Restoration
Yellowstonen alkuperäiskalojen suojelusuunnitelman (2010) tavoitteisiin kuuluu YCT:n runsauden palauttaminen järvessä 1990-luvun lopulla todetulle tasolle, kutevien YCT:iden kulkuyhteyksien säilyttäminen vähintään 45:ssä Yellowstone-järven 59:stä historiallisesta kutujokeen johtavasta sivujokeen ja geneettisesti puhtaiden YCT:iden säilyttäminen tai palauttaminen nykyisessä laajuudessa puhtaiden YCT:iden tai hybridi YCT:iden käyttämissä puroissa.
Lamar River
Koska Lamar Riverin pääuomassa ei ole esteitä kalojen vaellukselle ylävirtaan, 1930-luvulla istutettujen kirjolohien jälkeläiset ovat levittäytyneet moniin paikkoihin eri puolilla valuma-aluetta ja risteytyneet kirjolohen kanssa. Geneettinen analyysi osoittaa, että Lamar-joen latvavesistön taimenet ovat geneettisesti muuttumattomia.
Suojellakseen jäljellä olevia Yellowstonen taimenia NPS on ottanut käyttöön valikoivan poiston. Vuonna 2014 otettiin käyttöön pakollinen tappokalastussääntö, joka koskee kaikkia Lamar-joen sillan yläjuoksulta pyydettyjä kirjolohia. Tällä hetkellä säännöksissä säädetään, että kaikki vierasperäiset kalat ja tunnistettavat kirjolohen ja kirjolohen risteymät Knowles Fallsin yläjuoksulla on tapettava. Valikoivaa poistopyyntiä sähkökalastamalla on toteutettu Lamarin laaksossa vuosittain vuodesta 2013 lähtien. Vuonna 2019 7 prosenttia sähkökalastustutkimuksissa Lamar-joen kanjonista ylävirtaan otetuista kaloista luokiteltiin kirjolohiksi tai hybriditaimeniksi. Tämä alhainen prosenttiosuus on jyrkässä ristiriidassa kanjonin alapuolella tehtyjen töiden kanssa.
Vuonna 2015 näytteitä otettiin 136 kalasta Lamarjoen sillan alapuolelta. Kenttätunnistuksen perusteella 48 % oli Yellowstonen kirjolohia, 19 % kirjolohia ja 31 % hybridejä. Suurin osa näistä kaloista merkittiin radiolähettimillä tai passiivisella integroidulla transponderilla (PIT) osana meneillään olevaa tutkimushanketta, jonka tarkoituksena on selvittää, käyttävätkö Yellowstone cutthroat-, kirjolohi- ja hybriditaimenet samoja alueita kutuun ja kutuajankohtaan, ja antaa tietoa hoitotoimista.
Slough Creek
Slough Creekissä on löydetty viime vuosikymmenen aikana yhä useammin kirjolohi- ja kirjolohihybridejä. Toisin kuin Lamar River, Slough Creek on pienempi, ja kalojen liikkumiselle ylävirtaan on rakennettu este. Kun este on paikallaan eikä kirjolohi enää pääse kulkemaan järjestelmään, olemassa olevia kirjolohi- ja hybriditaimenia voidaan hoitaa tehokkaasti onkimalla ja poistamalla ne sähkökalastamalla.
Soda Butte Creek
Purotaimenet vakiintuivat Soda Butte Creekiin puiston rajojen ulkopuolelle ja levittäytyivät alajuoksulla puiston vesistöihin 2000-luvun alussa. Aluksi purotaimen oli eristetty latvavesistössä kemiallisella esteellä, jonka oli luonut kaivoksen aiheuttama saastuminen Cooke Cityn yläjuoksulla Montanassa. Kun kaivosjätteet peitettiin ja veden laatu parani, purotaimen kulkeutui alajuoksulle ja alkoi vaikuttaa haitallisesti taimeniin.
Lähes kahden vuosikymmenen ajan virastojen väliset sähkökalastustutkimukset riittivät pitämään purotaimenkannat alhaisina, mutta eivät estäneet levinneisyysalueen laajentumista. Ajan myötä purotaimen levisi alajuoksulle ja siitä tuli uhka Lamar-joelle. Lisäksi Ice Box Canyonista ylävirtaan havaittiin edelleen kirjolohen hybridisaatiota kirjolohissa.
Vuonna 2013 Ice Box Falls muutettiin siten, että se on täydellinen este kalojen liikkumiselle ylävirtaan, jolloin ylävirtaan kulkeutuvien vierasperäisten kalojen uhka poistui kokonaan. Lähes 450 purotaimenta poistettiin kemiallisen käsittelyn aikana vuonna 2015. Soda Butte Creekistä kerättiin vain kaksi purotaimenta toisen käsittelyn aikana vuonna 2016. Vuodesta 2017 lähtien eDNA- ja sähkökoekalastusnäytteenotossa sekä sähkökoekalastustutkimuksissa ei ole havaittu merkkejä purotaimenista järjestelmässä. Tämä on hyvä osoitus siitä, että valuma-alueella saavutettiin täydellinen tappo.
Elk Creek Complex
Elk Creekissä on luonnollinen kaskadi-este heti sen yhtymäkohdasta Yellowstone-jokeen ylävirtaan. Kaskadi esti kaloja asuttamasta järjestelmää luontaisesti, joten Elk, Lost ja Yancey Creek -purojen muodostama kokonaisuus (Elk Creek Complex) oli kalaton, kun sinne istutettiin ensimmäisen kerran kirjolohia 1920-luvun alussa. Vuonna 1942 puroihin istutettiin purotaimenia, minkä seurauksena taimen hävisi kokonaan.
Elk Creek Complexia käsiteltiin rotenonilla vuosittain vuosina 2012-2014 purotaimenen poistamiseksi. Kun purotaimenista oli päästy eroon, aloitettiin kotoperäisten Yellowstonen kirjolohien istuttaminen uudelleen. Antelope- ja Pebble-puroista saatiin kaloja Elk Creek Complexin istutuksia varten lokakuussa 2015. Lisäistutuksia tehtiin vuosina 2016 ja 2017. Luonnollista lisääntymistä dokumentoitiin myös vuonna 2017 sähkökalastustutkimuksissa.