O fim da guerra viu o regresso das forças americanas nas Filipinas. Enquanto os Hukbalahap esperavam ter seus esforços de guerra reconhecidos e serem tratados como aliados, os americanos, com a ajuda dos guerrilheiros da USAFFE e ex-membros do PC, desarmaram à força esquadrões Huk enquanto acusavam outros guerrilheiros de traição, sedição e atividade subversiva, levando às prisões de Luis Taruc e Casto Alejandrino em 1945, assim como incidentes como o massacre de 109 guerrilheiros Huk em Malolos, Bulacan.
Em Setembro de 1945, o Presidente Sergio Osmeña libertou Taruc, Alejandrino, e outros líderes do Huk da prisão. O PKP, através dos líderes do Huk, então desmantelou formalmente o movimento e formou a Liga dos Veteranos do Hukbalahap num esforço para fazer com que o Hukbalahap fosse reconhecido como um movimento guerrilheiro legítimo. Alejandrino foi seu presidente nominal.
Em 1946, os camponeses da Central Luzon apoiaram os membros da Aliança Democrática nas eleições daquele ano, com seis candidatos acabando por ganhar assentos no Senado. Entre esses candidatos estava Luis Taruc. No entanto, eles foram impedidos de participar do Congresso pelo governo, o que só exacerbou o sentimento negativo entre os camponeses do centro de Luzon. A nova administração Roxas tentou um programa de pacificação, com a ajuda de Taruc, Alejandrino, Juan Feleo, e outros representantes. Eles seriam acompanhados por guardas parlamentares e funcionários do governo para tentar pacificar os grupos camponeses, mas isso não resultou em nenhum tipo de sucesso. Em poucos dias após a chamada “trégua”, a violência voltou a irromper na Central Luzon. Taruc e outros afirmaram que guardas civis e oficiais do governo estavam “sabotando o processo de paz”.
Em 24 de agosto de 1946, Feleo foi detido por um grande grupo de “homens armados em uniformes de fadiga” em Gapan, Nueva Ecija. Ele havia planejado apresentar as preocupações do camponês ao Secretário do Interior José Zulueta, antes que ele fosse levado e morto. Milhares de veteranos do Huk e membros do PKM estavam certos de que Feleo foi assassinado por senhorios, ou possivelmente pela própria administração Roxas. O incidente levou Taruc a juntar-se aos camponeses e a reiniciar a insurreição. A administração Roxas então proibiu o Hukbalahap em 6 de março de 1948.
Em 1949, membros do Hukbalahap emboscaram e assassinaram Aurora Quezon, Presidente da Cruz Vermelha Filipina e viúva do segundo presidente das Filipinas, Manuel L. Quezon, quando ela estava a caminho de sua cidade natal para a dedicação do Quezon Memorial Hospital. Vários outros também foram mortos, incluindo a sua filha e genro mais velhos. Este ataque trouxe a condenação mundial dos Hukbalahaps, que afirmaram que o ataque foi feito por membros “renegados”. A contínua condenação e novas causas pós-guerra do movimento levaram os líderes Huk a adotar um novo nome, o “Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” ou o “Exército de Libertação do Povo” em 1950.
Público simpatizantes do movimento tinham diminuído devido aos seus ataques pós-guerra. Os Huks levaram a cabo uma campanha de ataques, assaltos, assaltos, emboscadas, assassinatos, estupros, massacres de pequenas aldeias, raptos e intimidação. Os Huks confiscaram fundos e propriedades para sustentar seu movimento e contaram com o apoio político e material de organizadores de pequenas vilas. O movimento Huk espalhou-se principalmente nas províncias centrais de Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, e em Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan e Quezon.
Um movimento importante na campanha contra os Huks foi o destacamento de unidades especiais de caçadores-assassassinos contra a guerrilha. A unidade “Nenita” (1946-1949) foi a primeira de tais forças especiais cuja principal missão era eliminar os Huks. A Força Nenita foi comandada pelo Major Napoleão Valeriano. As táticas de terror dos Nenitas, que não só eram cometidas contra dissidentes, mas também contra pessoas cumpridoras da lei, às vezes ajudavam os Huks a ganhar adeptos como consequência.
Em julho de 1950, o Major Valeriano assumiu o comando do 7º Batalhão de elite da Equipe de Combate (BCT) em Bulacan. O 7º BCT desenvolveria uma reputação de empregar uma estratégia de contrainsurgência mais abrangente e não convencional e reduziria a brutalidade aleatória contra a população civil.
Em junho de 1950, o alarme americano sobre a rebelião Huk durante a Guerra Fria levou o Presidente Truman a aprovar assistência militar especial que incluía aconselhamento militar, venda ao custo de equipamento militar para as Filipinas e ajuda financeira sob o Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). Em 26 de agosto de 1950, em uma “celebração de aniversário” do Grito de Pugad Lawin, os Huks apreenderam temporariamente Santa Cruz, Laguna e Camp Makabulos, Tarlac, confiscando dinheiro, alimentos, armas, munições, roupas, remédios e material de escritório.:85-86 Em setembro de 1950, o ex-gerrilheiro da USAFFE, Ramon Magsaysay, foi nomeado Ministro da Defesa Nacional por conselho americano. Com a Rebelião Huk a crescer em força e a situação de segurança nas Filipinas a ficar seriamente ameaçada, Magsaysay instou o presidente Elpidio Quirino a suspender o habeas corpus durante a campanha Huk. Em 18 de outubro de 1950, Magsaysays capturou a Secretaria, incluindo o secretário geral José Lava, após a captura anterior do Politburo em Manila.:90
A assistência americana permitiu a Magsaysay criar mais BCTs, elevando o total para vinte e seis. Em 1951, a força do exército tinha aumentado 60% em relação ao ano anterior, com 1.047 homens BCTs. Grandes campanhas ofensivas militares contra os Huks foram realizadas pelos 7º, 16º, 17º e 22º BCTs.
Outro grande esforço contra os Huks foi a Operação “Knockout” da Força Tarefa Panay (composta pelo 15º BCT, alguns elementos do 9º BCT e os comandos do Constabulário Filipino de Iloilo, Capiz e Antique) sob o comando do Coronel Alfredo M. Santos. A Operação conduziu um ataque surpresa a Guillermo Capadocia, comandante do Comando Regional Huk no Visayas, antigo Secretário-Geral e um dos fundadores do PKP. O golpe de mestre de Santos foi o alistamento de Pedro Valentin, um líder da montanha local que conhecia o povo e o terreno como a palma da sua mão. Capadocia morreu em Panay,:98 de ferimentos de batalha, em 20 de setembro de 1952.
Em 1954, o Tenente-Coronel Laureño Maraña, ex-chefe da Força X da 16ª Companhia PC, assumiu o comando da 7ª BCT, que havia se tornado uma das forças terrestres mais móveis das Filipinas contra os Huks, de Valeriano, que agora era coronel. A Força X empregou a guerra psicológica através de inteligência de combate e infiltração que se baseava no sigilo no planejamento, treinamento e execução de ataques. As lições aprendidas com a Força X e Nenita foram combinadas no 7º BCT.
Com todas as campanhas anti-dissidência contra os Huks, eles eram menos de 2.000 em 1954 e sem a proteção e apoio dos partidários locais, a resistência Huk ativa não representava mais uma séria ameaça à segurança filipina. De fevereiro a meados de setembro de 1954, a maior operação anti-Huk, “Operação Thunder-Lightning”, foi conduzida e resultou na rendição de Luis Taruc em 17 de maio. Outras operações de limpeza das guerrilhas que restaram duraram todo o ano de 1955, diminuindo seu número para menos de 1.000 até o final do ano.