Abstract

Kromosomi 12:n pitkän varren proksimaalinen deleetio on harvinainen kromosomipoikkeavuus, joka on kuvattu noin 20 potilaalla. Tunnetut deleetiot kattavat alueen 12q11-12q13, ja niihin kuuluvat geenit YAF2, AMIGO2 ja NELL2. Näitä on ehdotettu geeniehdokkaiksi keskeisten fenotyyppisten piirteiden, kuten kasvun ja psykomotorisen jälkeenjääneisyyden, taustalla. Tässä esitellään tapaus, jossa oli 3,1 megatavun interstitiaalinen deleetio kohdassa 12q12q13.11. Potilaamme kliiniset havainnot ovat päällekkäisiä julkaistujen tapausten tärkeimpien yleisten löydösten kanssa. Potilaallamme havaittu deleetio ei liity aiemmin ehdotettuihin ehdokasgeeneihin YAF2 ja AMIGO2. Teemme korrelaation proksimaalisen 12q-deleetion ja ARID2-puutoksen välille vertailemalla potilaita, joilla on kookkaita deleetioita, kohorttiin potilaita, joilla on pieniä intragenisia ARID2-deleetioita, sekä potilaita, joilla on yksittäisiä nukleotidivariantteja (single nucleotide variants, SNV) ARID2:ssa. Kasvun hidastuminen ARID2. ARID2:n SNV:t eivät kuitenkaan korreloi vaikean kasvun hidastumisen kanssa.

© 2020 The Author(s) Published by S. Karger AG, Basel

Kromosomi 12q:n deletiot ovat heterogeeninen ryhmä geneettisiä tiloja, jotka voidaan ryhmitellä kolmeen pääalaryhmään: (i) proksimaaliset deleetiot, joiden taitekohdat sijaitsevat 12q11q13:ssa, (ii) intermediaaliset deleetiot, joiden taitekohdat sijaitsevat 12q15q21:ssä, ja (iii) distaaliset deleetiot, joiden taitekohdat sijaitsevat 12q22q24:ssä. Lisäksi kirjallisuudessa on kuvattu määriteltyä 12q14-mikrodeleetiosyndroomaa . Useimmissa julkaistuissa tapauksissa todettiin vaihtelevan asteista kehitysviivästymää ja älyllisiä häiriöitä. Tämä tosiasia on sopusoinnussa sen yleisen havainnon kanssa, että suurimpaan osaan kromosomien uudelleenjärjestelyistä liittyy kehitys- ja älyllisiä viivästymiä sekä laaja kirjo dysmorfismeja.

Kromosomi 12:n pitkän varren proksimaalisia deleetioita on kuvattu noin 20 potilaalla. Viidellä näistä potilaista on hyvin määritelty fenotyyppi, jolle on ominaista kehitysviivästymä, johon liittyy kognitiivisia häiriöitä, kasvun hidastuminen ja pienentynyt pään ympärysmitta sekä leveä otsa, suuret matalat korvat, leveä nenäsilta ja/tai nenä, pitkä suulakihalkio (philtrum) ja kaukana toisistaan olevat nännit . Kaikilla näillä potilailla on päällekkäinen deletoitunut alue 12q12:ssa, jossa YAF2:n, AMIGO2:n ja NELL2:n on ehdotettu olevan kasvun ja psykomotorisen hidastumisen ehdokasgeenejä. Näille geeneille ei kuitenkaan ole osoitettu vahvaa korrelaatiota tai kokeellista näyttöä siitä, että ne liittyisivät mainittuihin fenotyyppisiin poikkeavuuksiin.

Tässä tutkimuksessa raportoimme potilaan, jolla on 3,1 Mb:n deletio kohdassa 12q12q13.11 ja joka osaltaan osallistuu niiden potilaiden kohorttiin, joilla on proksimaalisia deletioita 12q:ssa. Tämä deleetio ei kata aiemmin ehdotettuja kandidaattigeenejä YAF2 ja AMIGO2. Sen sijaan se rajaa pienen kriittisen alueen keskivaikealle tai vaikealle kasvun hidastumiselle, ja ARID2 on ehdokasgeeni. Vertaamme tätä kohorttia myös potilaisiin, joilla on ARID2-geenin häiriö, ja ehdotamme ensimmäistä kertaa ARID2:ta keskivaikean tai vaikean kasvun hidastumisen (<-2 SD) ehdokasgeeniksi. Huomaamme, että ARID2:n yksittäiset nukleotidivariantit (SNV:t) eivät korreloi vaikean kasvun hidastumisen kanssa, mikä saattaa viitata erityyppisten geenivarianttien erilaisiin vaikutuksiin ARID2-proteiinin toimintaan.

Tapauksen esittely

Potilaspoika syntyi synnyttyä raskauden ja synnytyksen päätyttyä merkitsemättöminä; Apgarin pisteet olivat 9-10-10. Syntymäpaino oli 3210 g (15. senttiili/-1 SD) ja pituus 47 cm (<10. senttiili/ -2 SD). Hänellä oli vaikeuksia imetyksessä eikä paino noussut niin nopeasti kuin odotettiin. Poika tuli lääkärin hoitoon menestymishäiriön vuoksi. Vaikka hänen tavoitepituutensa on noin 1,80 m (±0 SD), hän on kasvanut pituuden osalta -3 SD:n, painon osalta hieman alle -2 SD:n ja pään ympärysmitta on -1 SD (kuva 1A). Hänellä oli jo varhain merkkejä kehitysviiveestä, erityisesti suun motoriikan ja ilmaisevan puheen kehityksen osalta. Kuusivuotiaana hän kuolaa ja syö edelleen soseutettua ruokaa. Hän alkoi kävellä ilman tukea 18 kuukauden iässä, ja hänellä on edelleen vaikeuksia hienomotorisissa toiminnoissa. Vanhempien mukaan hän oli 3-vuotiaana enemmän kuin 2-vuotias. Hän sai vessakoulutuksen 3,5-vuotiaana ja käyttää vaippoja öisin 6,5-vuotiaana.

Kuva 1

Kasvukäyrä, joka esittää potilaan kasvuparametreja sekä tavoitepituutta. B-F Kuvat potilaasta (kasvo- ja profiilikuvat , oikea käsi ja vasen jalka) 6 vuoden 7 kuukauden iässä.

/WebMaterial/ShowPic/1208841

Levyen karsastuksen vuoksi häntä seuraa silmälääkäri. Kuulon ilmoitetaan olevan normaali. Psykologisessa arvioinnissa, joka tehtiin 6-vuotiaana, todettiin ilmeisen kielen viive, vaikeuksia siirtymissä ja rutiinien muutoksissa. Kaiken kaikkiaan todettiin, että hänen kykynsä sosiaaliseen vastavuoroisuuteen ja kommunikaatioon oli heikentynyt, minkä arvioitiin aiheuttavan kliinisesti merkittävää toiminnallista haittaa. Hänellä ei kuitenkaan ollut selviä merkkejä stereotyyppisistä, rajoitetuista tai toistuvista kiinnostuksen kohteista, joten hän täytti ICD-10:n mukaiset epätyypillisen autismin diagnostiset kriteerit.

Tutkimuksessa huomataan lyhyt poika, jolla on lappeenluun muotoinen pää, pitkät kasvot, ulkoneva otsa, lievä karsastus, leveä nenä ja nenäsilta, pitkä nielurisat, pitkä suulakihalkio, ohut ylähuuli, korkeakaarinen, ventraalisesti kaventunut suulakihalkio, kaukana toisistaan olevat nännit, leveäpohjaiset sormet ja hypoplastiset varpaankynnet (kuvat 1B-F). Hänen lihaskuntonsa on heikentynyt. Yksityiskohtainen kliininen kuvaus on taulukossa 1.

Taulukko 1

Kliiniset piirteet henkilöillä, joilla on proksimaalinen 12q-deleetio

/WebMaterial/ShowPic/1208843

Menetelmä ja tulokset

Kasvun hidastumisen vuoksi suoritettiin hormoniseulonta 3,4-vuotiaana. Kilpirauhasen toimintakoe oli normaalialueella (TSH 1,77 (0,7-6,0) mlE/L, FT4 16,4 (12,3-23) pmol/L, FT3 5,7 (3,7-8,5) pmol/L), samoin kuin insuliinin kasvutekijä 1 (IGF-1, 38 (27-172) ug/L ja 58 ug/L 3,5 vuoden iässä).

Potilas ohjattiin perinnöllisyystutkimuksiin kehitysviiveen ja dysmorfian vuoksi. Kromosomimikroarray-analyysi tehtiin CytoScan HD:llä (Thermo Fisher) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Analyysissä todettiin 3,1 megatavun interstitiaalinen deleetio kromosomin 12 pitkässä haarassa, arr 12q12q13.11(43889138_47011108)x1. FISH-analyysi suoritettiin viljellyistä veren lymfosyyteistä saaduista metafaasilevityksistä käyttäen BAC-koetinta RCPI-11 95K16 (Empire Genomics), joka sijaitsi deletoidulla alueella, ja käyttäen vakiotekniikoita. Kontrollikokeena käytettiin TelVysion 12q:ta (Abbot), joka sijaitsee subtelomeerisella alueella 12q. Vanhempien metafaasin FISH-analyysillä ei voitu havaita deletioita tai muita uudelleenjärjestelyjä mainitulla alueella (tietoja ei ole esitetty).

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa kuvaamme de novo -deleetion 12q12q13:ssa. Potilaamme deletoitunut alue on osittain päällekkäinen aiemmin kuvattujen deletioiden kanssa viidessä riippumattomassa tapauksessa (kuva 2) . Neljässä tapauksessa, mukaan lukien potilaamme, esiintyi psykomotorista kehitysviivästymää, lyhytkasvuisuutta, pienentynyttä pään ympärysmittaa sekä suuria matalia korvia, karsastusta, leveää nenäsiltaa ja/tai nenää, pitkää suulakihalkioita, alaspäin kääntyneitä suukulmia ja kaukana toisistaan olevia nänniä (taulukko 1). Carlsenin ym. kuvaamalla potilaalla oli suurin osa edellä mainituista kliinisistä piirteistä, vaikka hänellä oli pienet korvat, leveä suu ja melko suurentunut pään ympärysmitta. Kliinisessä tutkimuksessa 10 vuoden iässä hänen pituutensa ja painonsa olivat normaalialueella (10. senttiili).

Kuva 2

Skeemallinen havainnollistus kirjallisuudessa kuvatuista 12q:n karkeista proksimaalisista deleetioista ja tästä tapauksesta. Mustat palkit: julkaistut tapaukset, viivoitetut palkit: julkaistut DECIPHER-tapaukset, harmaat palkit: julkaisemattomat DECIPHER-tapaukset.

/WebMaterial/ShowPic/1208840

Viidennen sormen kliinodaktylia sekä pienet kädet ja/tai jalat olivat yhteisiä piirteitä, joita esiintyi kaikissa viidessä aiemmin kuvatussa tapauksessa, mutta joita ei kuitenkaan esiintynyt potilaallamme. Hypoplastiset varpaankynnet sekä leveäpohjaiset sormet havaittiin potilaallamme, mutta niitä ei raportoitu muilla potilailla. Lisäksi yhdellä potilaalla oli Wengin ym. raportoima synnynnäinen eteisen väliseinävika, ja yhdellä potilaalla havaittiin Carlsenin ym. raportoima laajentunut aortan juuri ja lievästi paksuuntunut kammioväliseinä 21 kuukauden iässä.

Deleetio kattaa 12 proteiineja koodaavaa geeniä, joista neljällä, TWF1:llä, TMEM117:llä, NELL2:lla ja ARID2:lla, on alle 25 %:n haploinsuffisienssipisteet, ja siten ne aiheuttavat todennäköisesti toimintakadon . Lisäksi kolme poistetun alueen geeneistä, ANO6, IRAK4 ja ARID2, on aiemmin yhdistetty tunnettuihin kliinisiin sairauksiin (OMIM morbid). ANO6 liittyy puutteelliseen verihiutaleiden hyytymisaktiivisuuteen, jota kutsutaan Scottin oireyhtymäksi , joka on resessiivinen tila. IRAK4 osallistuu immuunijärjestelmän toimintaan . Potilaamme oireet eivät vastaa näille häiriöille kuvattuja fenotyyppejä.

12q12:n deleetioiden minimikriittisestä alueesta ja kandidaattigeeneistä käytiin keskustelua ainakin neljässä artikkelissa, joissa kuvattiin neljä potilasta, joilla oli päällekkäisiä deleetioita (kuva 2) . Miyake et al. ehdottivat YAF2:ta ja AMIGO2:ta mahdollisiksi ehdokkaiksi fenotyyppiselle tilalle heidän kahdella potilaallaan. Myös Failla ym. tukivat oletusta, jonka mukaan YAF2 liittyy kasvun hidastumiseen. Lisäksi he ehdottivat PRICKLE1:n aiheuttavan oppimisvaikeuksia.

Weng ym. sekä Carlsen ym. huomauttivat NELL2:n merkityksestä hermoston fysiologiassa ja mahdollisesta yhteydestä kasvun hidastumiseen. Tuore tutkimus osoitti NELL2:n merkityksen ruokahalukäyttäytymisessä rotilla ja vähentyneen ruoan saannin sen jälkeen, kun NELL2:n ilmentymistä hypotalamuksessa oli säädelty alaspäin . Kaiken kaikkiaan potilailla, joilla on deleetio 12q, todettiin ainoastaan ruokailuvaikeuksia, mutta ei mitään erityistä mainintaa ruokahalun vähenemisestä. Carlsenin ym. raportoimalla potilaalla, jolla on NELL2:n deleetio, ei myöskään ilmene vakavaa kasvun hidastumista. Siksi oletamme, että NELL2:lla ei todennäköisesti ole merkittävää vaikutusta tässä kohortissa kuvattuun kasvun hidastumiseen.

ARID2:ta ei ole aiemmin pidetty vahvana ehdokasgeeninä kohortissa, jossa on 12q:n proksimaalisia bruttodeleetioita sairastavia potilaita. ARID2 on kuitenkin ainoa päällekkäinen geeni neljässä aiemmin raportoidussa tapauksessa, joka liittyy häiriöön . ARID2 ei ollut deletoitunut Carlsenin ja muiden kuvaamalla potilaalla (kuva 2). Mielenkiintoista on, että kyseisellä potilaalla ei ollut keskivaikeaa eikä vaikeaa kasvun hidastumista (taulukko 1); hänen kasvuparametrinsa olivat jopa normalisoituneet 10-vuotiaana, ja hänen päänympäryksensä oli kasvanut.

ARID2 koodaa AT-rich interactive domain (ARID)-pitoista DNA:ta sitovaa proteiinia, jota tarvitaan SWI/SNF-kromatiinin uudelleenmuokkauskompleksin SWI/SNF-B (PBAF) vakauttamiseen, ja tämä kompleksi säätelisi embryonaalista solujen kuviointia ja solusyklin valvontaa . Se on yhdistetty lyhytkasvuisuuteen, älylliseen kehitysvammaisuuteen ja erityisiin dysmorfisiin piirteisiin . ARID2-puutoksesta kärsiviä potilaita on kuitenkin kuvattu vain muutamia. Näiden tapausten yleisiä kliinisiä oireita ovat lyhytkasvuisuus ja yleinen kehitysviive, johon liittyy kognitiivinen heikentyminen . Heillä on myös yhteisiä dysmorfisia piirteitä, kuten karkeat kasvot, joilla on ulkoneva otsa, leveä nenä ja alaspäin suuntautuvat kitalakeet (taulukko 2). Suurimmalla osalla potilaista esiintyi mikrognatiaa, epänormaalia philtrumia ja taaksepäin kiertyneitä matalia korvia. Lisäksi suurimmalla osalla potilaista oli hypotoniaa, syömisvaikeuksia ja erilaisia käytöshäiriöitä.

Taulukko 2

Kliiniset piirteet henkilöillä, joilla on ARID2-variantteja

/WebMaterial/ShowPic/1208842

Kummallakin kohortilla, joilla on ARID2:n SNV:t ja joilla on koko geenin deleetio (del12q), on yhteisiä selviä kasvojen dysmorfisia piirteitä, kuten ulkoneva otsa, matalalle asettuneet korvat, leveä nenä, pitkä/painuva nielu (philtrum) ja pieni suu. Pienet kädet ja jalat ovat paljon yleisempiä del12q:n omaavilla potilailla, kun taas alaspäin kallistuneita palpebral fissureita esiintyi vain kahdessa tapauksessa. Karkeat kasvot eivät olleet tyypillisiä del12q-ryhmälle, kun taas ARID2 SNVs -ryhmälle ei ollut merkitty laajalle levinneitä nännejä. Hypotonia ja ruokailuvaikeudet ovat piirteitä, jotka on todettu useimmilla potilailla molemmissa ryhmissä. Kehityksen viivästymistä havaittiin kaikilla potilailla.

Suurta kasvun viivästymistä (<-3SD) ei esiintynyt sen enempää ARID2 SNV:n kohortissa kuin Carlsenin ym. potilaalla, jolla oli ehjä ARID2. Lisäksi yhdellä potilaalla, jolla oli intrageninen deleetio ARID2:ssa (DECIPHER 267546), ei ilmennyt vakavaa kasvun hidastumista. Sen sijaan nämä potilaat kasvoivat välillä -1 SD -2,2 SD.

ARID2:n puutos korreloi myös Coffin-Sirisin oireyhtymän (CSS; MIM 617808) kanssa, mikä viittaa globaaliin kehitysviiveeseen, lyhytkasvuisuuteen ja karkeisiin kasvonpiirteisiin . CSS:n aiheuttavat patogeeniset variantit SWI/SNF-BAF-kompleksin eri komponenteissa, mukaan lukien ARID1A ja ARID1B . Koska ARID2 on SWI/SNF-kompleksin PBAF-alayksikön komponentti, ARID2:n samanaikainen ilmentyminen ARID1A:n ja muiden BAF-kompleksin komponenttien kanssa viittaa fenotyyppiseen päällekkäisyyteen, kuten CSS:n älylliseen kehitysvammaisuuteen ja ARID2:n puutokseen . Tyypillisiä CSS:n piirteitä, kuten hypertrichoosia, harvaa hiuspohjakarvoitusta, pitkiä silmäripsiä ja pensselimäisiä kulmakarvoja, ei kuitenkaan esiinny ARID2 SNV:llä eikä del12q-ryhmässä.

ARID2:n sisältämä SWI/SNF-PBAF-proteiinikompleksi säätelee kudosspesifistä geeniekspressiota. ARID2:n köyhtyminen vaikuttaa anabolisen kasvutekijän BMP4:n ja kasvutekijäreseptorin FGFR2:n ilmentymiseen, jotka ovat kriittisiä osteoblastien erilaistumisen, erityisesti pre-osteoblastien sitoutumisen kannalta . Samassa tutkimuksessa osoitettiin ARID2:n köyhtymisen kielteinen vaikutus kypsyvien osteoblastien mineralisaatiofenotyyppiin. Nämä seikat saattavat selittää kasvupoikkeavuudet ja kraniofaktiset piirteet potilailla, joilla on ARID2:n heterotsygoottisia variantteja. Täydellisillä ARID2:n tyrmäyshiirillä on vakavia sydänvikoja, joissa kardiomyosyyttien proliferaatio on vähentynyt ja jotka ovat kuolleita alkiossa. ARID2:n vaikutus sydänjärjestelmän kehitykseen voisi selittää joillakin potilailla havaitut sydänviat (taulukot 1, 2). Ihmisillä ei ole kuvattu yhtään tapausta, jossa ARID2:n homotsygoottinen köyhtyminen olisi ilmennyt.

Merkillepantavaa on, että kaikilla kuvatuilla ARID2:n SNV:llä (frameshift ja nonsense) on haitallinen vaikutus. Variantin c.3411_3412delAG (p.Gly1139Serfs*20) oletettiin jopa osallistuvan nonsense-välitteiseen RNA:n hajoamiseen (nonsense-mediated RNA decay, NMD), mikä johtaa ARID2:n haploinsuffisienssiin. Samanlaista haitallisen vaikutuksen mekanismia voidaan spekuloida myös muiden SNV:iden kohdalla. Yksityiskohtaista analyysia NMD-ilmiöstä minkään ARID2:n SNV:n osalta ei kuitenkaan tehty.

Kahdessa potilasryhmässä esiintynyt kasvun hidastumisen erilainen aste voi itse asiassa viitata SNV:iden tai intragenisten deletioiden ja karkeiden deletioiden erilaisiin vaikutuksiin ARID2:n funktionaaliseen osuuteen patogeneesissä. SNV:iden ja deleetioiden sijainnin analyysi korrelaatiossa ARID2:n rakenteen kanssa voi tuoda uutta valoa näiden geneettisten varianttien mahdollisten toiminnallisten vaikutusten ennustamiseen. ARID2 on 1835 aa:n proteiini, joka sisältää neljä erilaista toiminnallista aluetta (kuva 3). Kolme erittäin konservatiivista DNA:ta sitovaa domeenia (ARID, RFX ja ZNF) yhdessä ydinreseptorin tunnistusmotiivin (LXXLL) kanssa välittävät valittujen geenien transkriptionaalista aktivaatiota .

Kuva 3

ARID2-proteiinirakenne (mukailtu UniProtKB:n Q68CP9:stä) ja patogeenisten varianttien jakaantuminen proteiinissa. Toiminnalliset alueet: ARID: AT-rikas DNA-vuorovaikutusdomeeni, LXXLL: ydinreseptorin tunnistusmotiivi, RFX: siipikierteinen spiraali-DNA-sidontadomeeni, ZNF: C2H2-sinkkisormialue. Shang et al., Bramswig et al. ja Gazdagh et al. raportoimien SNV:iden sijainti on merkitty nuolilla. Van Paemelin ym. ja Gazdaghin ym. raportoimat intrageniset deleetiot on merkitty punaisilla viivoilla ja poistetut eksonit on kommentoitu.

/WebMaterial/ShowPic/1208839

Useimpien LXXLL- ja ZNF-alueiden välissä sijaitsevien SNV:iden ennustetaan aiheuttavan ZNF-domeenin menetyksen. Poikkeuksia ovat ARID-domeenissa sijaitseva p.Arg53Glufs*5-muunnos ja p.Tyr133*, joka sijaitsee heti ARID-domeenin jälkeen. Näillä potilailla sekä p.Gly1139Serfs*20-muunnosta kantavalla potilaalla, jolla on oletettu NMD-vaikutus, on hieman alle -2 SD:n kasvun hidastuminen, joka on vakavampaa kuin potilailla, joilla on muita ARID2:n SNV:itä. Useimmat julkaistut tapaukset, joissa ARID2:n sisällä on intragenisia deleetioita, kattavat joko vain ARID-domeenin (eksonit 3-5 poistettu) tai ARIDin yhdessä LXXLL- ja RFX-alueiden kanssa (eksonit 1-16 poistettu). DECIPHER-potilaalla 267546 ei kuitenkaan ole vakavaa kasvun hidastumista, vaikka kaikki neljä toiminnallista aluetta on poistettu (eksonit 4-21 poistettu). Tämän potilaan kasvuparametreista hänen elämänsä ensimmäisen ja toisen vuosikymmenen aikana tiedetään hyvin vähän. Emme myöskään tiedä, saiko hän hormonihoitoa lyhytkasvuisuuden vuoksi. Taulukossa 2 esitetyt kasvuparametrit vastaavat 23 vuoden ikää, kun taas kaikki muut potilaat on tutkittu nuorempina. Myönnämme, että kasvu on monimutkainen ja dynaaminen ominaisuus, johon vaikuttavat sekä geneettiset että ympäristötekijät. Näin ollen vahvemman vertailevan ja korreloivan analyysin tekemiseksi kasvun ja kehityksen parametreja olisi verrattava jokaisen potilaan kohdalla samassa iässä. Joillakin mukana olleista potilaista todettiin olevan muita geneettisiä variantteja, sekä CNV:itä että SNV:itä, jotka eivät liity 12q11q13-alueeseen. Nämä variantit tulkittiin todennäköisesti hyvänlaatuisiksi niiden toiminnallisen pistemäärän ja/tai periytymistavan perusteella. Emme kuitenkaan voi täysin sulkea pois näiden tai muiden geneettisten varianttien mahdollista toiminnallista vaikutusta kasvuun tai kehitykseen.

Kokonaisuudessaan havaintomme vahvistavat, että 12q11q13-alueen karkeat deleetiot edustavat erillistä geneettisten poikkeavuuksien kliinistä alaryhmää. Kuvattuja deleetioita on eri geeneissä, ja jotkin kliiniset variaatiot ovat samoja tai eroavat toisistaan potilaiden välillä. Kasvun hidastumista (<-2 SD) esiintyy viidellä potilaalla kuudesta, mikä viittaa kriittiseen alueeseen tämän kliinisen piirteen kannalta, ja ARID2 on mahdollinen ehdokasgeeni. Tämä tutkimus on ensimmäinen yritys luoda yhteys 12q12q13:n kookkaiden deleetioiden ja ARID2-puutoksen välille. Sekä ARID2 SNV:n että del12q:n ryhmien fenotyyppien vertaileva analyysi osoittaa, että näiden kahden kohortin välillä on paljon samankaltaisia kraniofaktisia, luuston ja keskushermoston poikkeavuuksia. Kasvun hidastuminen <-2 SD näyttää kuitenkin esiintyvän pääasiassa potilailla, joilla on ARID2-geenin osittain tai kokonaan kattava karkea deleetio. Edellä kuvattujen geneettisten varianttien vaikutuksen tarkempi karakterisointi ARID2:n ilmentymiseen ja proteiinirakenteeseen toisi meille paremman ymmärryksen patogeneesistä potilailla, jotka kantavat proksimaalisia 12q11q13-deleetioita.

Kiitokset

Olemme erittäin kiitollisia tutkimukseen osallistuneelle perheelle.

Eettiset periaatteet

Tämä tutkimus hyväksyttiin eettisessä toimikunnassa. Vanhempien kirjallinen suostumus saatiin.

Paljastusselvitys

Tekijöillä ei ole ilmoitettavaa eturistiriitoja.

Rahoituslähteet

M.S., A.C.T. ja C.S.Z. saivat tukea Arbetslivsfonden-rahoituksesta (ALF-rahoituksesta).

Tekijän kontribuutiot

M.S. laati tutkimuksen. C.S.Z. ja N.P. tutkivat ja kuvasivat potilaan. M.S. ja A.C.T. analysoivat geenitestien tulokset. M.S., A.C.T. ja C.S.Z. kirjoittivat käsikirjoituksen.

  1. Bramswig NC, Caluseriu O, Lüdecke HJ, Bolduc FV, Noel NC, et al: Heterozygosity for ARID2 loss-of-function mutations in individuals with a Coffin-Siris syndrome-like phenotype. Hum Genet 136:297-305 (2017).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  2. Cabot B, Tseng YC, Crodian JS, Cabot R: Differentiaalinen ilmentyminen SWI/SNF kromatiinin uudelleenmuotoilukompleksien keskeisten alayksiköiden erilaista ilmentymää sikojen alkioissa, jotka on johdettu in vitro- tai in vivo. Mol Reprod Dev 84:1238-1249 (2017).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  3. Carlsen EØ, Frengen E, Fannemel M, Misceo D: ANO6:n, NELL2:n ja DBX2:n kaploinsuffisienssi älyllisestä kehitysvammaisuudesta ja kasvuviiveestä kärsivällä pojalla. Am J Med Genet A 167A:1890-1896 (2015).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  4. Emery P, Durand B, Mach B, Reith W: RFX-proteiinit, uusi eukaryoottisessa valtakunnassa konservoitunut DNA:ta sitovien proteiinien perhe. Nucleic Acids Res 24:803-807 (1996).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  5. Failla P, Romano C, Reitano S, Di Benedetto D, Grillo L, et al: 12q12 deletio: uusi potilas, joka myötävaikuttaa genotyyppi-fenotyyppi korrelaatioon. Am J Med Genet A 146A:1354-1357 (2008).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  6. Gazdagh G, Blyth M, Scurr I, Turnpenny PD, Mehta SG, et al: Extending the clinical and genetic spectrum of ARID2 related intellectual disability. Seitsemän potilaan tapaussarja. Eur J Med Genet 62:27-34 (2019).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  7. He L, Tian X, Zhang H, Hu T, Huang X, et al: BAF200 is required for heart morphogenesis and coronary artery development. PLoS One 9:e109493 (2014).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  8. Huang N, Lee I, Marcotte EM, Hurles ME: Haploinsuffenssin karakterisointi ja ennustaminen ihmisen genomissa. PLoS Genet 6:e1001154 (2010).
    Ulkoiset resurssit

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  9. Jeong JK, Kim JG, Kim HR, Lee TH, Lee TH, Park JW, Lee BJ: Keskeisen NELL2:n rooli rottien ruokailukäyttäytymisen säätelyssä. Mol Cells 40:186-194 (2017).
    Ulkoiset resurssit

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  10. Lessard J, Wu JI, Ranish JA, Wan M, Winslow MM, et al: An essential switch in subunit composition of a chromatin remodeling complex during neural development. Neuron 55:201-215 (2007).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  11. Lynch SA, Foulds N, Thuresson AC, Collins AL, Annerén G, et al: The 12q14 microdeletion syndrome: six new cases confirming the role of HMGA2 in growth. Eur J Hum Genet 19:534-539 (2011).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  12. Miyake N, Tonoki H, Gallego M, Harada N, Shimokawa O, et al: Fenotyypin ja genotyypin välinen korrelaatio kahdella potilaalla, joilla on 12q:n proksimaalinen deletio. J Hum Genet 49:282-284 (2004).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  13. Patsialou A, Wilsker D, Moran E: ARID-perheen proteiinien DNA-sitoutumisominaisuudet. Nucleic Acids Res 33:66-80 (2005).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  14. Picard C, Puel A, Bonnet M, Ku CL, Bustamante J, et al: Pyogeeniset bakteeri-infektiot ihmisillä, joilla on IRAK-4:n puutos. Science 299:2076-2079 (2003).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  15. Santen GW, Aten E, Vulto-Van Silfhout AT, Pottinger C, Van Bon BW, ym. mukaan: Coffin-Siris-syndrooma ja BAF-kompleksi: genotyyppi-fenotyyppi-tutkimus 63:ssa potilaassa. Hum Mutat 34:1519-1528 (2013).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  16. Savkur RS, Burris TP: The coactivator LXXLL nuclear receptor recognition motif. J Pept Res 63:207-212 (2004).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  17. Shang L, Cho MT, Retterer K, Folk L, Humberson J, et al: Mutations in ARID2 are associated with intellectual disabilities. Neurogenetics 16:307-314 (2015).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  18. Suzuki J, Umeda M, Sims PJ, Nagata S: Kalsium-riippuvainen fosfolipidien sekoittuminen TMEM16F:n avulla. Nature 468:834-838 (2010).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  19. Tonoki H, Saitoh S, Kobayashi K: Potilas, jolla on del(12)(q12q13.12) ja joka ilmentää poikkeavuuksia, jotka ovat sopusoinnussa Noonanin oireyhtymään. Am J Med Genet 75:416-418 (1998).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  20. Van Paemel R, De Bruyne P, Van Der Straaten S, D’hondt M, Frankel U, et al: Confirmation of an ARID2 defect in SWI/SNF-related intellectual disability. Am J Med Genet A 173:3104-3108 (2017).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  21. Weng Y, Luo X, Hou L. Weng Y, Luo X, Hou L: Deletio at 12q12 lisää kehitysviiveen ja älyllisen kehitysvammaisuuden riskiä. Ann Hum Genet 82:482-487 (2018).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  22. Xu F, Flowers S, Moran E: ARID2-proteiinia sisältävän SWI/SNF-kompleksin olennainen rooli kudosspesifisessä geeniekspressiossa. J Biol Chem 287:5033-5041 (2012).
    Ulkoiset resurssit

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

  23. You JS, De Carvalho DD, Dai C, Liu M, Pandiyan K, et al: SNF5 is an essential executor of epigenetic regulation during differentiation. PLoS Genet 9:e1003459 (2013).
    Ulkoiset lähteet

    • Pubmed/Medline (NLM)
    • Crossref (DOI)

Tekijän yhteystiedot

Maria Sobol

Immunologian osasto, Genetiikka ja patologia, Science for Life Laboratory

Uppsalan yliopisto, Rudbeck Laboratory C11

SE-75185 Uppsala (Ruotsi)

[email protected]

Artikkelin / julkaisun tiedot

Ensimmäisen sivun esikatselu

Originaalin artikkelin abstrakti

Hyväksytty: Maaliskuu 16, 2020
Julkaistu verkossa: Huhtikuu 10, 2020
Julkaisun ilmestymispäivä: Heinäkuu 2020

Painettujen sivujen määrä:

ISSN: 1661-8769 (Print)
eISSN: 1661-8777 (Online)

Lisätietoja: https://www.karger.com/MSY

Open Access -lisenssi / Lääkkeiden annostelu / Vastuuvapauslauseke

Tämä artikkeli on lisensoitu Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License (CC BY-NC-ND) -lisenssillä. Käyttö ja jakelu kaupallisiin tarkoituksiin sekä muutetun aineiston jakelu edellyttää kirjallista lupaa. Lääkkeen annostus: Kirjoittajat ja kustantaja ovat pyrkineet kaikin tavoin varmistamaan, että tässä tekstissä esitetyt lääkevalinnat ja annostukset vastaavat julkaisuhetkellä voimassa olevia suosituksia ja käytäntöjä. Jatkuvan tutkimuksen, viranomaismääräysten muutosten sekä lääkehoitoon ja lääkevaikutuksiin liittyvän jatkuvan tiedonkulun vuoksi lukijaa kehotetaan kuitenkin tarkistamaan kunkin lääkkeen pakkausselosteesta mahdolliset muutokset käyttöaiheissa ja annostelussa sekä lisätyt varoitukset ja varotoimet. Tämä on erityisen tärkeää silloin, kun suositeltu lääke on uusi ja/tai harvoin käytetty lääke. Vastuuvapauslauseke: Tämän julkaisun sisältämät lausunnot, mielipiteet ja tiedot ovat yksinomaan yksittäisten kirjoittajien ja tekijöiden eivätkä kustantajien ja päätoimittajan (päätoimittajien) omia. Mainosten ja/tai tuoteviittausten esiintyminen julkaisussa ei ole takuu, suositus tai hyväksyntä mainostetuille tuotteille tai palveluille tai niiden tehokkuudelle, laadulle tai turvallisuudelle. Julkaisija ja päätoimittaja(t) eivät ole vastuussa mistään henkilö- tai omaisuusvahingoista, jotka johtuvat sisällössä tai mainoksissa mainituista ideoista, menetelmistä, ohjeista tai tuotteista.

Articles

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.