La sfârșitul războiului a avut loc întoarcerea forțelor americane în Filipine. În timp ce Hukbalahap se așteptau ca eforturile lor de război să le fie recunoscute și să fie tratați ca aliați, americanii, cu ajutorul gherilelor USAFFE și al foștilor membri ai PC, au dezarmat cu forța escadroanele Huk, acuzând în același timp alte gherile de trădare, răzvrătire și activitate subversivă, ceea ce a dus la arestarea lui Luis Taruc și Casto Alejandrino în 1945, precum și la incidente precum masacrarea a 109 gherile Huk în Malolos, Bulacan.
În septembrie 1945, președintele Sergio Osmeña i-a eliberat din închisoare pe Taruc, Alejandrino și alți lideri Huk. PKP, prin intermediul liderilor Huk, a desființat apoi în mod oficial mișcarea și a format Liga Veteranilor Hukbalahap, într-un efort de a obține recunoașterea Hukbalahap ca o mișcare de gherilă legitimă. Alejandrino a fost președintele nominal al acesteia.
În 1946, țăranii din Luzon Central i-au susținut pe membrii Alianței Democratice în alegerile din acel an, șase candidați câștigând în cele din urmă locuri în Senat. Printre acești candidați se număra Luis Taruc. Cu toate acestea, ei au fost împiedicați de guvern să stea în Congres, ceea ce nu a făcut decât să exacerbeze sentimentul negativ în rândul țăranilor din Central Luzon. Noua administrație Roxas a încercat un program de pacificare, cu ajutorul lui Taruc, Alejandrino, Juan Feleo și al altor reprezentanți. Aceștia urmau să fie însoțiți de gărzile MP și de oficiali guvernamentali pentru a încerca să pacifice grupurile de țărani, însă acest lucru nu s-a soldat cu niciun fel de succes. La câteva zile de la așa-zisul „armistițiu”, violențele au izbucnit din nou în Luzon Central. Taruc și alții au susținut că gărzile civile și oficialii guvernamentali „sabotau procesul de pace”.
La 24 august 1946, Feleo a fost oprit de o bandă mare de „bărbați înarmați în uniforme de oboseală” în Gapan, Nueva Ecija. El plănuise să prezinte preocupările țăranilor secretarului de interne Jose Zulueta, înainte de a fi luat și ucis. Mii de veterani Huk și membri ai PKM erau siguri că Feleo a fost asasinat de proprietarii de terenuri sau, posibil, chiar de administrația Roxas. Incidentul a făcut ca Taruc să se alăture țăranilor și să reaprindă insurecția. Administrația Roxas a scos apoi Hukbalahap în afara legii la 6 martie 1948.
În 1949, membrii Hukbalahap au întins o ambuscadă și au ucis-o pe Aurora Quezon, președinta Crucii Roșii filipineze și văduva celui de-al doilea președinte al Filipinelor, Manuel L. Quezon, în timp ce se îndrepta spre orașul său natal pentru inaugurarea spitalului Quezon Memorial. Au fost ucise și alte câteva persoane, inclusiv fiica ei cea mare și ginerele. Acest atac a adus condamnarea la nivel mondial a Hukbalahaps, care a susținut că atacul a fost comis de membri „renegați”. Condamnarea continuă și noile cauze postbelice ale mișcării i-au determinat pe liderii Huk să adopte un nou nume, „Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” sau „Armata Populară de Eliberare” în 1950.
Simpatia publicului pentru mișcare scăzuse din cauza atacurilor lor postbelice. Huks au desfășurat o campanie de raiduri, jafuri, tâlhării, ambuscade, crime, violuri, masacre de sate mici, răpiri și intimidări. Huks au confiscat fonduri și proprietăți pentru a-și susține mișcarea și s-au bazat pe organizatorii din satele mici pentru sprijin politic și material. Mișcarea Huk a fost răspândită în principal în provinciile centrale Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan și în Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan și Quezon.
O mișcare importantă în campania împotriva Huks a fost desfășurarea de unități speciale de contra gherilă de vânători-ucigași. Unitatea „Nenita” (1946-1949) a fost prima dintre aceste forțe speciale a cărei misiune principală a fost de a-i elimina pe Huks. Forța „Nenita” a fost comandată de maiorul Napoleon Valeriano. Tacticile de teroare ale „Nenita”, care nu au fost comise doar împotriva disidenților, ci și față de oamenii care respectau legea, i-au ajutat uneori pe Huks să câștige susținători ca o consecință.
În iulie 1950, maiorul Valeriano a preluat comanda echipei de luptă de elită a Batalionului 7 (BCT) din Bulacan. Cel de-al 7-lea BCT avea să își dezvolte o reputație în direcția utilizării unei strategii de contrainsurgență mai cuprinzătoare și mai neconvenționale și a redus brutalitatea aleatorie împotriva populației civile.
În iunie 1950, alarma americană cu privire la rebeliunea Huk în timpul Războiului Rece l-a determinat pe președintele Truman să aprobe o asistență militară specială care includea consultanță militară, vânzarea la preț de cost a echipamentelor militare către Filipine și ajutor financiar în cadrul Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). La 26 august 1950, în cadrul unei „sărbătoriri aniversare” a Strigătului lui Pugad Lawin, Huks a ocupat temporar Santa Cruz, Laguna și Camp Makabulos, Tarlac, confiscând bani, alimente, arme, muniții, îmbrăcăminte, medicamente și furnituri de birou:85-86. În septembrie 1950, fostul gherilă USAFFE, Ramon Magsaysay a fost numit ministru al Apărării Naționale la sfatul americanilor. Având în vedere că rebeliunea Huk devenea din ce în ce mai puternică, iar situația de securitate din Filipine era serios amenințată, Magsaysay l-a îndemnat pe președintele Elpidio Quirino să suspende dreptul de habeas corpus pe durata campaniei Huk. La 18 oct. 1950, Magsaysay a capturat Secretariatul, inclusiv pe secretarul general Jose Lava, în urma capturării anterioare a Biroului Politic din Manila. 90
Asistența americană i-a permis lui Magsaysay să creeze mai multe BCT-uri, ajungând la un total de douăzeci și șase. Până în 1951, efectivele armatei au crescut cu 60% față de anul precedent, cu BCT-uri de 1.047 de oameni. Marile campanii militare ofensive împotriva Huks au fost desfășurate de către al 7-lea, al 16-lea, al 17-lea și al 22-lea BCT.
Un alt efort major împotriva Huks a fost Operațiunea „Knockout” a Forței operative Panay (compusă din al 15-lea BCT, unele elemente ale celui de-al 9-lea BCT și comandamentele de jandarmi filipinezi din Iloilo, Capiz și Antique) sub comanda colonelului Alfredo M. Santos. Operațiunea a efectuat un atac surpriză asupra lui Guillermo Capadocia, comandantul Comandamentului regional Huk din Visayas, fost secretar general și unul dintre fondatorii PKP. Lovitura de maestru a lui Santos a fost înrolarea lui Pedro Valentin, un lider local de munte care cunoștea oamenii și terenul ca în palmă. Capadocia a murit în Panay,:98 din cauza rănilor de luptă, la 20 septembrie 1952.
În 1954, locotenent-colonelul Laureño Maraña, fostul șef al Forței X din Compania a 16-a PC, a preluat comanda celui de-al 7-lea BCT, care devenise una dintre cele mai mobile forțe de atac ale forțelor terestre filipineze împotriva Huks, de la Valeriano, care era acum colonel. Forța X folosea războiul psihologic prin informații de luptă și infiltrare, care se baza pe secretul în planificarea, pregătirea și executarea atacului. Lecțiile învățate de la Forța X și de la Nenita au fost combinate în cadrul celui de-al 7-lea BCT.
Cu toate campaniile de combatere a dizidenței împotriva Huks, aceștia numărau mai puțin de 2.000 de persoane până în 1954 și, fără protecția și sprijinul susținătorilor locali, rezistența activă a Hukilor nu mai reprezenta o amenințare serioasă la adresa securității filipineze. Din februarie până la jumătatea lunii septembrie 1954, s-a desfășurat cea mai mare operațiune anti-Huk, „Operațiunea Thunder-Lightning”, care a dus la predarea lui Luis Taruc la 17 mai. Alte operațiuni de curățare a gherilelor rămase au durat pe tot parcursul anului 1955, diminuând numărul acestora la mai puțin de 1.000 până la sfârșitul anului.
.