Pod koniec wojny nastąpił powrót sił amerykańskich na Filipiny. Podczas gdy Hukbalahap spodziewali się, że ich wysiłki wojenne zostaną uznane i będą traktowani jak sojusznicy, Amerykanie, z pomocą partyzantów USAFFE i byłych członków PC, siłą rozbroili szwadrony Huk, jednocześnie oskarżając innych partyzantów o zdradę, podburzanie i działalność wywrotową, co doprowadziło do aresztowań Luisa Taruca i Casto Alejandrino w 1945 roku, jak również do incydentów takich jak masakra 109 partyzantów Huk w Malolos, Bulacan.
Na wrzesień 1945, Prezydent Sergio Osmeña zwolniony Taruc, Alejandrino, i innych przywódców Huk z więzienia. PKP, poprzez przywódców Huk, następnie formalnie rozwiązał ruch i utworzył Ligę Weteranów Hukbalahap w wysiłku, aby uzyskać Hukbalahap uznane jako legalny ruch partyzancki. Alejandrino był jego nominalnym chairman.
W 1946 roku, chłopi w Centralnym Luzon poparł członków Sojuszu Demokratycznego w tym roku wyborów, z sześciu kandydatów ostatecznie zdobywając miejsca w Senacie. Wśród tych kandydatów był Luis Taruc. Jednak rząd zablokował im możliwość zasiadania w Kongresie, co tylko zaostrzyło negatywne nastroje wśród chłopów w Centralnym Luzonie. Nowa administracja Roxasa podjęła próbę programu pacyfikacyjnego, z pomocą Taruca, Alejandrino, Juana Feleo i innych przedstawicieli. Towarzyszyli im strażnicy MP i urzędnicy rządowi, aby spróbować spacyfikować grupy chłopskie, jednak nie przyniosło to żadnego sukcesu. W ciągu kilku dni od zawarcia tak zwanego „rozejmu”, przemoc ponownie wybuchła w Centralnym Luzonie. Taruc i inni twierdzili, że cywilni strażnicy i urzędnicy państwowi byli „sabotowanie procesu pokojowego”.
Na 24 sierpnia 1946 roku, Feleo został zatrzymany przez dużą grupę „uzbrojonych mężczyzn w mundurach zmęczenia” w Gapan, Nueva Ecija. Miał zaplanowane przedstawienie chłopskich obaw do sekretarza spraw wewnętrznych Jose Zulueta, zanim został wzięty i zabity. Tysiące weteranów Huk i członków PKM było przekonanych, że Feleo został zamordowany przez właścicieli ziemskich, lub prawdopodobnie przez samą administrację Roxasa. Incydent ten doprowadził do przyłączenia się Taruca do chłopów i ponownego wzniecenia powstania. Administracja Roxasa zdelegalizowała Hukbalahap 6 marca 1948 r. W 1949 r. członkowie Hukbalahap zastawili zasadzkę i zamordowali Aurorę Quezon, przewodniczącą Filipińskiego Czerwonego Krzyża i wdowę po drugim prezydencie Filipin, Manuelu L. Quezonie, gdy była w drodze do rodzinnego miasta na poświęcenie Quezon Memorial Hospital. Zginęło również kilka innych osób, w tym jej najstarsza córka i zięć. Ten atak przyniósł światowe potępienie Hukbalahaps, którzy twierdzili, że atak został dokonany przez członków „renegatów”. Ciągłe potępienie i nowe powojenne przyczyny ruchu skłoniły przywódców Huk do przyjęcia nowej nazwy, „Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” lub „Ludowa Armia Wyzwoleńcza” w 1950.
Publiczna sympatia dla ruchu słabła z powodu ich powojennych ataków. Huks przeprowadzili kampanię najazdów, napadów, rabunków, zasadzek, morderstw, gwałtów, masakr małych wiosek, porwań i zastraszania. Hukowie konfiskowali fundusze i własność, aby utrzymać swój ruch i polegali na organizatorach z małych wiosek, aby uzyskać wsparcie polityczne i materialne. Ruch Huk rozprzestrzeniał się głównie w centralnych prowincjach Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, oraz w Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan i Quezon.
Ważnym ruchem w kampanii przeciwko Huks było rozmieszczenie specjalnych jednostek antypartyzanckich typu hunter-killer. Jednostka „Nenita” (1946-1949) była pierwszą z takich sił specjalnych, której główną misją było wyeliminowanie Huków. Siły Nenita były dowodzone przez majora Napoleona Valeriano. Taktyka terroru Nenity, która nie była skierowana tylko przeciwko dysydentom, ale także przeciwko praworządnym ludziom, czasami pomagała Huksom zdobyć zwolenników w konsekwencji.
W lipcu 1950, Major Valeriano przejął dowództwo nad elitarnym 7 Batalionem Zespołu Bojowego (BCT) w Bulacan. 7. BCT rozwinąłby reputację w kierunku stosowania bardziej wszechstronnej, bardziej niekonwencjonalnej strategii antyrebelianckiej i zmniejszył przypadkową brutalność wobec ludności cywilnej.
W czerwcu 1950 r., amerykański alarm w związku z rebelią Huk podczas zimnej wojny skłonił prezydenta Trumana do zatwierdzenia specjalnej pomocy wojskowej, która obejmowała doradztwo wojskowe, sprzedaż po kosztach sprzętu wojskowego na Filipiny i pomoc finansową w ramach Wspólnej Grupy Doradczej Stanów Zjednoczonych (JUSMAG). 26 sierpnia 1950 r., w ramach „obchodów rocznicy” okrzyku Pugad Lawin, Hukowie tymczasowo zajęli Santa Cruz, Laguna i Camp Makabulos, Tarlac, konfiskując pieniądze, żywność, broń, amunicję, ubrania, lekarstwa i materiały biurowe. We wrześniu 1950 r. były partyzant USAFFE, Ramon Magsaysay został mianowany ministrem obrony narodowej za radą Amerykanów. W obliczu rosnącej w siłę rebelii Huk i poważnego zagrożenia bezpieczeństwa na Filipinach, Magsaysay nakłonił prezydenta Elpidio Quirino do zawieszenia prawa habeas corpus na czas trwania kampanii Huk. 18 października 1950 roku, Magsaysay zdobył Sekretariat, w tym sekretarza generalnego Jose Lava, po wcześniejszym zdobyciu Biura Politycznego w Manili.:90
Amerykańska pomoc pozwoliła Magsaysayowi na stworzenie kolejnych BCT, zwiększając ich liczbę do dwudziestu sześciu. Do 1951 roku siła armii wzrosła o 60 procent w stosunku do roku poprzedniego, z 1 047-osobowymi BCT. Główne wojskowe kampanie ofensywne przeciwko Hukom zostały przeprowadzone przez 7, 16, 17 i 22 BCT.
Innym ważnym wysiłkiem przeciwko Hukom była operacja „Knockout” Grupy Zadaniowej Panay (złożonej z 15 BCT, niektórych elementów 9 BCT i filipińskich komend policji w Iloilo, Capiz i Antique) pod dowództwem pułkownika Alfredo M. Santosa. W ramach operacji przeprowadzono atak z zaskoczenia na Guillermo Capadocię, dowódcę regionalnego dowództwa Huk w Visayas, byłego sekretarza generalnego i jednego z założycieli PKP. Mistrzowskim posunięciem Santosa było zwerbowanie Pedro Valentina, lokalnego przywódcy górskiego, który znał ludzi i teren jak własną kieszeń. Capadocia zmarł na Panay, 98 z ran bojowych, 20 września 1952 roku.
W 1954 roku ppłk Laureño Maraña, były szef Sił X z 16 Kompanii PC, przejął dowództwo 7 BCT, która stała się jedną z najbardziej mobilnych sił uderzeniowych filipińskich sił lądowych przeciwko Huks, od Valeriano, który był teraz pułkownikiem. Siły X stosowały wojnę psychologiczną poprzez wywiad bojowy i infiltrację, która opierała się na tajności w planowaniu, szkoleniu i przeprowadzaniu ataków. Lekcje wyniesione z Sił X i Nenita zostały połączone w 7. BCT.
Dzięki kampaniom antydysydenckim przeciwko Huks, liczyli oni mniej niż 2000 do 1954 roku i bez ochrony i wsparcia lokalnych zwolenników, aktywny opór Huk nie stanowił już poważnego zagrożenia dla filipińskiego bezpieczeństwa. Od lutego do połowy września 1954 r. przeprowadzono największą operację antyhucką „Operation Thunder-Lightning”, w wyniku której 17 maja poddał się Luis Taruc. Dalsze operacje oczyszczania pozostałych przy życiu partyzantów trwały przez cały 1955 r., zmniejszając ich liczbę do mniej niż 1000 do końca roku.
.