La fine della guerra vide il ritorno delle forze americane nelle Filippine. Mentre gli Hukbalahap si aspettavano di veder riconosciuti i loro sforzi bellici e di essere trattati come alleati, gli americani, con l’aiuto dei guerriglieri dell’USAFFE e degli ex membri del PC, disarmarono con la forza gli squadroni Huk mentre accusavano altri guerriglieri di tradimento, sedizione e attività sovversiva, portando agli arresti di Luis Taruc e Casto Alejandrino nel 1945, nonché a incidenti come il massacro di 109 guerriglieri Huk a Malolos, Bulacan.
Il settembre 1945, il presidente Sergio Osmeña liberò Taruc, Alejandrino e altri leader Huk dalla prigione. Il PKP, attraverso i leader Huk, sciolse formalmente il movimento e formò la Lega dei Veterani Hukbalahap nel tentativo di far riconoscere l’Hukbalahap come un legittimo movimento di guerriglia. Alejandrino ne era il presidente nominale.
Nel 1946, i contadini di Luzon Centrale appoggiarono i membri dell’Alleanza Democratica nelle elezioni di quell’anno, con sei candidati che alla fine vinsero i seggi al Senato. Tra questi candidati c’era Luis Taruc. Tuttavia, essi furono bloccati dal governo per sedersi al Congresso, il che non fece che esacerbare il sentimento negativo tra i contadini di Luzon Centrale. La nuova amministrazione Roxas tentò un programma di pacificazione, con l’aiuto di Taruc, Alejandrino, Juan Feleo e altri rappresentanti. Essi sarebbero stati accompagnati da guardie della MP e funzionari governativi per cercare di pacificare i gruppi di contadini, tuttavia questo non ha portato ad alcun tipo di successo. Entro pochi giorni dalla cosiddetta “tregua”, la violenza scoppiò di nuovo a Luzon Centrale. Taruc e altri sostennero che le guardie civili e i funzionari governativi stavano “sabotando il processo di pace”.
Il 24 agosto 1946, Feleo fu fermato da una grande banda di “uomini armati in uniforme da fatica” a Gapan, Nueva Ecija. Aveva programmato di presentare le preoccupazioni dei contadini al Segretario dell’Interno Jose Zulueta, prima di essere preso e ucciso. Migliaia di veterani Huk e membri del PKM erano sicuri che Feleo fosse stato assassinato dai proprietari terrieri, o forse dalla stessa amministrazione Roxas. L’incidente portò Taruc ad unirsi ai contadini e a riaccendere l’insurrezione. L’amministrazione Roxas mise fuori legge l’Hukbalahap il 6 marzo 1948.
Nel 1949, i membri dell’Hukbalahap tesero un’imboscata e uccisero Aurora Quezon, presidente della Croce Rossa filippina e vedova del secondo presidente delle Filippine, Manuel L. Quezon, mentre era in viaggio verso la sua città natale per l’inaugurazione del Quezon Memorial Hospital. Diverse altre persone sono state uccise, tra cui la sua figlia maggiore e il genero. Questo attacco ha portato alla condanna mondiale degli Hukbalahaps, che hanno affermato che l’attacco è stato fatto da membri “rinnegati”. La continua condanna e le nuove cause del movimento nel dopoguerra spinsero i leader Huk ad adottare un nuovo nome, “Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” o “Esercito di Liberazione del Popolo” nel 1950.
Le simpatie del pubblico per il movimento erano andate scemando a causa dei loro attacchi postbellici. Gli Huks portarono avanti una campagna di incursioni, rapine, furti, imboscate, omicidi, stupri, massacri di piccoli villaggi, rapimenti e intimidazioni. Gli Huk confiscarono fondi e proprietà per sostenere il loro movimento e si affidarono agli organizzatori dei piccoli villaggi per il sostegno politico e materiale. Il movimento Huk era diffuso principalmente nelle province centrali di Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, e in Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan e Quezon. L’unità “Nenita” (1946-1949) fu la prima di tali forze speciali la cui missione principale era quella di eliminare gli Huks. La Forza Nenita era comandata dal Maggiore Napoleone Valeriano. Le tattiche di terrore della Nenita, che non erano commesse solo contro i dissidenti ma anche verso le persone rispettose della legge, a volte aiutarono gli Huks a guadagnare sostenitori come conseguenza.
Nel luglio del 1950, il maggiore Valeriano assunse il comando del 7° Battaglione di Combattimento d’élite (BCT) a Bulacan. Il 7th BCT avrebbe sviluppato una reputazione verso l’impiego di una strategia di controinsurrezione più completa e non convenzionale, riducendo la brutalità casuale contro la popolazione civile.
Nel giugno 1950, l’allarme americano sulla ribellione Huk durante la guerra fredda spinse il presidente Truman ad approvare una speciale assistenza militare che includeva consulenza militare, vendita al costo di attrezzature militari alle Filippine e aiuti finanziari sotto il Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). Il 26 agosto 1950, in una “celebrazione dell’anniversario” del Grido di Pugad Lawin, gli Huk si impadronirono temporaneamente di Santa Cruz, Laguna e Camp Makabulos, Tarlac, confiscando denaro, cibo, armi, munizioni, vestiti, medicine e forniture per ufficio.:85-86 Nel settembre 1950, l’ex guerrigliero USAFFE, Ramon Magsaysay fu nominato ministro della difesa nazionale su consiglio americano. Con la ribellione Huk che cresceva in forza e la situazione della sicurezza nelle Filippine che diventava seriamente minacciata, Magsaysay sollecitò il presidente Elpidio Quirino a sospendere il writ of habeas corpus per la durata della campagna Huk. Il 18 ottobre 1950, Magsaysay catturò il Segretariato, incluso il segretario generale Jose Lava, seguendo la precedente cattura del Politburo a Manila.:90
L’assistenza americana permise a Magsaysay di creare altre BCT, portando il totale a ventisei. Nel 1951, la forza dell’esercito era aumentata del 60% rispetto all’anno precedente con 1.047 uomini BCT. Le principali campagne militari offensive contro gli Huks furono condotte dal 7°, 16°, 17° e 22° BCT.
Un altro grande sforzo contro gli Huks fu l’operazione “Knockout” della Panay Task Force (composta dal 15° BCT, alcuni elementi del 9° BCT e i comandi della Philippine Constabulary di Iloilo, Capiz e Antique) sotto il comando del colonnello Alfredo M. Santos. L’operazione condusse un attacco a sorpresa contro Guillermo Capadocia, comandante del Comando Regionale Huk nelle Visayas, ex segretario generale e uno dei fondatori del PKP. Il colpo da maestro di Santos fu l’arruolamento di Pedro Valentin, un leader di montagna locale che conosceva la gente e il terreno come le sue tasche. Capadocia morì a Panay,:98 per ferite di battaglia, il 20 settembre 1952.
Nel 1954, il tenente colonnello Laureño Maraña, l’ex capo della Forza X della 16a Compagnia PC, assunse il comando del 7° BCT, che era diventato una delle forze d’attacco più mobili delle forze di terra filippine contro gli Huks, da Valeriano che ora era un colonnello. La Forza X impiegò la guerra psicologica attraverso l’intelligence di combattimento e l’infiltrazione che si basava sulla segretezza nella pianificazione, nell’addestramento e nell’esecuzione dell’attacco. Le lezioni apprese dalla Forza X e dalla Nenita furono combinate nel 7° BCT.
Con le campagne anti-dissidenza contro gli Huk, essi erano meno di 2.000 nel 1954 e senza la protezione e il sostegno dei sostenitori locali, la resistenza attiva Huk non rappresentava più una seria minaccia alla sicurezza delle Filippine. Da febbraio a metà settembre 1954, fu condotta la più grande operazione anti-Huk, “Operazione Thunder-Lightning”, che portò alla resa di Luis Taruc il 17 maggio. Ulteriori operazioni di pulizia dei guerriglieri rimasti durarono per tutto il 1955, diminuendone il numero a meno di 1.000 entro la fine dell’anno.