A háború végén az amerikai erők visszatértek a Fülöp-szigetekre. Míg a Hukbalahap arra számított, hogy elismerik háborús erőfeszítéseiket és szövetségesként kezelik őket, az amerikaiak az USAFFE gerilláinak és a PC egykori tagjainak segítségével erőszakkal lefegyverezték a Huk osztagokat, miközben más gerillákat árulással, lázadással és felforgató tevékenységgel vádoltak, ami 1945-ben Luis Taruc és Casto Alejandrino letartóztatásához, valamint olyan incidensekhez vezetett, mint a 109 Huk gerilla lemészárlása Malolosban, Bulacanban.
1945 szeptemberében Sergio Osmeña elnök szabadon engedte Tarucot, Alejandrinót és más Huk-vezetőket a börtönből. A PKP ezután a Huk-vezetőkön keresztül hivatalosan feloszlatta a mozgalmat, és megalakította a Hukbalahap Veteránok Ligáját, hogy a Hukbalahapot legitim gerillamozgalomként ismerjék el. Alejandrino volt a névleges elnöke.
1946-ban Közép-Luzonban a parasztok a Demokratikus Szövetség tagjait támogatták a választásokon, és végül hat jelölt nyert mandátumot a szenátusban. E jelöltek között volt Luis Taruc is. A kormány azonban megakadályozta őket abban, hogy a kongresszusban üljenek, ami csak tovább fokozta a negatív hangulatot a közép-luzoni parasztok körében. Az új Roxas-kormányzat megkísérelt egy pacifikációs programot, Taruc, Alejandrino, Juan Feleo és más képviselők segítségével. MP-őrök és kormánytisztviselők kísérték volna őket, hogy megpróbálják megbékíteni a parasztcsoportokat, ez azonban semmiféle sikerrel nem járt. Az úgynevezett “fegyverszünet” után néhány nappal ismét kitört az erőszak Közép-Luzonban. Taruc és mások azt állították, hogy a civil őrök és kormánytisztviselők “szabotálják a békefolyamatot”.
1946. augusztus 24-én a Nueva Ecija-i Gapanban Feleót “fáradt egyenruhás fegyveresek” nagy csoportja állította meg. Azt tervezte, hogy Jose Zulueta belügyminiszternek ismerteti a parasztok aggodalmait, mielőtt elfogták és megölték. Huk veteránok és PKM-tagok ezrei voltak biztosak abban, hogy Feleót a földesurak, vagy esetleg maga a Roxas-kormányzat gyilkolta meg. Az incidens hatására Taruc csatlakozott a parasztokhoz, és újra fellázadt a felkelés. A Roxas-kormányzat ezután 1948. március 6-án betiltotta a Hukbalahapot.
1949-ben a Hukbalahap tagjai rajtaütöttek és meggyilkolták Aurora Quezont, a Fülöp-szigeteki Vöröskereszt elnökét és a Fülöp-szigetek második elnökének, Manuel L. Quezonnak az özvegyét, amikor a szülővárosába tartott a Quezon Emlékkórház felavatására. Többeket is megöltek, köztük a legidősebb lányát és vejét. Ez a támadás világszerte elítélte a hukbalahapokat, akik azt állították, hogy a támadást “renegát” tagok követték el. A mozgalom folyamatos elítélése és a háború utáni új ügyek arra késztették a Huk vezetőit, hogy 1950-ben új nevet vegyenek fel: “Hukbong Mapagpalaya ng Bayan” vagy “Népi Felszabadító Hadsereg”.
A mozgalom iránti közszimpátia a háború utáni támadásaik miatt egyre csökkent. A hukok razziák, rablások, rablások, rajtaütések, gyilkosságok, nemi erőszak, kis falvak lemészárlása, emberrablás és megfélemlítés kampányát hajtották végre. A hukok pénzeszközöket és vagyontárgyakat koboztak el mozgalmuk fenntartásához, és a kis falusi szervezők politikai és anyagi támogatására támaszkodtak. A huk mozgalom főként Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan központi tartományokban, valamint Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan és Quezon tartományokban terjedt el.
A hukok elleni hadjárat fontos mozzanata volt a vadász-gyilkos gerillaellenes különleges egységek bevetése. A “Nenita” egység (1946-1949) volt az első ilyen különleges egység, amelynek fő feladata a hukok felszámolása volt. A Nenita-egység parancsnoka Napoleon Valeriano őrnagy volt. A Nenita terrortaktikája, amelyet nemcsak a másként gondolkodók ellen, hanem a törvénytisztelő emberekkel szemben is elkövettek, néha segített a Hukoknak, hogy ennek következtében támogatókra tegyenek szert.
1950 júliusában Valeriano őrnagy vette át a 7. elit zászlóalj harci csapat (BCT) parancsnokságát Bulacanban. A 7. BCT hírnevet szerzett egy átfogóbb, nem hagyományosabb felkelésellenes stratégia alkalmazása felé, és csökkentette a polgári lakossággal szembeni véletlenszerű brutalitást.
1950 júniusában a hidegháború alatt a huk lázadással kapcsolatos amerikai riadalom arra késztette Truman elnököt, hogy jóváhagyja a különleges katonai segítségnyújtást, amely magában foglalta a katonai tanácsadást, a katonai felszerelések önköltségi áron történő értékesítését a Fülöp-szigeteknek és a pénzügyi támogatást az Egyesült Államok közös katonai tanácsadó csoportja (JUSMAG) keretében. 1950. aug. 26-án, a Pugad Lawin kiáltásának “évfordulója alkalmából” a hukok ideiglenesen elfoglalták a lagunai Santa Cruzt és a tarlaci Camp Makabulost, elkobozva pénzt, élelmiszert, fegyvereket, lőszert, ruhát, gyógyszert és irodaszereket. 1950 szeptemberében amerikai tanácsra az USAFFE egykori gerilláját, Ramon Magsaysayt nevezték ki nemzetvédelmi miniszternek. 85-86. Mivel a Huk-lázadás egyre erősödött, és a Fülöp-szigetek biztonsági helyzete komolyan veszélybe került, Magsaysaysay sürgette Elpidio Quirino elnököt, hogy a Huk-hadjárat idejére függessze fel a habeas corpus érvényességét. 1950. okt. 18-án Magsaysaysay elfoglalta a Titkárságot, beleértve Jose Lava főtitkárt is, a Politbüro korábbi manilai elfoglalását követően. 90
Az amerikai segítség lehetővé tette Magsaysaysay számára, hogy további BCT-ket hozzon létre, így a teljes létszám huszonhatra emelkedett. 1951-re a hadsereg létszáma 60 százalékkal nőtt az előző évhez képest, 1047 fős BCT-kkel. A hukok elleni nagyobb katonai támadó hadjáratokat a 7., 16., 17. és 22. BCT hajtotta végre.
A másik jelentős erőfeszítés a hukok ellen a Panay Task Force (amely a 15. BCT-ből, a 9. BCT néhány eleméből és az Iloilo, Capiz és Antique Fülöp-szigeteki rendőrségi parancsnokságokból állt) “Knockout” művelete volt Alfredo M. Santos ezredes parancsnoksága alatt. A művelet meglepetésszerű támadást hajtott végre Guillermo Capadocia, a visayai Huk regionális parancsnokságának parancsnoka, egykori főtitkár és a PKP egyik alapítója ellen. Santos mesterfogása volt Pedro Valentin, egy helyi hegyi vezető beszervezése, aki úgy ismerte az embereket és a terepet, mint a tenyerét. Capadocia 1952. szeptember 20-án halt meg Panay-n,:98 harci sérülésekben.
1954-ben Laureño Maraña alezredes, a 16. PC század X. erőcsoportjának korábbi vezetője vette át a 7. BCT parancsnokságát, amely a Fülöp-szigeteki szárazföldi erők egyik legmozgékonyabb csapásmérő ereje lett a hukok ellen, az immár ezredessé vált Valerianótól. A Force X a pszichológiai hadviselést alkalmazta a harci hírszerzés és a beszivárgás révén, amely a támadás tervezése, kiképzése és végrehajtása során a titoktartásra támaszkodott. A Force X és a Nenita tanulságait a 7. BCT-ben egyesítették.
A hukok elleni átfogó disszidensellenes hadjáratokkal 1954-re kevesebb mint 2000 főt számláltak, és a helyi támogatók védelme és támogatása nélkül az aktív huk ellenállás már nem jelentett komoly fenyegetést a Fülöp-szigetek biztonságára. 1954 februárjától szeptember közepéig tartott a legnagyobb Huk-ellenes hadművelet, a “Villám-villám hadművelet”, amely május 17-én Luis Taruc megadásához vezetett. A megmaradt gerillák további megtisztítási műveletei egész 1955-ben tartottak, és az év végére 1000 alá csökkentették a számukat.