De Bourgondiërs waren een Scandinavisch volk waarvan het oorspronkelijke thuisland aan de zuidelijke kusten van de Oostzee lag, waar het eiland Bornholm (Burgundarholm in de Middeleeuwen) nog steeds hun naam draagt. Rond de 1e eeuw na Chr. trokken zij naar de benedenvallei van de rivier de Wisla, maar omdat zij zich daar niet konden verdedigen tegen de Gepidae, trokken zij westwaarts naar de grenzen van het Romeinse Rijk. Daar stichtten zij, dienend als foederati of hulptroepen in het Romeinse leger, een machtig koninkrijk, dat zich aan het begin van de 5e eeuw uitstrekte tot de westoever van de Rijn en zich later concentreerde op Sapaudia (Savoye) bij het Meer van Genève.
Terwijl de greep van Rome op het westelijke rijk in de tweede helft van de 5e eeuw afnam, verspreidden de Bourgondiërs hun macht geleidelijk over gebieden ten noorden en westen van Savoye en vervolgens over de valleien van de Rhône en de Saône. Dit tweede Bourgondische koninkrijk bereikte zijn hoogtepunt onder de wetgever en christelijke koning Gundobad (474-516), die een geschreven wetboek, de Lex Gundobada, uitvaardigde voor de Bourgondiërs en een afzonderlijk wetboek, de Lex Romana Burgundionum, voor zijn Gallo-Romeinse onderdanen. Dit Bourgondië bleef onafhankelijk tot 534, toen de Franken het koninkrijk bezetten en de koninklijke dynastie uitroeiden.
Met de dood van de Frankische koning Clotar I in 561 werd het Frankische koninkrijk echter verdeeld onder leden van de Merovingische dynastie, en een van Clotars zonen, Guntram, verkreeg het regnum Burgundiae, oftewel het koninkrijk van Bourgondië. Dit koninkrijk omvatte uiteindelijk niet alleen alle voormalige Bourgondische gebieden, maar ook het bisdom Arles in de Provence, de Val d’Aosta ten oosten van de Alpen, en zelfs een groot gebied in het noorden van Midden-Frankrijk. Het bleef een afzonderlijk Merovingisch koninkrijk totdat Karel Martel, de grootvader van Karel de Grote, het in het begin van de 8e eeuw onderwierp aan het Frankische Austrasië.
De Karolingen maakten verschillende afscheidingen van Bourgondië voordat Boso, heerser over de Viennois, zich in 879 liet uitroepen tot koning van heel Bourgondië van Autun tot aan de Middellandse Zee. De Franse Karolingen heroverden later het land ten westen van de Saône en ten noorden van Lyon op hem, en de Duitse Karolingen heroverden Jurane of Opper-Bourgondië (d.w.z. Transjurane Bourgondië, of het land tussen de Jura en de Alpen, samen met Cisjurane Bourgondië, of Franche-Comté). Boso en zijn opvolgers konden zich echter handhaven in het koninkrijk van de Provence, of Neder-Bourgondië, tot ongeveer 933.
In 888 werd Rudolf I (gestorven 912) van de Duitse familie Welf erkend als koning van Jurane Bourgondië, met inbegrip van een groot deel van wat nu Zwitserland is. Zijn zoon en opvolger, Rudolf II, wist omstreeks 931 een verdrag te sluiten met Hugo van Provence, opvolger van Boso’s zoon Lodewijk de Blinde, waarbij hij zijn heerschappij uitbreidde over het gehele regnum Burgundiae met uitzondering van de gebieden ten westen van de Saône. Deze unie van Opper- en Neder-Bourgondië werd in 1032 aan de Duitse koning en keizer Conrad II nagelaten en werd vanaf de 13e eeuw bekend als het koninkrijk van Arles – de naam Bourgondië werd steeds meer gereserveerd voor het graafschap Bourgondië (Cisjurane Bourgondië) en voor het hertogdom van Bourgondië.
Het hertogdom Bourgondië was dat deel van het regnum Burgundiae ten westen van de Saône; het werd door de Franse Karolingers van Boso teruggekregen en bleef een deel van het koninkrijk Frankrijk. Boso’s broer Richard, graaf van Autun, organiseerde het grootste deel van het gebied onder zijn gezag. Zijn zoon Rudolph (Raoul), die hem in 921 opvolgde, werd in 923 tot koning van Frankrijk gekozen. Bij de dood van Rudolph in 936 maakten de Karolingische koning Lodewijk IV en Hugo de Grote, hertog van de Franken, Sens, Troyes en (tijdelijk) Langres los van Bourgondië.
Het aldus gevormde hertogdom, hoewel kleiner dan zijn 10e-eeuwse voorganger, was sterker en bleef tot 1361 in handen van de Capetiaanse familie. In hun buitenlandse politiek waren de Capetingische hertogen loyaal aan hun neven, de koningen van Frankrijk, en in binnenlandse zaken vergrootten zij hun domein en dwongen zij gehoorzaamheid af bij hun vazallen. Bourgondië werd erkend als de eerste adelstand van het Franse koninkrijk.
Zowel het hertogdom Bourgondië als Cisjurane Bourgondië (het graafschap van Bourgondië) bloeiden in deze periode. De steden floreerden: Dijon werd een belangrijke marktstad. Pelgrims trokken naar Vézelay en Autun, waar in 1146 een prachtige kerk werd gebouwd rond de graftombe van de H. Lazare. De Bourgondische kloosters waren beroemd: Cluny (gesticht in 910) werd het centrum van een orde van monniken die zich uitstrekte van Engeland tot Spanje, en in 1098 werd het klooster van Cîteaux gesticht en daarmee een nieuwe religieuze orde, de cisterciënzers.
Een hereniging van de twee Bourgondiëen kwam tot stand in 1335 en eindigde in 1361. De koning van Frankrijk, Jan II (de Goede), herenigde het hertogdom met het domein van de kroon, terwijl Cisjurane Bourgondië, of Franche-Comté, naar de onafhankelijke graaf van Vlaanderen ging. Een nieuwe periode in de Bourgondische hertoggeschiedenis begon onder Johannes II, die in 1363 het hertogdom aan zijn zoon Filips schonk, die Filips II werd, bekend als “de Stoute”. In 1369 trouwde Filips met de erfgename van het graafschap, Margaretha van Vlaanderen. In 1384, toen zijn schoonvader stierf, erfde Filips Nevers, Rethel, Artois en Vlaanderen, evenals Franche-Comté. De twee Bourgondiëen vormden het zuidelijke deel van een staat, waarvan de noordelijke bezittingen zich uitstrekten over de Nederlanden, de vallei van de Maas en de Ardennen. In het noorden zou de uitbreiding doorgaan (Henegouwen, 1428; Brabant, 1430; Luxemburg, 1443), maar het zuiden, waarvan Nevers in 1404 weer werd losgemaakt, werd steeds minder belangrijk. Filips II, die in Bourgondië woonde, kocht echter in 1390 het zuidelijke gebied van Charolais.
Johannes de Onverschrokkene volgde Filips II in 1404 op en wijdde zich aan de strijd met zijn rivaal Lodewijk, hertog van Orléans, en met Lodewijks aanhangers onder de graaf van Armagnac, die tussen 1412 en 1435 de zuidelijke grenzen van Bourgondië verwoestten. Jan werd in 1419 vermoord en zijn zoon Filips III (de Goede) zette de strijd tegen de Armagnacs voort en verleende tijdens de Honderdjarige Oorlog zijn steun aan de Engelsen. Het Verdrag van Arras (1435), waarbij vrede werd gesloten tussen Bourgondië en Karel VII van Frankrijk, betekende een aanzienlijke uitbreiding van het Bourgondische domein. Toch bleven huurlingengroepen tot 1445 in Bourgondië plunderen, waarna het hertogdom vrede kende tot de dood van Filips III in 1467.
De volgende hertog, Karel de Stoute, was voortdurend in conflict met de Franse koning Lodewijk XI. Karel wilde het noordelijke en zuidelijke deel van het koninkrijk verenigen door Lotharingen in te lijven, en hij eiste van de Heilige Roomse keizer de titel van koning van Bourgondië. Karel werd in deze pogingen gedwarsboomd door de volhardende pogingen van Lodewijk XI, die verscheidene veldtochten tegen hem voerde en Bourgondië aan een economische blokkade onderwierp.
De beide Bourgondiëen leden onder de verwoestingen van de Zwarte Dood in 1348 en onder de huurlingenbenden van de Honderdjarige Oorlog. De bevolking liep sterk terug, waardoor de productie in de 15e eeuw zwaar onder druk kwam te staan. De lucratieve handel in graan, wijn en afgewerkte wol werd bedreigd en de markthallen verloren enigszins aan belang. Maar over het geheel genomen schijnen de beide Bourgondiëen in de 14e en 15e eeuw meer zekerheid te hebben genoten dan een groot deel van Europa.
Na de dood van Karel de Stoute in 1477 trouwde zijn erfgename, Maria van Bourgondië, met de Oostenrijkse aartshertog Maximiliaan van Habsburg (later de Heilige Roomse keizer), waarmee zij de Franse hoop teleurstelde dat zij zou trouwen met Lodewijk XI’s zoon Karel, de toekomstige Karel VIII van Frankrijk. Bij het Verdrag van Arras (1482) werd Franche-Comté echter aan Karel afgestaan bij zijn verloving met Maria’s dochter Margaretha van Oostenrijk. Toen hij deze verbintenis verbrak, moest hij Franche-Comté bij het Verdrag van Senlis in 1493 aan Oostenrijk afstaan.
Voor de volgende 185 jaar was Franche-Comté een bezit van de Habsburgers. Door het Verdrag van Saint-Jean-de-Losne (1522) met Frankrijk werd de neutraliteit van het graafschap tijdens de oorlogen tussen de Habsburgers en de laatste Franse koningen van de Valois-lijn gewaarborgd. Zijn blijvende welvaart, versterkt door de industriële ontwikkeling, blijkt uit de prachtige renaissance-architectuur van zijn steden. De burgerlijke onlusten kwamen echter met de Reformatie, toen groepen protestanten vanuit Duitsland en Zwitserland het overwegend rooms-katholieke graafschap binnendrongen. De Franche-Comté kwam in handen van de Spaanse Habsburgers door de verdeling van de heerschappijen door keizer Karel V in 1556. Onder Filips II van Spanje vond een krachtige onderdrukking van de protestanten plaats en Hendrik IV van Frankrijk schond in zijn oorlog met Filips de neutraliteit van Franche-Comté. Van 1598 tot 1635 werd de vrede gehandhaafd, maar de Franse vrees voor een Habsburgse omsingeling bracht Lodewijk XIII ertoe te proberen het graafschap in te lijven. Hij viel het gebied van 1636 tot 1639 jaarlijks binnen en verwoestte het, maar de Vrede van Westfalen (1648) bevestigde de Habsburgse controle.
In 1668 veroverd door de Grote Condé in de Devolutieoorlog, maar teruggegeven aan Spanje bij de Vrede van Aix-la-Chapelle (2 mei 1668), werd Franche-Comté uiteindelijk voor Frankrijk veroverd door Condé in de laatste van de zogenaamde Hollandse Oorlogen; de Franse annexatie werd erkend bij de Vrede van Nijmegen in 1678. Lodewijk XIV verplaatste de hoofdstad van de nieuwe provincie naar de voormalige keizerlijke stad Besançon. In 1790 werd de Franche-Comté, net als de rest van Frankrijk, opgedeeld in afzonderlijke departementen – Jura, Doubs en Haute-Saône.
Na de dood van Karel de Stoute (1477) werd het hertogdom Bourgondië door de Franse kroon geannexeerd. In de 16e eeuw werd het verwoest door de godsdienstoorlogen. De steden moesten worden versterkt en huurlingen zwierven door het land. Het hertogdom werd opnieuw geteisterd in de Dertigjarige Oorlog en ook tijdens de aristocratische opstand die bekend staat als de Fronde (1648-53) onder leiding van de Grote Condé. Pas na de Franse annexatie van de Franche-Comté in 1678 waren de rust en de veiligheid hersteld. Van 1631 tot 1789 werd het hertogdom bestuurd door de prinsen de Condé. Na de Franse Revolutie verdween de provincie Bourgondië, verdeeld in de departementen Côte-d’Or, Saône-et-Loire, en Yonne. In 2016 werd de regio Bourgondië samengevoegd met Franche-Comté als onderdeel van een nationaal plan om de bureaucratische efficiëntie te vergroten.