Bioinformatica & Computationele Biologie = zelfde? Nee.

Ik heb de eerste 15 jaar van mijn professionele leven doorgebracht zonder het verschil te willen zien tussen bioinformatica en computationele biologie. Dat was niet omdat ik dacht dat er geen verschil was of kon zijn, maar omdat ik dacht dat het verschil niet significant was. Ik heb mijn standpunt hierover gewijzigd. Ik geloof nu dat ze heel verschillend zijn en dat het de moeite waard is ze van elkaar te onderscheiden. Voor mij is

Computationele biologie = de studie van de biologie met behulp van computationele technieken. Het doel is om nieuwe biologie te leren, kennis over levende systemen. Het gaat om wetenschap.

Bioinformatica = het maken van gereedschappen (algoritmen, databases) die problemen oplossen. Het doel is bruikbare hulpmiddelen te bouwen die op biologische gegevens werken. Het gaat om engineering.

Dit alles werd belangrijk voor mij toen ik eindelijk bij een bio-ingenieursafdeling kwam, en ik me moest afvragen of ik een wetenschapper of een ingenieur was. Ik ben het allebei, en ik heb er nu vrede mee.

Wanneer ik een methode bouw (meestal als software, en met mijn staf, studenten, post-docs – ik doe het helaas nooit meer zelf), dan ben ik bezig met een engineering activiteit: Ik ontwerp de methode om bepaalde prestatiekenmerken te hebben, ik bouw ze volgens de beste ingenieurspraktijken, ik valideer dat ze presteert zoals ik bedoeld heb, en ik creëer ze om niet slechts één enkel probleem op te lossen, maar een klasse van gelijkaardige problemen die allemaal oplosbaar zouden moeten zijn met de software. Ik schrijf dan papers over de methode, en dit zijn engineering papers. Dit is bio-informatica.

Wanneer ik mijn methode (of die van anderen) gebruik om een biologische vraag te beantwoorden, doe ik aan wetenschap. Ik leer nieuwe biologie. De criteria voor succes hebben weinig te maken met de computationele hulpmiddelen die ik gebruik, maar alles met de vraag of de nieuwe biologie waar is en op de juiste manier is gevalideerd, volgens de normen van bewijsvoering die in de biologische gemeenschap worden verwacht. De artikels die daaruit voortvloeien, zijn wetenschappelijke artikels en maken melding van nieuwe biologische kennis. Dit is computationele biologie.

Als ik naar mijn gepubliceerde werk kijk, heb ik altijd geprobeerd een evenwicht te vinden tussen de publicaties in biologische/medische tijdschriften en die in ingenieurs-/informaticatijdschriften. Het is echt een esthetiek, er is geen reden waarom men zich verplicht zou moeten voelen om dit te doen. Het is echter nuttig om te weten wanneer je met biologie bezig bent en wanneer je met iets anders bezig bent. Ik veronderstel dat iemand het oneens kan zijn met mijn gebruik van de term “bio-informatica” als een ingenieursdiscipline. Dat is prima, ik sta open voor een andere term. Maar ik zou willen vragen waarom bio-informatica niet goed is. Ik denk dat computationele biologie degelijker is – “biologie” is duidelijk het zelfstandig naamwoord en “computationeel” is duidelijk het bijvoeglijk naamwoord.