Aleksei
Mikaelin pojan Aleksein (Aleksei Mihailovitš), jota myöhemmät sukupolvet pitivät hyväntahtoisen ja lempeän tsaarin esikuvana, valtakausi alkoi huonosti. Isänsä tavoin Aleksei tuli valtaistuimelle pelkkänä poikana. Hallitusta hallinnut bonaari Boris Ivanovitš Morozov ryhtyi heti harjoittamaan politiikkaa, joka vei hallituksen katastrofin partaalle. Morozov leikkasi hallituksen palkkoja; hän otti käyttöön myös suolaveron ja valtion tupakkamonopolin, joista ensimmäinen aiheutti laajalle levinnyttä ahdinkoa ja tyytymättömyyttä ja jälkimmäinen johti kirkon tuomioon. Samalla hän vieraannutti valtaistuinta lähellä olevia bojariryhmiä puuttumalla holhoojansa avioliittoon.
Kohteliaisuus: Valtion historiallinen museo, Moskova
Morozovin toimet pahensivat jo ennestään vaarallista tilannetta maassa. Kaupunkiväestöä ja erityisesti palvelusväkeä rasittivat raskaasti verot ja muut velvoitteet, ja he olivat yhä vihaisempia hallitsevan klikin kasvavasta varallisuudesta ja vallasta. Moskovassa toukokuussa 1648 tapahtuneen mellakan aikana väkijoukko piiritti 19-vuotiaan tsaarin ja vaati Morozovin ja johtavien virkamiesten teloittamista. Osa jälkimmäisistä heitettiin väkijoukon eteen, ja Morozoville järjestettiin lyhyt suojeluskarkotus. Morozovin bojariviholliset, jotka saattoivat olla apuna mellakassa, ottivat asiat haltuunsa ja toteuttivat useita uudistuksia. Suolavero ja tupakkamonopoli lakkautettiin, ja uuden lakikokoelman laatimista varten perustettiin komissio. Vakavat levottomuudet jatkuivat pohjoisen kaupungeissa, erityisesti Pihkovan ja Novgorodin kaupungeissa, joissa tarvittiin voimakeinoja vallan palauttamiseksi.
Novgorodissa tärkein toimija hallituksen etujen ajamisessa oli metropoliitta Nikon, tarmokas ja autoritäärinen munkki, joka oli hankkinut vaikutusvaltaisia ystäviä Moskovassa ollessaan Romanovin suvun kirkon arkimandriitta ja jatkoi Novgorodissa ollessaan edelleen ahkerasti tsaarin ja hänen sukulaistensa vaalimista. Vuonna 1652 hän sai patriarkaatin arvon hänen pyynnöstään. Perinteen mukaan Nikon vaati ennen viran vastaanottamista tsaarilta vakuutuksen täydestä kuuliaisuudesta uskonnollisissa ja moraalisissa asioissa. Nikonin ensimmäisinä virkavuosina hänen suhteensa Aleksiin ja hoviin olivat hyvät. Patriarkka toteutti virallisen tuen turvin useita liturgisia ja organisatorisia uudistuksia ja ympäröi itsensä vaikuttavalla byrokratialla, jonka esikuvana oli valtiokoneisto. Suhteet tsaariin kiristyivät kuitenkin vuonna 1658, ja sen jälkeen kun Aleksis oli julkisesti väheksynyt häntä, Nikon ilmoitti luopuvansa patriarkaatista. Myöhemmin hän katsoi, että hän oli vain siirtynyt väliaikaiseen eristäytymiseen, mutta hänen tosiasiallinen valtansa ja vaikutusvaltansa olivat lopussa.
Aleksiksen valtakauden tärkein tapahtuma oli Itä-Ukrainan liittäminen. Hänen hallituksensa oli jatkanut aiempaa politiikkaa, jonka mukaan se oli välttänyt sotkeutumista länteen ja laajentunut samalla itään, mutta se ei voinut vastustaa tilaisuutta, joka tarjoutui vuonna 1654, kun Ukrainan puolalaisvallan vastaisen kasakkavallankumouksen johtaja Bohdan Hmelnytski vetosi Moskovaan pyytääkseen apua, jota hän ei ollut onnistunut saamaan Ruotsilta ja turkkilaisilta. Moskova hyväksyi hänen uskollisuutensa vastineeksi sotilaallisesta avusta ja joutui näin mukaan pitkittyneeseen taisteluun Puolan ja Ruotsin kanssa Ukrainan, Valko-Venäjän ja Baltian alueista. Aluksi sota sujui hyvin, mutta ukrainalaisten ja moskovalaisten liittolaisten erilaiset tavoitteet paljastuivat pian. Kun Ruotsin Kaarle X astui taisteluun Puolaa vastaan, Aleksis teki rauhan vuonna 1656; hän pelkäsi vahvaa Ruotsia yhtä paljon kuin vahvaa Puolaa. Moskovan joukot syöksyivät sotaan Ruotsin kanssa Viron, Liivinmaan ja Karjalan alueista Itämeren rannikolla. Tilanne Ukrainassa muuttui yhä sekavammaksi ja vaarallisemmaksi Moskovalle, ja sota Ruotsin kanssa oli lopetettava vuonna 1661, jopa sillä hinnalla, että Itämeren rannikko luovutettiin jälleen kerran.
Ukrainassa sota sai uuden ulottuvuuden, kun vuonna 1664 uusi johtaja Pietari Doroshenko asettui ottomaanien suojelukseen. Turkkilaiset osallistuivat useisiin suuriin sotilasoperaatioihin, jotka hälyttivät sekä Puolaa että Moskovaa niin paljon, että ne solmivat aselevon Andrusovossa (1667). Puola tunnusti Moskovan hallitsevan Itä-Ukrainaa ja Kiovaa, kun taas Moskova luovutti Ukrainan Dneprin länsipuolisen osan ja suurimman osan Valko-Venäjää.
Rauha ei juurikaan parantanut hallituksen asemaa, sillä samana vuonna alkoi Donin kasakoiden ja Volgan alueen talonpoikien keskuudessa uhkaava liike, jota johti Stenka Razin, ja poliittinen kamppailu hovin sisäpiireissä, jonka aiheutti Aleksei Aleksis’n vaimon kuolema. Kahden vuoden kuluttua Aleksei avioitui Natalija Naryshkinan kanssa. Vuonna 1676 Aleksei kuitenkin kuoli itse, ja hänen seuraajakseen tuli hänen ensimmäisen vaimonsa Marija Miloslavskajan sairaalloinen poika Fjodor. Kilpailevien Naryshkin- ja Miloslavskin-sukujen välillä alkoi kamppailu. Naryshkinit karkotettiin, ja Miloslavskit asiakkaineen ja kannattajineen ottivat vallan. Vuonna 1682 Fjodor kuitenkin kuoli, ja Naryshkinien ryhmä pyrki asettamaan hänen velipuolensa Pietarin valtaistuimelle Fjodorin täysveljen, sairaan Ivanin, sijasta. Streltsyjen eliittijoukko (perinnöllinen sotilaskasti) kapinoi ja asetti Ivanin vanhemman sisaren Sofian regentiksi. Pietari Suuren valtaannoususta ja hallituskaudesta ks. jäljempänä Pietari I:n (Suuren; 1689-1725) hallituskausi.