A kutatók számos LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy) rendszer közül választhatnak, amelyek bizonyos szempontból különböznek, de mindegyiknek a következő főbb jellemzői vannak: a konfokális vagy szélesmezős fluoreszcens mikroszkópiával ellentétben a mintának csak egy vékony részét világítja meg egy fénylemez. Egy másik fontos különbség a megvilágítás és a detektálás optikai útvonalainak szétválasztása. A fókuszon kívüli fluoreszcencia mérésének elkerülése érdekében a kibocsátott fényt a megvilágítástól eltérő tengelyen (pl. ortogonálisan) detektálják. Ezáltal nem gerjesztődik feleslegesen a fókuszon kívüli fluoreszcencia, ami megakadályozza a fotobleachingot és a fotokárosodást az éppen nem letapogatott régiókban. Végül, az LSFM esetében a képet nem pontról pontra, hanem egy fénysík pásztázásával (optikai metszés) hozzuk létre, ami a konfokális mikroszkópiához képest jelentősen növeli a pásztázási sebességet.
Ezek az előnyök – csökkentett sejtfeszültség, háttérfluoreszcencia és időfelhasználás – különösen fontosak, amikor érzékeny biológiai minták 3D élősejtes képalkotását végezzük.