I slutet av kriget återvände de amerikanska styrkorna till Filippinerna. Medan Hukbalahap förväntade sig att deras krigsinsatser skulle erkännas och behandlas som allierade, tvångsavväpnade amerikanerna, med hjälp av USAFFE-gerillan och före detta PC-medlemmar, Huk-skvadroner samtidigt som de anklagade andra gerillasoldater för förräderi, uppvigling och omstörtande verksamhet, vilket ledde till att Luis Taruc och Casto Alejandrino arresterades 1945, samt till incidenter som massakern på 109 Huk-gerillasoldater i Malolos, Bulacan.
I september 1945 släppte president Sergio Osmeña Taruc, Alejandrino och andra Huk-ledare från fängelset. PKP, genom Huk-ledare, upplöste sedan formellt rörelsen och bildade Hukbalahap Veterans’ League i ett försök att få Hukbalahap erkänt som en legitim gerillarörelse. Alejandrino var dess nominella ordförande.
In 1946 stödde bönderna i centrala Luzon medlemmar av den demokratiska alliansen i det årets val, och sex kandidater vann slutligen platser i senaten. Bland dessa kandidater fanns Luis Taruc. De hindrades dock av regeringen från att sitta i kongressen, vilket bara förvärrade den negativa stämningen bland bönderna i centrala Luzon. Den nya Roxas-administrationen försökte sig på ett pacificeringsprogram, med hjälp av Taruc, Alejandrino, Juan Feleo och andra representanter. De skulle åtföljas av MP-gardister och regeringstjänstemän för att försöka pacificera bondegrupper, men detta resulterade inte i någon form av framgång. Några dagar efter den så kallade ”vapenvilan” bröt våldet återigen ut i centrala Luzon. Taruc och andra hävdade att civilgardister och regeringstjänstemän ”saboterade fredsprocessen”.
Den 24 augusti 1946 stoppades Feleo av en stor grupp ”beväpnade män i trötthetsuniformer” i Gapan, Nueva Ecija. Han hade planerat att presentera böndernas oro för inrikesministern Jose Zulueta, innan han togs och dödades. Tusentals Huk-veteraner och PKM-medlemmar var säkra på att Feleo mördades av godsägare, eller möjligen av Roxas-administrationen själv. Händelsen ledde till att Taruc anslöt sig till bönderna och återuppväckte upproret. Roxas administration förbjöd sedan Hukbalahap den 6 mars 1948.
1949 överföll och mördade Hukbalahap-medlemmar Aurora Quezon, ordförande för Filippinska Röda Korset och änka till Filippinernas andra president Manuel L. Quezon, när hon var på väg till sin hemstad för invigningen av Quezon Memorial Hospital. Flera andra personer dödades också, däribland hennes äldsta dotter och svärson. Denna attack ledde till ett världsomfattande fördömande av Hukbalahaps, som hävdade att attacken utfördes av ”avhoppade” medlemmar. Det fortsatta fördömandet och rörelsens nya orsaker efter kriget fick Huk-ledarna att anta ett nytt namn, ”Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” eller ”Folkets befrielsearmé” 1950.
Offentlighetens sympatier för rörelsen hade avtagit på grund av deras attacker efter kriget. Huks genomförde en kampanj av räder, överfall, rån, bakhåll, mord, våldtäkter, massakrer på små byar, kidnappningar och hotelser. Huks konfiskerade medel och egendom för att upprätthålla sin rörelse och förlitade sig på små byorganisatörer för politiskt och materiellt stöd. Huk-rörelsen var främst spridd i de centrala provinserna Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan och i Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan och Quezon.
En viktig rörelse i kampanjen mot Huks var utplaceringen av jägar- och mördarbekämpande specialförband mot gerillan. Enheten ”Nenita” (1946-1949) var den första av dessa specialstyrkor vars huvuduppgift var att eliminera Huks. Nenita-styrkan leddes av major Napoleon Valeriano. Nenita-terrortaktiken som inte bara begicks mot oliktänkande utan även mot laglydiga människor bidrog ibland till att Huks fick anhängare som en följd av detta.
I juli 1950 tog major Valeriano befälet över elitstyrkan 7:e bataljonen (Battalion Combat Team, BCT) i Bulacan. 7:e BCT skulle utveckla ett rykte om att använda en mer omfattande, mer okonventionell strategi för upprorsbekämpning och minskade den slumpmässiga brutaliteten mot civilbefolkningen.
I juni 1950 fick amerikanernas oro över Huks uppror under det kalla kriget president Truman att godkänna ett särskilt militärt bistånd som omfattade militär rådgivning, försäljning till självkostnadspris av militär utrustning till Filippinerna och finansiellt stöd inom ramen för Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). Den 26 augusti 1950, i ett ”jubileumsfirande” av Pugad Lawins rop, intog Huks tillfälligt Santa Cruz i Laguna och Camp Makabulos i Tarlac och konfiskerade pengar, livsmedel, vapen, ammunition, kläder, medicin och kontorsmaterial:85-86 I september 1950 utsågs den tidigare USAFFE-gerillan Ramon Magsaysay på amerikanskt inrådan till minister för nationellt försvar. Eftersom Huk-upproret växte i styrka och säkerhetsläget i Filippinerna blev allvarligt hotat, uppmanade Magsaysay president Elpidio Quirino att upphäva lagen om habeas corpus under den tid som Huk-kampanjen pågick. Den 18 oktober 1950 intog Magsaysay sekretariatet, inklusive generalsekreteraren Jose Lava, efter att tidigare ha intagit politbyrån i Manila. 90
Amerikanskt stöd gjorde det möjligt för Magsaysay att skapa fler BCT:er, vilket innebar att det totala antalet uppgick till tjugosex. År 1951 hade arméns styrka ökat med 60 procent jämfört med föregående år med 1 047 man starka BCT:er. Större militära offensiva kampanjer mot Huks genomfördes av 7:e, 16:e, 17:e och 22:a BCT.
En annan stor insats mot Huks var Operation ”Knockout” av Panay Task Force (bestående av 15:e BCT, vissa delar av 9:e BCT och de filippinska polisstyrkorna i Iloilo, Capiz och Antique) under befäl av överste Alfredo M. Santos. Operationen genomförde en överraskningsattack mot Guillermo Capadocia, befälhavare för Huk Regional Command i Visayas, tidigare generalsekreterare och en av PKP:s grundare. Santos mästerliga drag var att värva Pedro Valentin, en lokal bergsledare som kände folket och terrängen som sin egen ficka. Capadocia dog på Panay,:98 av stridsskador, den 20 september 1952.
1954 tog överstelöjtnant Laureño Maraña, den tidigare chefen för styrka X i 16:e PC-kompaniet, över befälet över 7:e BCT, som hade blivit en av de mest rörliga slagstyrkorna i de filippinska markstyrkorna mot Huks, från Valeriano som nu var överste. Force X använde sig av psykologisk krigföring genom stridsunderrättelseverksamhet och infiltration som förlitade sig på hemlighetsmakeri vid planering, utbildning och genomförande av attacker. Lärdomarna från Force X och Nenita kombinerades i 7th BCT.
Med de totala anti-dissidentkampanjerna mot Huks, som 1954 uppgick till mindre än 2 000 personer, och utan skydd och stöd från lokala anhängare utgjorde det aktiva huk-motståndet inte längre något allvarligt hot mot den filippinska säkerheten. Från februari till mitten av september 1954 genomfördes den största anti-Huk-operationen, ”Operation Thunder-Lightning”, som resulterade i att Luis Taruc överlämnade sig den 17 maj. Ytterligare saneringsoperationer av kvarvarande gerillor pågick under hela 1955 och minskade dess antal till mindre än 1 000 vid årets slut.