De bankbedienden dachten dat de dief een politieagent was, en accepteerden zijn verhaal over de bom omdat er van tevoren dreigbrieven naar de bankdirecteur waren gestuurd. De rook en de vlammen bleken het resultaat te zijn van een waarschuwingsvlam die hij onder de auto had ontstoken. Op een gegeven moment liet de dief de auto van de bank achter en bracht de metalen dozen over in een andere auto, die van tevoren was gestolen. Ook die auto werd verlaten, en de kisten opnieuw overgebracht naar een andere, eerder gestolen auto.
Er waren 120 bewijsstukken achtergelaten op de plaats van het misdrijf, waaronder de “politie”-motor, die wit was geverfd. Het bewijsmateriaal bestond echter voornamelijk uit gewone alledaagse voorwerpen, opzettelijk verspreid om het politieonderzoek te verwarren.
Een 19-jarige man, de zoon van een politieagent, werd vlak na de overval verdacht. Hij stierf aan kaliumcyanidevergiftiging op 15 december 1968. Hij had geen alibi. Het geld werd echter niet gevonden op het moment van zijn dood. Zijn dood werd beschouwd als zelfmoord en hij werd als niet schuldig beschouwd, volgens de officiële gegevens.
Een massaal politieonderzoek werd gestart, waarbij 780.000 montagefoto’s in heel Japan werden geplaatst. De lijst van verdachten bevatte 110.000 namen, en 170.000 politieagenten namen deel aan het onderzoek – het grootste onderzoek in de Japanse geschiedenis.
Op 12 december 1969 werd een 26-jarige man verdacht door de Mainichi Shimbun. Hij werd gearresteerd op grond van een niet-verwante aanklacht, maar hij had een alibi; de overval vond plaats op de dag dat hij een proefexamen aflegde. Omdat de arrestatie was verricht op basis van valse voorwendselen, werd de arresterende politieman, Mitsuo Muto, beschuldigd van machtsmisbruik.
Een vriend van de 19-jarige verdachte werd gearresteerd op 15 november 1975, net voor de verjaringstermijn, op grond van een niet-verwante aanklacht. Hij had een grote som geld en werd verdacht van de overval. Hij was 18 jaar oud toen de overval plaatsvond. De politie vroeg hem om een verklaring voor het grote geldbedrag, maar hij zei niets en men kon niet bewijzen dat zijn geld van de overval afkomstig was.