In deze subsectie van het Functiegedeelte wordt de positie en het type van elk DNA-bindend domein dat in het eiwit aanwezig is, gespecificeerd.
We annoteren experimenteel gedefinieerde DNA-bindende domeinen en geconserveerde DNA-bindende domeinen gedefinieerd door de InterPro bronnen PROSITE, Pfam en SMART; voorbeelden zijn het AP2/ERF-domein, het ETS-domein, het Fork-Head-domein, de HMG box en het Myb-domein.
Voorspelde DNA-bindende domeinen
Voorbeelden: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Speciale typen DNA-bindende domeinen
a. bHLH- en bZIP-eiwitten
In het geval van basische helix-lus-helix (bHLH) en basische leucine-zipper (bZIP) domeinen, beschrijven we de C-terminale HLH- en leucine-zipper motieven afzonderlijk in de subsectie Domeinen van het gedeelte ‘Familie en Domeinen’. De N-terminale basisregio van deze domeinen wordt beschreven in de subsectie ‘DNA-binding’.
Voor bHLH-eiwitten wordt de basisregio in de sequentie gewoonlijk direct gevolgd door het HLH-domein.
Voorbeeld: P35869
In bZIP-eiwitten wordt de basisregio gevolgd door het leucine-zipper-domein, gekenmerkt door een LXXXXXXL-motief, en begint met de eerste Leu/Ile en stopt met de laatste Leu/Ile-residuen.
Voorbeelden: P18289, P15407
b. Homeobox-eiwitten
Homeobox-eiwitten vormen een grote familie die verschillende subtypen bevat. Wanneer een homeobox tot een subtype behoort, wordt dit in het veld “Beschrijving” aangegeven na “Homeobox”, voorafgegaan door een puntkomma.
Voorbeelden: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Wanneer een bepaalde homeobox onvolledig is of sterk afwijkt van de consensus, kan hij worden geannoteerd als ‘partieel’ of ‘atypisch’.
Voorbeelden: Q6WRX8, Q8MJD5
Experimenteel bepaalde DNA-bindende domeinen
Wanneer een DNA-bindend domein experimenteel is geïdentificeerd, maar niet overeenkomt met een domein dat door een InterPro-resource is gemodelleerd, dan wordt het simpele feit van het bestaan van het domein aangegeven, maar wordt er geen specifieke beschrijving gegeven.
Voorbeeld: P13574
Dergelijke domeinen worden met behulp van de qualifier ‘By similarity’ overgebracht naar naburige soorten.
Voorbeeld: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger