For starten af løbet måtte flere biler flytte sig til den bageste del af feltet: motorskift for polesitter Greg Biffle, Ryan Newman, Ricky Craven og Derrike Cope, der vandt løbet i 1990. Rookie og Sprint Cup-debutant Scott Riggs startede fra bagerst i en reservebil. Det betød, at Gatorade Duel #1-vinderen Dale Earnhardt, Jr. overtog den første startplads og førte de første omgange.
Mark Martin, der kom fra en skuffende sæson sidste år, udgik af løbet med en ødelagt motor på 8. omgang, hvilket medførte den første advarsel. På omgang 26 sluttede hans Roush Racing-teamkammerat Jeff Burton sig til ham i garagen, ligeledes med en motorskade. Kevin Harvick foretog det første føringsskifte på omgang 30. Fire omgange senere snurrede Cope i sving 4 og ramte Scott Riggs, hvilket medførte den anden advarsel. Efter første runde af pitstop med grønt flag overtog Tony Stewart føringen. Han og Jimmie Johnson byttede den et par gange, mens de navigerede rundt mellem overhalede biler (de fleste af dem befandt sig i den “bageste ende” af føringsrunden, da styrtet i omgang 34 skete under pitstop), før Earnhardt, Jr. genvandt føringen.
I omgang 60 blev den tredje advarsel udløst, da Rusty Wallace, Ken Schrader og Jeff Green kørte galt på bagstrækningen. Efter genstarten kæmpede Stewart og Earnhardt, Jr. begge om føringen, indtil der skete et stort styrt på den bageste lige vej i 71. omgang. Dette startede, da rookierne Brian Vickers og Johnny Sauter kom i kontakt og samlede Marlin, Newman, den forsvarende 500-vinder Michael Waltrip, John Andretti, Kevin Lepage, Terry Labonte; Johnny Benson, Jr.; Scott Riggs, Robby Gordon og Jamie McMurray op. Waltrip fik det værste ud af det, da hans bil kørte ind i græsset på infield. Friktionen, kombineret med det faktum, at regnen, der havde skyllet Busch-løbet ud dagen før, fik dækfælgen til at grave sig ned i græsset på inderbanen. Bilen væltede tre gange, sparkede en masse jord op og kom til standsning på taget. Der opstod en midlertidig forsinkelse under en lang advarsel (selv om løbet ikke blev markeret med rødt flag), da redningsmandskabet diskuterede, om de også skulle rette Waltrips bil op, før de fik ham ud af bilen. Situationen blev forværret på grund af Waltrip’s størrelse.
Jeff Gordon førte feltet ved genstarten i runde 81. Fra omgange 81 til 200 blev der kørt uden advarsler. Hovedkonkurrenterne i anden halvdel af løbet var stadig Stewart og Earnhardt, Jr. som tilsammen førte 101 af de sidste 120 omgange. De var de to stærkeste biler på dagen, da de førte i mere end 156 omgange (98 af Stewart og 56 af Earnhardt, Jr.). Da de førende kørte i pit i omgang 137, forsøgte Sauter (som var fem omgange bagud efter skader på sin bil fra styrtet i 71. omgang) at køre i pit sammen med dem, men havde tydelige bremseproblemer. Han måtte svinge ud for at undgå Kurt Busch (som var en omgang bagud efter at have haft kontakt med Earnhardt, Jr. tidligere i løbet og punkteret et dæk) og fløj gennem pitlane med over 100 mph. Klogt nok forsøgte han ikke at stoppe i sin pitbox og kom rundt på banen for at prøve igen. Hans fartbøde kastede ham længere tilbage. Under den sidste runde af pitstop med grønt flag med ca. 30 omgange tilbage forsøgte Biffle at vinde terræn på de førende ved pitindgangen, men han var helt åbenbart hurtigere end den flok biler, der kørte med pitbanens hastighed. Han faldt ind bag dem, inden han kom i pit, men hans fartbøde smed ham ud af Top 10 og fra kampen om sejren.
Da de sidste pitstop under grønt flag var overstået, var rookie Scott Wimmer fra Bill Davis Racing i front. Holdet havde kun skiftet dæk i højre side, hvilket løftede ham fra en sandsynlig syvende- eller ottendeplads til en chance for at vinde. Desværre havde han ikke nogen draftingpartner og blev indhentet af de hurtigere Stewart og Earnhardt, Jr. med 25 omgange tilbage. Earnhardt, Jr. overhalede Stewart på 181 omgange og holdt ham bag sig i de resterende omgange for at vinde sit første Daytona 500. Earnhardt, Jr. vandt løbet præcis tre år efter sin fars fatale ulykke på sidste omgang i løbet i 2001, hvor Waltrip havde vundet sit første løb, som i sig selv kom tre år efter Earnhardts sejr i løbet i 1998.
Dette mønster med en kører med en vis forbindelse til Earnhardt, Jr. som vinder Daytona 500 hvert tredje år (siden Earnhardt, Sr.’s sejr i 1998) er fortsat. Kevin Harvick, der erstattede Earnhardt efter hans død, vandt løbet i 2007 kun lige akkurat foran Mark Martin. Jamie McMurray, der kører for Earnhardt Ganassi, vandt løbet i 2010. Hendrick Motorsports-køreren Jimmie Johnson fra Hendrick Motorsports (teamet, som Earnhardt Jr. kørte på det tidspunkt) vandt løbet i 2013, selv om Earnhardt Jr. blev nummer to i det løb og vandt løbet i 2014, blot ti år senere.