Badacze mogą wybierać pomiędzy kilkoma systemami LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy), które różnią się pod pewnymi względami, ale wszystkie mają następujące główne cechy: w przeciwieństwie do mikroskopii konfokalnej lub mikroskopii fluorescencyjnej szerokiego pola, tylko cienki fragment próbki jest oświetlany przez płaszczyznę świetlną. Inną ważną różnicą jest oddzielenie optycznych dróg oświetlenia i detekcji. Aby uniknąć pomiaru nieostrej fluorescencji, emitowane światło jest wykrywane na innej osi niż oświetlenie (np. ortogonalnej). W ten sposób niepotrzebna nieostrość fluorescencji nie jest wzbudzana, co zapobiega fotobieleniu i fotouszkodzeniom w regionach, które w danej chwili nie są skanowane. Wreszcie, z LSFM, obraz jest tworzony przez skanowanie płaszczyzny światła (przekrój optyczny), zamiast punkt po punkcie, co znacznie zwiększa szybkość skanowania w porównaniu z mikroskopią konfokalną.
Te zalety – zmniejszony stres komórkowy, fluorescencja tła i zużycie czasu – są szczególnie ważne przy obrazowaniu 3D żywych komórek wrażliwych próbek biologicznych.
.