Výzkumníci si mohou vybrat z několika systémů LSFM/SPIM (Single/Selective Plane Illumination Microscopy), které se v některých aspektech liší, ale všechny mají tyto hlavní vlastnosti: na rozdíl od konfokální nebo širokoúhlé fluorescenční mikroskopie je světelnou vrstvou osvětlován pouze tenký výřez vzorku. Dalším důležitým rozdílem je oddělení optických cest osvětlení a detekce. Aby se zabránilo měření rozostřené fluorescence, je emitované světlo detekováno v jiné ose, než je osa osvětlení (např. ortogonální). Tímto způsobem není excitována zbytečná rozostřená fluorescence, což zabraňuje fotobleachingu a fotopoškození v oblastech, které nejsou právě snímány. A konečně, u LSFM se obraz vytváří skenováním roviny světla (optickým řezem), nikoli bod po bodu, což ve srovnání s konfokální mikroskopií výrazně zvyšuje rychlost skenování.
Tyto výhody – snížení buněčného stresu, fluorescence na pozadí a časové náročnosti – jsou důležité zejména při 3D zobrazování živých buněk citlivých biologických vzorků.
.