En fotledskirurgi tvingade Crouch att hoppa av under säsongen då han vann det nationella mästerskapet 1997. År 1998 inledde Bobby Newcombe säsongen som startande quarterback, men han fick en knäskada efter den första matchen och Crouch tog över som startande quarterback. Mot UAB sprang Crouch för två touchdowns och avslutade 11 av 17 passningar i sin första start i karriären. 1998 visade sig bli en kaotisk säsong för Cornhuskers. Crouch gjorde ytterligare en start innan han ersattes av en frisk Bobby Newcombe. Newcombe startade de följande fem matcherna, men drogs ut mitt i en match på grund av en PCL-försträckning. Den äldre walk-on-backen Monte Christo tog över för Newcombe och startade veckan därpå mot Texas. När Texas ledde med 10-0 i mitten av den andra quartern togs Christo ut och ersattes av Crouch. Crouch förblev startspelare resten av säsongen, som avslutades med en 23-20-förlust mot Arizona i Holiday Bowl.
Nästa höst utsågs Newcombe till startspelande quarterback, och det ryktades om att Crouch kanske skulle lämna laget. Crouch fick dock betydande speltid i den första och andra matchen. Han startade den tredje matchen mot Southern Mississippi och Newcombe flyttade till wingback. Crouch ledde Nebraska under en säsong som innebar att NU tog revansch för sin enda förlust under säsongen i en returmatch mot Texas i Big 12 Championship Game. Cornhuskers avslutade säsongen med 12-1 och rankades som nummer 3 efter att ha besegrat Tennessee i Fiesta Bowl.
Crouch startade alla matcher under säsongen 2000, som avslutades med en 66-17-turné mot Northwestern i Alamo Bowl. Nebraskas enda förluster under den 10-2 säsongen var mot de blivande nationella mästarna Oklahoma Sooners och Kansas State Wildcats.
År 2001 hade Crouch sitt bästa år, han slog skol- eller NCAA-rekord nästan varje vecka och verkade vara en seriös utmanare till Heisman Trophy. I den första matchen av säsongen 2001, ett 21-7 nederlag mot TCU, passerade Crouch Tommie Frazier som Nebraskas ledare i total offensiv genom tiderna. Han blev Big 12:s främsta quarterback i karriären i den känslomässigt laddade matchen mot Rice. Veckan därpå, mot Missouri, blev Crouch bakbunden nära mållinjen när han sprang för att undkomma försvarare och gjorde en 95-yard touchdown run, den längsta i skolans historia. Mot Iowa State veckan därpå slog Crouch rekordet för karriärens touchdowns av en quarterback. Crouch blev bara den fjärde spelaren i division 1-historien som både passade och rusade för 3 000 yards i en karriär med sin prestation mot Texas Tech. I en hård match mot den regerande nationella mästaren Oklahoma visade Crouch återigen upp sin snabbhet och sin förmåga att skapa spel, den här gången som quarterback och mottagare i ett enda spel, den berömda ”Black 41 Flash Reverse Pass” där Crouch gjorde en touchdown-mottagning på 63 yard. I mitten av november hade Crouch satt skolrekordet för flest segrar i karriären som startspelare och blev bara den nionde quarterbacken i D-1A-historien som har vunnit 35 matcher som startspelare. Cornhuskers hade 11-0 inför den årliga tävlingen mot Colorado dagen efter Thanksgiving. Crouch hade en karriärdag och satte skolrekordet för offense yards i en enskild match med 360 yards. Nebraskas försvar dominerades dock av Buffalos och släppte in ett rekordstort 62 poäng till Colorado. Förlusten med 62-36 verkade ha satt stopp för Nebraskas förhoppningar om att spela om det nationella mästerskapet och ha skadat Crouchs chanser att vinna Heisman. Två veckor senare tillkännagavs Crouch som mottagare av priset och vann över Floridas Rex Grossman och Miamis Ken Dorsey i den närmaste Heisman-omröstningen sedan 1985. Hans enastående säsong uppmärksammades också när han vann Davey O’Brien Award för att ha varit den bästa collegequarterbacken i landet under säsongen 2001. Under tiden har flera högt rankade lag blivit omkullkastade och i den slutliga BCS-rankningen slog Nebraska ut Oregon med en förlust och Colorado med två förluster och fick därmed plats nummer två i BCS-rankningen. Den slutliga BCS-rankningen var fylld av kontroverser eftersom Nebraska hade chansen att spela i Rose Bowl om det nationella mästerskapet trots att de inte vunnit något konferens- eller divisionsmästerskap. I Rose Bowl den 3 januari 2002 sprang Crouch 114 yards mot Miami Hurricanes men nekades en touchdown för första gången sedan september 1999. Hurricanes, som var nummer ett, besegrade Cornhuskers med 37-14 och Crouch fick ett resultat på 35-7 som startande quarterback.
UtmärkelserRedigera
- 2001 Heisman Trophy
- 2001 Davey O’Brien Award
- 2001 Walter Camp Award
- 2001 Årets offensiva spelare inom Big 12 Conference
- 2000 Tredje laget All-American (College Football News)
- 2000 Andra laget All-Big 12 (AP, Sporting News, Dallas Morning News, Houston Chronicle)
- 2000 Third-Team All-Big 12 (Coaches)
- 2000 Fiesta Bowl Offensive MVP vs. Tennessee
- 1999 Big 12 Co-Offensive Player of the Year (Coaches)
RekordRedigera
- En av tre quarterbacks i division I-A-historien som har sprungit för 3 000 och passat för 4,000 yards i en karriär
- 13:e spelaren i NCAA att rusa och passa för 1 000 under en säsong (1 115 rushing, 1 510 passing)
- Ledare för Nebraska i karriären när det gäller total offense med 7 915 yards
- Förre ledare för Nebraska när det gäller total offense under en säsong med 2,688 yards
- Förre Nebraska rekord i total offensiv i en match med 360 yards
- Nebraska-ledare i karriären för total offensiv med 88 touchdowns
- Förvärvar Nebraska-karriärens rekord för flest rushing yards av en quarterback (3,434)
- NCAA-rekord för flest rushing touchdowns i karriären av en quarterback (59)
- Mest rushing-försök av en Husker quarterback (648)
- Förre Nebraska totalt antal TD-passningar i en match (5 vs. Iowa)
- Mest antal TDs i en match av en quarterback (4 vs. Kansas)
- Satte QB-rekord för flest rushing TDs under en säsong (20)
- Satte skolrekord 2001 för flest rushing-försök under en säsong för en quarterback (203)
- Mest totala offense yards av en sophomore (2 158)
- Tillbaka till NCAA-rekordet genom att göra en TD via löpning, passning, mottagning i samma match (vs. University of California, Berkeley, 1999)
- Nebraska skolrekordet längsta löpning från scrimmage, 95 yards (vs Missouri, 2001)