopstillingen. Mod UAB løb Crouch for to touchdowns og afsluttede 11 ud af 17 afleveringer i sin første start i karrieren. 1998 viste sig at blive en kaotisk sæson for Cornhuskers. Crouch startede endnu en gang, inden han blev erstattet af en rask Bobby Newcombe. Newcombe startede de næste fem kampe, men blev trukket tilbage midt i en kamp på grund af en PCL-forstrækning. Senior walk-on, Monte Christo, tog over for Newcombe og startede i den følgende uge mod Texas. Da Texas førte 10-0 i midten af anden quarter, blev Christo taget ud og erstattet af Crouch. Crouch forblev starter i resten af sæsonen, som sluttede med et 23-20 nederlag til Arizona i Holiday Bowl.
Det næste efterår blev Newcombe udnævnt til startende quarterback, og der gik rygter om, at Crouch måske ville forlade holdet. Crouch fik dog betydelig spilletid i den første og anden kamp. Han startede i den tredje kamp mod Southern Mississippi, og Newcombe skiftede til wingback. Crouch førte Nebraska i en sæson, hvor NU fik revanche for sit eneste nederlag i sæsonen i en omkamp mod Texas i Big 12 Championship Game. Cornhuskers sluttede sæsonen med en 12-1-rekord og rangerede som nr. 3 efter at have besejret Tennessee i Fiesta Bowl.
Crouch startede alle kampe i 2000-sæsonen, som sluttede med en 66-17-turnering af Northwestern i Alamo Bowl. Nebraskas eneste nederlag i løbet af 10-2-sæsonen var til den senere nationale mester, Oklahoma Sooners, og Kansas State Wildcats.
I 2001 havde Crouch sit bedste år, hvor han slog skole- eller NCAA-rekorder næsten hver uge og så ud til at være en seriøs kandidat til Heisman-trofæet. I den første kamp i 2001-sæsonen, et 21-7 nederlag til TCU, overhalede Crouch Tommie Frazier som Nebraskas all-time total offense leader. Han blev Big 12’s bedste quarterback nogensinde i karrieren i den følelsesladede kamp mod Rice. I ugen efter, mod Missouri, blev Crouch bakket op tæt på mållinjen, da han løb for at slippe væk fra forsvarerne og fik et 95-yard touchdown-løb, det længste i skolens historie. Mod Iowa State i den følgende uge slog Crouch rekorden for karrieremæssige touchdowns for en quarterback. Crouch blev med sin præstation mod Texas Tech kun den fjerde spiller i Division 1-historien, der både afleverer og løber for 3.000 yards i en karriere. I en hård kamp mod den forsvarende nationale mester Oklahoma viste Crouch igen sin hurtighed og sine evner til at skabe spil, denne gang som quarterback og receiver i et enkelt spil, den berømte “Black 41 Flash Reverse Pass”, hvor Crouch modtog et touchdown på 63 yards. I midten af november havde Crouch sat skolens rekord for flest sejre i karrieren som starter og blev kun den niende quarterback i D-1A-historien til at have vundet 35 kampe som starter. Cornhuskers var 11-0 på vej ind til den årlige kamp mod Colorado dagen efter Thanksgiving. Crouch havde en karrieredag og satte skolens rekord for offense yards i en enkelt kamp med 360 yards. Nebraskas forsvar blev imidlertid domineret af Buffalos og gav Colorado 62 point, hvilket var rekordhøjt. Tabet på 62-36 syntes at have sat en stopper for Nebraskas håb om at spille med om det nationale mesterskab og at have skadet Crouch’s chancer for at vinde Heisman-prisen. To uger senere blev Crouch annonceret som modtager af prisen, idet han slog Floridas Rex Grossman og Miamis Ken Dorsey i den tætteste Heisman-afstemning siden 1985. Hans fremragende sæson blev også anerkendt, da han vandt Davey O’Brien-prisen for at være den bedste college-quarterback i landet i 2001-sæsonen. I mellemtiden blev adskillige højt rangerede hold slået, og i den endelige BCS-rangliste vandt Nebraska over Oregon med et nederlag og Colorado med to nederlag og blev nr. 2 på BCS-ranglisten. Den endelige BCS-rangliste var præget af kontroverser, da Nebraska havde mulighed for at spille i Rose Bowl om det nationale mesterskab på trods af, at de ikke vandt et konference- eller divisionsmesterskab. I Rose Bowl den 3. januar 2002 løb Crouch 114 yards mod Miami Hurricanes, men blev nægtet et touchdown for første gang siden september 1999. Hurricanes nr. 1 besejrede Cornhuskers med 37-14, og Crouch fik et resultat på 35-7 som startende quarterback.
PriserRediger
- 2001 Heisman Trophy
- 2001 Davey O’Brien Award
- 2001 Walter Camp Award
- 2001 Big 12 Conference offensive player of the year
- 2000 Third-Team All-American (College Football News)
- 2000 Second-Team All-Big 12 (AP, Sporting News, Dallas Morning News, Houston Chronicle)
- 2000 Third-Team All-Big 12 (Coaches)
- 2000 Fiesta Bowl Offensive MVP vs. Tennessee
- 1999 Big 12 Co-Offensive Player of the Year (Coaches)
RekorderRediger
- En af tre quarterbacks i Division I-A-historien, der har løbet for 3.000 og afleveret for 4,000 yards i en karriere
- 13. spiller i NCAA til at rush og passere for 1.000 i en sæson (1.115 rushing, 1.510 passing)
- Nebraska karriere total offense leder med 7.915 yards
- Forhen Nebraska single-season total offense leder med 2,688 yards
- Tidligere Nebraska-rekord for den samlede offensiv i en enkelt kamp med 360 yards
- Nebraska-karrierens leder for den samlede offensiv med 88 touchdowns
- Ejer Nebraska-karriererekord for flest rushing yards af en quarterback (3,434)
- NCAA-rekord for flest rushing touchdowns i karrieren af en quarterback (59)
- Mest rushing-forsøg af en Husker-quarterback (648)
- Første Nebraska-total TD-pasninger i en kamp (5 vs. Iowa)
- Mest rushing TDs i en kamp af en quarterback (4 vs. Kansas)
- Satte QB-rekord for flest rushing TDs i en sæson (20)
- Satte skolerekorder i 2001 for flest rushing-forsøg i en sæson for en quarterback (203)
- Mest totale offense yards af en sophomore (2.158)
- Tjekkede en NCAA-rekord ved at score en TD via løb, aflevering, modtagelse i samme kamp (vs. University of California, Berkeley, 1999)
- Nebraska-skolens rekord i længste løb fra scrimmage, 95 yards (vs. Missouri, 2001)