Forskere kan vælge mellem flere LSFM/SPIM-systemer (Single/Selective Plane Illumination Microscopy), der adskiller sig fra hinanden på visse punkter, men som alle har følgende hovedtræk: I modsætning til konfokal eller widefield fluorescensmikroskopi belyses kun et tyndt udsnit af prøven af et lysark. En anden vigtig forskel er adskillelsen af de optiske belysnings- og detektionsveje. For at undgå måling af fluorescens uden for fokus registreres det udsendte lys på en anden akse end belysningen (f.eks. ortogonal). Derved ophidses ikke unødvendig fluorescens uden for fokus, hvilket forhindrer fotoblegning og fotoskader i områder, der i øjeblikket ikke bliver scannet. Endelig skabes billedet med LSFM ved at scanne et plan af lys (optisk sektionering) i stedet for punkt for punkt, hvilket øger scanningshastigheden markant sammenlignet med konfokal mikroskopi.
Disse fordele – reduceret cellestress, baggrundsfluorescens og tidsforbrug – er især vigtige, når der foretages 3D-billeddannelse af levende celler i følsomme biologiske prøver.