I slutningen af krigen vendte de amerikanske styrker tilbage i Filippinerne. Mens Hukbalahap forventede at få deres krigsindsats anerkendt og blive behandlet som allierede, afvæbnede amerikanerne med hjælp fra USAFFE-guerillaer og tidligere PC-medlemmer med magt Huk-eskadriller, mens de anklagede andre guerillaer for forræderi, oprør og undergravende aktiviteter, hvilket førte til arrestationer af Luis Taruc og Casto Alejandrino i 1945 samt til hændelser som massakren på 109 Huk-guerillaer i Malolos, Bulacan.
I september 1945 løslod præsident Sergio Osmeña Taruc, Alejandrino og andre Huk-ledere fra fængslet. PKP opløste derefter formelt bevægelsen gennem Huk-ledere og dannede Hukbalahap Veterans’ League i et forsøg på at få Hukbalahap anerkendt som en legitim guerillabevægelse. Alejandrino var dens nominelle formand.
I 1946 støttede bønderne i det centrale Luzon medlemmer af den demokratiske alliance ved det års valg, hvor seks kandidater i sidste ende vandt pladser i senatet. Blandt disse kandidater var Luis Taruc. De blev imidlertid forhindret i at sidde i Kongressen af regeringen, hvilket kun forværrede den negative stemning blandt bønderne i det centrale Luzon. Den nye Roxas-regering forsøgte sig med et pacificeringsprogram med hjælp fra Taruc, Alejandrino, Juan Feleo og andre repræsentanter. De ville blive ledsaget af MP-vagter og regeringsembedsmænd for at forsøge at pacificere bondegrupperne, men dette resulterede dog ikke i nogen form for succes. Få dage efter den såkaldte “våbenhvile” brød volden endnu en gang ud i det centrale Luzon. Taruc og andre hævdede, at civilvagter og regeringsembedsmænd “saboterede fredsprocessen”.
Den 24. august 1946 blev Feleo stoppet af en stor gruppe “bevæbnede mænd i træningsuniformer” i Gapan, Nueva Ecija. Han havde planlagt at fremlægge bøndernes bekymringer for indenrigsminister Jose Zulueta, inden han blev taget og dræbt. Tusindvis af Huk-veteraner og PKM-medlemmer var sikre på, at Feleo var blevet myrdet af godsejere eller muligvis af Roxas-administrationen selv. Hændelsen førte til, at Taruc sluttede sig til bønderne og genoptændte oprøret. Roxas-administrationen forbød derefter Hukbalahap den 6. marts 1948.
I 1949 overfaldt og myrdede Hukbalahap-medlemmer Aurora Quezon, formand for Filippinernes Røde Kors og enke efter Filippinernes anden præsident, Manuel L. Quezon, da hun var på vej til sin hjemby til indvielsen af Quezon Memorial Hospital, og myrdede hende. Flere andre blev også dræbt, bl.a. hendes ældste datter og svigersøn. Dette angreb medførte en verdensomspændende fordømmelse af Hukbalahaps, som hævdede, at angrebet blev udført af “frafaldne” medlemmer. Den fortsatte fordømmelse og bevægelsens nye efterkrigsårsager fik Huk-lederne til at vedtage et nyt navn, “Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” eller “Folkets Befrielseshær” i 1950.
Offentlighedens sympati for bevægelsen havde været aftagende på grund af deres angreb efter krigen. Huks gennemførte en kampagne med razziaer, overfald, røveri, bagholdsangreb, mord, voldtægt, massakrer i små landsbyer, kidnapning og intimidering. Huks konfiskerede midler og ejendom for at opretholde deres bevægelse og var afhængige af små landsbyorganisatorer for politisk og materiel støtte. Huk-bevægelsen var hovedsageligt spredt i de centrale provinser Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan og i Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan og Quezon.
En vigtig bevægelse i kampagnen mod Huks var indsættelsen af særlige enheder af jæger-dræbende mod-guerillaenheder. “Nenita”-enheden (1946-1949) var den første af disse specialstyrker, hvis hovedopgave var at udrydde Huks. Nenita-styrken blev ledet af major Napoleon Valeriano. Nenita-terrortaktikken, som ikke kun blev begået mod dissidenter, men også mod lovlydige mennesker, bidrog nogle gange til, at Huks fik tilhængere som følge heraf.
I juli 1950 overtog major Valeriano kommandoen over elitebataljonen 7th Battalion Combat Team (BCT) i Bulacan. 7th BCT ville udvikle et ry for at anvende en mere omfattende, mere ukonventionel oprørsbekæmpelsesstrategi og reducerede den tilfældige brutalitet mod civilbefolkningen.
I juni 1950 fik amerikansk alarm over Huuk-oprøret under den kolde krig præsident Truman til at godkende særlig militær bistand, der omfattede militær rådgivning, salg til kostpris af militært udstyr til Filippinerne og finansiel bistand under den fælles amerikanske militære rådgivningsgruppe (Joint United States Military Advisory Group, JUSMAG). Den 26. august 1950, i en “jubilæumsfejring” af Pugad Lawin-råbet, indtog Huks midlertidigt Santa Cruz, Laguna og Camp Makabulos, Tarlac, og konfiskerede penge, mad, våben, ammunition, tøj, medicin og kontorartikler:85-86 I september 1950 blev den tidligere USAFFE-guerilla Ramon Magsaysay udnævnt til minister for nationalt forsvar på amerikansk råd. Da Huk-oprøret voksede i styrke, og sikkerhedssituationen i Filippinerne blev alvorligt truet, opfordrede Magsaysay præsident Elpidio Quirino til at suspendere habeas corpus-loven, så længe Huk-kampagnen stod på. Den 18. oktober 1950 erobrede Magsaysay sekretariatet, herunder generalsekretæren Jose Lava, efter den tidligere erobring af politbureauet i Manila. 90
Amerikansk bistand gjorde det muligt for Magsaysay at oprette flere BCT’er, hvilket bragte det samlede antal op på 26. I 1951 var hærstyrken steget med 60 procent i forhold til det foregående år med 1.047 mand store BCT’er. Større militære offensive kampagner mod Huks blev gennemført af 7., 16., 17. og 22. BCT.
En anden større indsats mod Huks var Operation “Knockout” af Panay Task Force (bestående af 15. BCT, nogle elementer af 9. BCT og de filippinske politikommandoer i Iloilo, Capiz og Antique) under kommando af oberst Alfredo M. Santos. Operationen gennemførte et overraskelsesangreb på Guillermo Capadocia, kommandant for den regionale Huk-kommando i Visayas, tidligere generalsekretær og en af grundlæggerne af PKP. Santos’ mestergreb var at hverve Pedro Valentin, en lokal bjergleder, der kendte befolkningen og terrænet som sin egen bukselomme. Capadocia døde på Panay, 98 år gammel, af slagskader den 20. september 1952.
I 1954 overtog oberstløjtnant Laureño Maraña, den tidligere chef for Force X i 16. PK-kompagni, kommandoen over 7. BCT, som var blevet en af de mest mobile angrebsstyrker i de filippinske landstyrker mod Huks, fra Valeriano, der nu var oberst, og overtog kommandoen over 7. BCT, som var blevet en af de mest mobile angrebsstyrker i de filippinske landstyrker mod Huks. Force X anvendte psykologisk krigsførelse gennem kampoplysning og infiltration, der byggede på hemmelighedskræmmeri i planlægning, træning og udførelse af angreb. De erfaringer, der blev gjort fra Force X og Nenita, blev kombineret i 7th BCT.
Med de altomfattende antidissidentkampagner mod Huks var de mindre end 2.000 i 1954, og uden beskyttelse og støtte fra lokale støtter udgjorde den aktive Huk-modstand ikke længere en alvorlig trussel mod den filippinske sikkerhed. Fra februar til midten af september 1954 blev den største anti-Huk-operation, “Operation Thunder-Lightning”, gennemført og resulterede i Luis Taruc’s overgivelse den 17. maj. Yderligere oprydningsoperationer af de tilbageværende guerillaer varede hele 1955 og reducerede deres antal til mindre end 1.000 ved årets udgang.