La fin de la guerre voit le retour des forces américaines aux Philippines. Alors que les Hukbalahap s’attendaient à ce que leurs efforts de guerre soient reconnus et traités comme des alliés, les Américains, avec l’aide des guérilleros de l’USAFFE et des anciens membres du PC, ont désarmé de force les escadrons Huk tout en accusant d’autres guérilleros de trahison, de sédition et d’activités subversives, ce qui a conduit à l’arrestation de Luis Taruc et de Casto Alejandrino en 1945, ainsi qu’à des incidents tels que le massacre de 109 guérilleros Huk à Malolos, Bulacan.
En septembre 1945, le président Sergio Osmeña a libéré Taruc, Alejandrino, et d’autres leaders Huk de prison. Le PKP, par l’intermédiaire des dirigeants Huk, a alors officiellement dissous le mouvement et formé la Ligue des vétérans Hukbalahap dans le but de faire reconnaître le Hukbalahap comme un mouvement de guérilla légitime. Alejandrino en était le président nominal.
En 1946, les paysans du Luzon central ont soutenu les membres de l’Alliance démocratique lors des élections de cette année-là, et six candidats ont finalement obtenu des sièges au Sénat. Parmi ces candidats figurait Luis Taruc. Cependant, le gouvernement les empêche de siéger au Congrès, ce qui ne fait qu’exacerber le sentiment négatif des paysans de Central Luzon. La nouvelle administration Roxas a tenté un programme de pacification, avec l’aide de Taruc, Alejandrino, Juan Feleo et d’autres représentants. Ils étaient accompagnés de gardes de la police militaire et de fonctionnaires du gouvernement pour tenter de pacifier les groupes de paysans, mais cela n’a donné aucun résultat. Quelques jours après la prétendue « trêve », la violence a de nouveau éclaté dans le centre de Luzon. Taruc et d’autres ont affirmé que les gardes civils et les fonctionnaires du gouvernement « sabotaient le processus de paix ».
Le 24 août 1946, Feleo a été arrêté par une grande bande d' »hommes armés en uniformes de fatigue » à Gapan, Nueva Ecija. Il avait prévu de présenter les préoccupations des paysans au secrétaire de l’Intérieur Jose Zulueta, avant d’être pris et tué. Des milliers de vétérans Huk et de membres du PKM étaient persuadés que Feleo avait été assassiné par des propriétaires terriens, ou peut-être par l’administration Roxas elle-même. L’incident a conduit Taruc à rejoindre les paysans et à relancer l’insurrection. L’administration Roxas a ensuite mis hors la loi le Hukbalahap le 6 mars 1948.
En 1949, des membres du Hukbalahap ont tendu une embuscade et assassiné Aurora Quezon, présidente de la Croix-Rouge philippine et veuve du deuxième président des Philippines, Manuel L. Quezon, alors qu’elle se rendait dans sa ville natale pour l’inauguration de l’hôpital Quezon Memorial. Plusieurs autres personnes ont également été tuées, dont sa fille aînée et son gendre. Cet attentat a entraîné une condamnation mondiale des Hukbalahaps, qui ont affirmé que l’attentat avait été commis par des membres « renégats ». La condamnation continue et les nouvelles causes d’après-guerre du mouvement ont incité les dirigeants Huk à adopter un nouveau nom, le « Hukbong Mapagpalaya ng Bayan » ou l' »Armée de libération du peuple » en 1950.
Les sympathies du public pour le mouvement s’étaient émoussées en raison de leurs attaques d’après-guerre. Les Huks ont mené une campagne de raids, de hold-up, de vols, d’embuscades, de meurtres, de viols, de massacres de petits villages, d’enlèvements et d’intimidation. Les Huks ont confisqué des fonds et des biens pour soutenir leur mouvement et se sont appuyés sur les organisateurs des petits villages pour obtenir un soutien politique et matériel. Le mouvement Huk était principalement répandu dans les provinces centrales de Nueva Ecija, Pampanga, Tarlac, Bulacan, et dans Nueva Vizcaya, Pangasinan, Laguna, Bataan et Quezon.
Un mouvement important dans la campagne contre les Huks a été le déploiement d’unités spéciales de contre-guérilla chasseurs-tueurs. L’unité « Nenita » (1946-1949) fut la première de ces forces spéciales dont la mission principale était d’éliminer les Huks. La force Nenita était commandée par le major Napoleon Valeriano. Les tactiques de terreur de la Nenita qui n’étaient pas seulement commises contre les dissidents mais aussi envers les personnes respectueuses des lois ont parfois aidé les Huks à gagner des partisans en conséquence.
En juillet 1950, le major Valeriano a pris le commandement de l’équipe d’élite du 7e bataillon de combat (BCT) à Bulacan. Le 7e BCT développera une réputation vers l’emploi d’une stratégie de contre-insurrection plus complète, plus non conventionnelle et réduira la brutalité aléatoire contre la population civile.
En juin 1950, l’alarme américaine sur la rébellion Huk pendant la guerre froide incite le président Truman à approuver une assistance militaire spéciale qui comprend des conseils militaires, la vente au prix coûtant d’équipements militaires aux Philippines et une aide financière dans le cadre du Joint United States Military Advisory Group (JUSMAG). Le 26 août 1950, lors d’une « célébration de l’anniversaire » du Cri de Pugad Lawin, les Huks s’emparent temporairement de Santa Cruz, Laguna et de Camp Makabulos, Tarlac, confisquant argent, nourriture, armes, munitions, vêtements, médicaments et fournitures de bureau :85-86 En septembre 1950, l’ancien guérillero de l’USAFFE, Ramon Magsaysay, est nommé ministre de la Défense nationale sur les conseils des Américains. La rébellion de Huk prenant de l’ampleur et la sécurité des Philippines étant sérieusement menacée, Magsaysay a demandé au président Elpidio Quirino de suspendre l’habeas corpus pour la durée de la campagne de Huk. Le 18 octobre 1950, Magsaysay s’empare du Secrétariat, y compris du secrétaire général Jose Lava, après la prise antérieure du Politburo à Manille.:90
L’aide américaine permet à Magsaysay de créer d’autres BCT, portant le total à vingt-six. En 1951, les effectifs de l’armée avaient augmenté de 60 % par rapport à l’année précédente avec des BCT de 1 047 hommes. Les principales campagnes militaires offensives contre les Huks ont été menées par les 7e, 16e, 17e et 22e BCT.
Un autre effort majeur contre les Huks a été l’opération « Knockout » de la Panay Task Force (composée du 15e BCT, de certains éléments du 9e BCT et des commandements de la Philippine Constabulary d’Iloilo, Capiz et Antique) sous le commandement du colonel Alfredo M. Santos. L’opération a mené une attaque surprise contre Guillermo Capadocia, commandant du commandement régional Huk dans les Visayas, ancien secrétaire général et l’un des fondateurs du PKP. Le coup de maître de Santos a été l’enrôlement de Pedro Valentin, un chef montagnard local qui connaissait les gens et le terrain comme sa poche. Capadocia est mort sur Panay,:98 de blessures de combat, le 20 septembre 1952.
En 1954, le lieutenant-colonel Laureño Maraña, l’ancien chef de la Force X de la 16e compagnie de PC, a pris le commandement du 7e BCT, qui était devenu l’une des forces de frappe les plus mobiles des forces terrestres philippines contre les Huks, de Valeriano qui était maintenant colonel. La Force X a employé la guerre psychologique par le biais du renseignement de combat et de l’infiltration qui reposait sur le secret dans la planification, l’entraînement et l’exécution de l’attaque. Les leçons tirées de la Force X et de Nenita ont été combinées dans le 7e BCT.
Avec les campagnes anti-dissidence tous azimuts contre les Huks, ils étaient moins de 2 000 en 1954 et sans la protection et le soutien des partisans locaux, la résistance active des Huk ne présentait plus une menace sérieuse pour la sécurité des Philippines. De février à la mi-septembre 1954, la plus grande opération anti-Huk, l’opération « Thunder-Lightning », est menée et aboutit à la reddition de Luis Taruc le 17 mai. D’autres opérations de nettoyage des guérilleros restants durent tout au long de 1955, réduisant leur nombre à moins de 1 000 à la fin de l’année.