Sodan päättyessä amerikkalaiset joukot palasivat Filippiineille. Vaikka Hukbalahap odotti, että heidän sotaponnistelunsa tunnustettaisiin ja heitä kohdeltaisiin liittolaisina, amerikkalaiset USAFFE-sissien ja entisten PC:n jäsenten avulla riisuivat väkisin aseista Huk-joukkueet ja syyttivät samalla muita sissejä maanpetoksesta, kapinasta ja kumouksellisesta toiminnasta, mikä johti Luis Tarucin ja Casto Alejandrinon pidätyksiin vuonna 1945 sekä sellaisiin välikohtauksiin, kuten 109 Huk-sissien joukkomurhaan Malolosissa, Bulacanissa.
Syyskuussa 1945 presidentti Sergio Osmeña vapautti Tarucin, Alejandrinon ja muut Huk-johtajat vankilasta. Tämän jälkeen PKP hajotti Huk-johtajien välityksellä liikkeen virallisesti ja perusti Hukbalahapin veteraaniliiton saadakseen Hukbalahapin tunnustetuksi lailliseksi sissiliikkeeksi. Alejandrino oli sen nimellinen puheenjohtaja.
Vuonna 1946 Keski-Luzonin talonpojat tukivat demokraattisen liiton jäseniä saman vuoden vaaleissa, ja kuusi ehdokasta voitti lopulta paikan senaatissa. Näiden ehdokkaiden joukossa oli Luis Taruc. Hallitus kuitenkin esti heitä istumasta kongressissa, mikä vain pahensi kielteisiä tunteita Keski-Luzonin talonpoikien keskuudessa. Uusi Roxasin hallinto yritti rauhoitusohjelmaa Tarucin, Alejandrinon, Juan Feleon ja muiden edustajien avustuksella. Heidän mukanaan olisi MP:n vartijoita ja hallituksen virkamiehiä, jotka yrittäisivät rauhoittaa talonpoikaisryhmiä, mutta tämä ei kuitenkaan tuottanut minkäänlaista menestystä. Muutaman päivän kuluttua niin sanotusta ”aselevosta” väkivaltaisuudet puhkesivat jälleen kerran Keski-Luzonissa. Taruc ja muut väittivät, että siviilivartijat ja hallituksen virkamiehet ”sabotoivat rauhanprosessia”.
Feleon pysäytti 24. elokuuta 1946 suuri joukko ”väsyneisiin univormuihin pukeutuneita aseistettuja miehiä” Gapanissa, Nueva Ecijassa. Hän oli suunnitellut esittävänsä talonpoikien huolenaiheet sisäministeri Jose Zuluetalle, ennen kuin hänet otettiin kiinni ja tapettiin. Tuhannet huk-veteraanit ja PKM:n jäsenet olivat varmoja, että Feleon murhasivat maanomistajat tai mahdollisesti Roxasin hallinto itse. Tapaus johti siihen, että Taruc liittyi talonpoikien joukkoon ja sytytti kapinan uudelleen. Tämän jälkeen Roxasin hallinto kielsi Hukbalahapin 6. maaliskuuta 1948.
Vuonna 1949 Hukbalahapin jäsenet väijyivät ja murhasivat Filippiinien Punaisen Ristin puheenjohtajan ja Filippiinien toisen presidentin Manuel L. Quezonin lesken Aurora Quezonin, joka oli matkalla kotikaupunkiinsa Quezonin muistosairaalan vihkiäisiin. Surmansa sai myös useita muita, muun muassa hänen vanhin tyttärensä ja vävynsä. Hyökkäys aiheutti maailmanlaajuisen tuomion Hukbalahapseille, jotka väittivät, että hyökkäyksen tekivät ”luopiojäsenet”. Jatkuva tuomitseminen ja liikkeen uudet sodanjälkeiset syyt saivat Huk-johtajat ottamaan vuonna 1950 käyttöön uuden nimen, ”Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” eli ”Kansan vapautusarmeija”.
Kansan sympatiat liikettä kohtaan olivat vähentyneet sen sodanjälkeisten iskujen vuoksi. Huksit toteuttivat ryöstö-, ryöstö-, ryöstö-, väijytys-, murha-, raiskaus-, pikkukylien verilöyly-, kidnappaus- ja pelottelukampanjan. Huksit takavarikoivat varoja ja omaisuutta liikkeensä ylläpitämiseksi ja tukeutuivat pienten kylien järjestäjien poliittiseen ja aineelliseen tukeen. Huk-liike levisi pääasiassa Nueva Ecijan, Pampangan, Tarlacin ja Bulacanin keskusprovinteissa sekä Nueva Vizcayassa, Pangasinanissa, Laguunassa, Bataanissa ja Quezonissa.
Tärkeä liike hukien vastaisessa kampanjassa oli metsästäjä-tappaja sissitappajien vastaisen vastaisen erikoisjoukkojen lähettäminen. ”Nenita”-yksikkö (1946-1949) oli ensimmäinen tällaisista erikoisjoukoista, joiden päätehtävänä oli hävittää huksit. Nenita-joukkoa komensi majuri Napoleon Valeriano. Nenitan terroritaktiikka, jota ei kohdistettu vain toisinajattelijoihin vaan myös lainkuuliaisiin ihmisiin, auttoi toisinaan Huksia saamaan sen seurauksena kannattajia.
Heinäkuussa 1950 majuri Valeriano otti Bulacanissa toimivan 7. pataljoonan eliittitaistelujoukkueen (Battalion Combat Team, BCT) komennon. 7. BCT:n maine kehittyisi kohti kattavamman ja epätavanomaisemman kapinanvastaisen strategian käyttöä, ja se vähentäisi satunnaista raakuutta siviiliväestöä kohtaan.
Kesäkuussa 1950 amerikkalaisten hälytys huk-kapinasta kylmän sodan aikana sai presidentti Trumanin hyväksymään erityisen sotilaallisen avun, johon sisältyi sotilaallista neuvontaa, sotilaallisen kaluston myyntiä Filippiineille omakustannushintaan ja taloudellista apua Yhdysvaltojen yhteisen sotilaallisen neuvoa-antavan neuvoa-antavan ryhmän (Joint United States Military Advisory Group, JUSMAG) puitteissa. Pugad Lawinin huudon ”vuosipäivän juhlassa” 26. elokuuta 1950 hukit valtasivat väliaikaisesti Santa Cruzin, Lagunassa ja Camp Makabulosin, Tarlacissa, takavarikoiden rahaa, elintarvikkeita, aseita, ampumatarvikkeita, vaatteita, lääkkeitä ja toimistotarvikkeita. 85-86 Syyskuussa 1950 entinen USA:n liittovaltion sisseistä koostuva USAFFE:n sissi Ramon Magsaysay nimitettiin amerikkalaisten neuvojen perusteella maanpuolustusministeriksi. Huk-kapinan voimistuessa ja Filippiinien turvallisuustilanteen muuttuessa vakavasti uhatuksi Magsaysay kehotti presidentti Elpidio Quirinoa keskeyttämään habeas corpus -lain soveltamisen Huk-kampanjan ajaksi. Lokakuun 18. päivänä 1950 Magsaysay valloitti sihteeristön, mukaan lukien pääsihteeri Jose Lava, sen jälkeen, kun hän oli aiemmin valloittanut poliittisen toimiston Manilassa.:90
Amerikkalaisen avun ansiosta Magsaysaysay pystyi perustamaan lisää BCT:itä, jolloin niiden määrä nousi kahteenkymmeneenkuuteen kuuteen. Vuoteen 1951 mennessä armeijan vahvuus oli kasvanut 60 prosenttia edellisvuodesta, ja BCT:n vahvuus oli 1 047 miestä. Suuria sotilaallisia hyökkäyskampanjoita hukkeja vastaan toteuttivat 7., 16., 17. ja 22. BCT:t.
Toinen merkittävä ponnistus hukkeja vastaan oli eversti Alfredo M. Santosin komennossa olleen Panay Task Forcen (joka koostui 15. BCT:stä, joistakin 9. BCT:n osista ja Filippiinien poliisivoimien komennuskunnista Iloilossa, Capizissa ja Antiquessa) operaatio ”Knockout”. Operaatio suoritti yllätyshyökkäyksen Guillermo Capadociaa vastaan, joka oli Visayasin Hukin aluekomennuskunnan komentaja, entinen pääsihteeri ja yksi PKP:n perustajista. Santosin mestariteos oli Pedro Valentinin värvääminen, paikallisen vuoristojohtajan, joka tunsi ihmiset ja maaston kuin omat taskunsa. Capadocia kuoli Panaylla:98 taisteluhaavoihin 20. syyskuuta 1952.
Vuonna 1954 everstiluutnantti Laureño Maraña, 16. PK-komppanian Force X:n entinen päällikkö, otti komentoonsa 7. BCT:n, josta oli tullut yksi Filippiinien maavoimien liikkuvimmista iskujoukoista hukkeja vastaan, Valerianolta, joka oli nyt eversti. Force X käytti psykologista sodankäyntiä taistelutiedustelun ja soluttautumisen avulla, joka nojasi salaisuuteen hyökkäyksen suunnittelussa, koulutuksessa ja toteutuksessa. Force X:stä ja Nenitasta saadut opit yhdistettiin 7. BCT:ssä.
Hukkeja vastaan käytyjen kokonaisvaltaisten dissipaation vastaisten kampanjoiden ansiosta heitä oli vuoteen 1954 mennessä alle 2 000, ja ilman paikallisten tukijoiden suojelua ja tukea aktiivinen huk-vastarinta ei enää muodostanut vakavaa uhkaa Filippiinien turvallisuudelle. Helmikuun 1954 ja syyskuun puolivälin välisenä aikana toteutettiin suurin hukien vastainen operaatio ”Operaatio Thunder-Lightning”, jonka tuloksena Luis Taruc antautui 17. toukokuuta. Muita operaatioita jäljellä olevien sissien puhdistamiseksi jatkui koko vuoden 1955 ajan, ja niiden määrä väheni vuoden loppuun mennessä alle tuhanteen.