Aan het einde van de oorlog keerden de Amerikaanse strijdkrachten terug op de Filippijnen. Terwijl de Hukbalahap verwachtten dat hun oorlogsinspanningen zouden worden erkend en als bondgenoten zouden worden behandeld, ontwapenden de Amerikanen, met de hulp van USAFFE-guerrilla’s en voormalige PC-leden, met geweld Huk-squadrons terwijl ze andere guerrilla’s beschuldigden van verraad, opruiing en subversieve activiteiten. Dit leidde tot de arrestaties van Luis Taruc en Casto Alejandrino in 1945, en incidenten zoals de afslachting van 109 Huk-guerrilla’s in Malolos, Bulacan.
In september 1945 liet president Sergio Osmeña Taruc, Alejandrino, en andere Huk-leiders vrij uit de gevangenis. De PKP, via de Huk leiders, ontbonden toen formeel de beweging en vormden de Hukbalahap Veteranen Liga in een poging om de Hukbalahap erkend te krijgen als een legitieme guerrilla beweging. Alejandrino was nominaal voorzitter.
In 1946 steunden boeren in Centraal Luzon leden van de Democratische Alliantie bij de verkiezingen van dat jaar, waarbij zes kandidaten uiteindelijk zetels in de Senaat verwierven. Onder deze kandidaten was Luis Taruc. De regering verhinderde echter dat zij zitting konden nemen in het Congres, waardoor de negatieve stemming onder de boeren in Centraal-Luzon alleen maar toenam. De nieuwe regering Roxas probeerde een pacificatieprogramma op te zetten, met hulp van Taruc, Alejandrino, Juan Feleo, en andere afgevaardigden. Zij zouden worden vergezeld door MP bewakers en regeringsambtenaren om te proberen de boerengroepen te pacificeren, maar dit resulteerde niet in enige vorm van succes. Binnen enkele dagen na de zogenaamde “wapenstilstand” brak er opnieuw geweld uit in Centraal Luzon. Taruc en anderen beweerden dat burgerwachten en regeringsambtenaren “het vredesproces saboteerden”.
Op 24 augustus 1946 werd Feleo in Gapan, Nueva Ecija, tegengehouden door een grote groep “gewapende mannen in vermoeide uniformen”. Hij was van plan de bezorgdheid van de boeren voor te leggen aan de Secretaris van Binnenlandse Zaken, Jose Zulueta, voordat hij werd meegenomen en vermoord. Duizenden Huk-veteranen en PKM-leden waren er zeker van dat Feleo was vermoord door landheren, of mogelijk door de regering Roxas zelf. Het incident leidde ertoe dat Taruc zich bij de boeren aansloot en de opstand nieuw leven inblies. De regering Roxas verbood de Hukbalahap op 6 maart 1948.
In 1949 lokten Hukbalahap leden Aurora Quezon, voorzitter van het Filippijnse Rode Kruis en weduwe van de tweede president van de Filippijnen, Manuel L. Quezon, in een hinderlaag en vermoordden haar toen ze op weg was naar haar geboorteplaats voor de inwijding van het Quezon Memorial Hospital. Verschillende anderen werden ook gedood, waaronder haar oudste dochter en schoonzoon. Deze aanslag leidde tot een wereldwijde veroordeling van de Hukbalahaps, die beweerden dat de aanslag was gepleegd door “afvallige” leden. De aanhoudende veroordeling en de nieuwe naoorlogse oorzaken van de beweging brachten de Huk-leiders ertoe om in 1950 een nieuwe naam aan te nemen, de “Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” of het “Volksbevrijdingsleger”.
De sympathie van het publiek voor de beweging was tanende als gevolg van hun naoorlogse aanvallen. De Huks voerden een campagne van overvallen, overvallen, berovingen, hinderlagen, moord, verkrachting, afslachting van kleine dorpen, ontvoering en intimidatie. De Huks confisqueerden fondsen en bezittingen om hun beweging in stand te houden en vertrouwden op kleine dorpsorganisatoren voor politieke en materiële steun. De Huk beweging was voornamelijk verspreid in de centrale provincies Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, en in Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan en Quezon.
Een belangrijke beweging in de campagne tegen de Huks was de inzet van jager-moordende contraguerrilla speciale eenheden. De “Nenita” eenheid (1946-1949) was de eerste van dergelijke speciale eenheden met als belangrijkste missie het uitschakelen van de Huks. De Nenita strijdmacht stond onder bevel van majoor Napoleon Valeriano. De terreurtactiek van de Nenita, die niet alleen tegen dissidenten werd uitgevoerd maar ook tegen gezagsgetrouwe mensen, hielp de Huks soms aan aanhangers te winnen.
In juli 1950 kreeg majoor Valeriano het bevel over het elite 7e Bataljon Gevechtsteam (BCT) in Bulacan. Het 7de BCT zou een reputatie ontwikkelen in het hanteren van een meer omvattende, meer onconventionele anti-oproerstrategie en verminderde het willekeurige geweld tegen de burgerbevolking.
In juni 1950 bracht de Amerikaanse ongerustheid over de Huk-opstand tijdens de Koude Oorlog president Truman ertoe speciale militaire bijstand goed te keuren die bestond uit militair advies, verkoop tegen kostprijs van militair materieel aan de Filippijnen en financiële hulp in het kader van de Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). Op 26 aug. 1950, tijdens een “jubileumviering” van de Cry of Pugad Lawin, namen de Huks tijdelijk Santa Cruz, Laguna en Camp Makabulos, Tarlac in beslag, waarbij geld, voedsel, wapens, munitie, kleding, medicijnen en kantoorbenodigdheden in beslag werden genomen.:85-86 In september 1950 werd de voormalige USAFFE guerrilla, Ramon Magsaysay, op Amerikaans advies aangesteld als minister van Nationale Defensie. Omdat de Huk opstand steeds sterker werd en de veiligheidssituatie in de Filippijnen ernstig bedreigd werd, drong Magsaysay er bij president Elpidio Quirino op aan om de habeas corpus op te schorten voor de duur van de Huk campagne. Op 18 okt. 1950 veroverde Magsaysay het Secretariaat, met inbegrip van algemeen secretaris Jose Lava, na de eerdere inname van het Politburo in Manilla.:90
Met Amerikaanse hulp kon Magsaysay meer BCT’s oprichten, waardoor het totaal op zesentwintig kwam. In 1951 was de legersterkte met 60 procent toegenomen ten opzichte van het jaar daarvoor, met BCT’s van 1.047 man. Grote militaire offensieve campagnes tegen de Huks werden uitgevoerd door de 7de, 16de, 17de, en 22ste BCTs.
Een andere grote inspanning tegen de Huks was Operatie “Knockout” van de Panay Task Force (samengesteld uit de 15de BCT, sommige elementen van de 9de BCT en de Filippijnse Constabulary commando’s van Iloilo, Capiz en Antique) onder het commando van Kolonel Alfredo M. Santos. De operatie voerde een verrassingsaanval uit op Guillermo Capadocia, commandant van het regionale Huk-commando in de Visayas, voormalig secretaris-generaal en één van de oprichters van de PKP. Santos’ meesterzet was de aanwerving van Pedro Valentin, een plaatselijke bergleider die de mensen en het terrein als zijn broekzak kende. Capadocia stierf op Panay,:98 aan gevechtsverwondingen, op 20 september 1952.
In 1954 nam Lt. Kol. Laureño Maraña, het voormalige hoofd van Force X van de 16de PC compagnie, het commando over de 7de BCT, die één van de meest mobiele slagtroepen van de Filippijnse grondtroepen tegen de Huks was geworden, over van Valeriano die nu kolonel was. Force X maakte gebruik van psychologische oorlogsvoering door gevechtsinlichtingen en infiltratie die berustten op geheimhouding bij de planning, training en uitvoering van de aanval. De lessen van Force X en Nenita werden gecombineerd in het 7e BCT.
Met de grootscheepse anti-dissidentie campagnes tegen de Huks, telden ze minder dan 2.000 in 1954 en zonder de bescherming en steun van lokale aanhangers, vormde het actieve Huk verzet niet langer een serieuze bedreiging voor de Filippijnse veiligheid. Van februari tot midden september 1954 werd de grootste anti-Huk operatie, “Operatie Thunder-Lightning” uitgevoerd en resulteerde in de overgave van Luis Taruc op 17 mei. Verdere opruimingsacties van overgebleven guerrilla’s duurden het hele jaar 1955, waardoor het aantal aan het eind van het jaar tot minder dan 1.000 was gedaald.