Islam is de meest voorkomende religie in Sudan, en moslims domineren de nationale overheidsinstellingen sinds de onafhankelijkheid in 1956. Volgens het UNDP Sudan is 97% van de bevolking moslim, waaronder tal van Arabische en niet-Arabische groepen. De overige 3% hangt het christendom of traditionele animistische godsdiensten aan. Moslims overheersen in alle regio’s behalve de Nuba-bergen. De overgrote meerderheid van de moslims in Soedan hangt de soennitische islam aan van de Maliki-school van de jurisprudentie, die sterk beïnvloed is door het soefisme. Er zijn ook enkele sjiitische gemeenschappen in Khartoem, de hoofdstad. De belangrijkste scheidslijnen lopen langs de lijnen van de soefibroederschappen. Twee volksbroederschappen, de Ansar en de Khatmia, zijn verbonden met respectievelijk de oppositiepartij Umma en de Democratische Uniepartij. Alleen in de regio Darfur ontbreekt van oudsher de aanwezigheid van soefibroederschappen die in de rest van het land wel te vinden zijn.
De shari’a-wetgeving is door verschillende militaire regimes ingevoerd, en de toepassing ervan op niet-moslims in de hoofdstad was een twistpunt tijdens de onderhandelingen, maar deze en de andere belangrijke kwesties die aan het Noord-Zuid-conflict ten grondslag liggen, zijn in de overeenkomsten grotendeels opgelost. De shari’a blijft de basis van het nationale rechtsstelsel zoals dat in het noorden geldt; de nationale wetgeving voor het zuiden wordt gebaseerd op “de consensus onder het volk, de waarden en gebruiken van het volk”. In staten of regio’s waar een meerderheid er andere religieuze of gewoonterechtelijke overtuigingen op na houdt dan die waarop het rechtssysteem is gebaseerd, kunnen de nationale wetten worden gewijzigd om beter met die overtuigingen overeen te stemmen. In het gehele land moet de toepassing van de Shari’a op niet-moslims worden beperkt, en de rechtbanken mogen hun discretionaire bevoegdheid niet uitoefenen om de zwaardere fysieke vormen van Shari’a-straffen op te leggen aan niet-moslims. Soedan heeft sinds 1956 drie democratische regeringen gehad, die alle de shari’a-wetgeving hebben afgeschaft.
In september 2020 werd Soedan grondwettelijk een seculiere staat, nadat de overgangsregering van Soedan had ingestemd met de scheiding van godsdienst en staat, waarmee een einde kwam aan 30 jaar islamitische heerschappij en de islam als officiële staatsgodsdienst in de Noord-Afrikaanse natie. Deze nieuwe wetgeving maakte ook een einde aan de vroegere wet op afvalligheid en openbare geseling.