Pyhäinpäivänä vuonna 1517 Martin Luther naulasi paperin Wittenbergin linnan kirkon oveen Saksissa. Tuo hetki määritellään yleensä protestanttisen uskonpuhdistuksen alkuhetkeksi, joka muutti kirkon lopullisesti. Musiikin rooli jumalanpalveluksessa muuttui protestanttisessa kirkossa suuresti. Musiikkia ei enää kuulunut vain katedraalin koulutetuille muusikoille ja laulajille, vaan sen oli tarkoitus kuulua koko seurakunnalle. Vastaperustettu kirkko otti käyttöön uusia jumalanpalveluslauluja, joita kutsuttiin koraaleiksi ja joista osa oli Lutherin itsensä säveltämiä. Nämä olivat yksinkertaisia, mieleenpainuvia melodioita, joita ei laulettu latinaksi.
Kun protestanttinen kirkko kasvoi ja heidän käytännöistään ja koraaleistaan tuli yhä suositumpia, katolinen kirkko tunsi tarvetta reagoida, mikä sai aikaan ajanjakson, jota kutsutaan vastareformaatioksi. Vuonna 1545 katolinen kirkko aloitti Trenton konsiilin. Monien yksityiskohtien joukossa, joista neuvostossa keskusteltiin useiden istuntojen aikana, se käsitteli taiteen ja erityisesti musiikin roolia kirkossa. Sävellyskäytännön kasvava suuntaus tuolloin oli monimutkaisuus. Messusta oli tullut säveltäjien leikkikenttä, jossa he saivat esitellä, kuinka monimutkaisia polyfonia- ja kontrapunktisävellyksiä he pystyivät tekemään. Tuloksena oli useita melodioita, joissa oli erilaisia sanoituksia eri aiheista, jotka kaikki laulettiin kerralla, käytännössä kaaos korvalle. Kirkolliskokous ehdotti määräystä, jonka mukaan messua olisi yksinkertaistettava niin, että teksti olisi aina selkeä.
Legendan mukaan kirkolliskokous ehdotti, että moniäänisyyden säveltäminen lopetettaisiin kokonaan ja palattaisiin tavallisiin lauluihin, jotka olivat paljon lähempänä protestanttien laulamia koraaleja. Tässä kohtaa Palestrina astuu kuvaan. Giovanni Pierluigi da Palestrina oli tuohon aikaan kuoromestari Roomassa, ja hän otti tehtäväkseen säveltää messun, joka oli esimerkki kaikista moniäänisyyden tutkimuksessa saavutetuista edistysaskelista, mutta joka oli silti selkeä, helposti lähestyttävä ja korvaa miellyttävä. Hänen Pope Marcellus -messunsa on malliesimerkki siitä, mitä 1500-luvun polyfonia saattoi saavuttaa.
Vaikka on epätodennäköistä, että tämä teos todella pelasti polyfonian ja musiikin tutkimuksen, sen historiallinen vaikutus on kiistaton. Paavi Pius IV julisti, että Palestrinan musiikkia tulisi jäljitellä tulevien katolisten pyhän musiikin säveltäjien sukupolvien keskuudessa.