Endospermin pääosa koostuu soluista, joissa on runsaasti tärkkelystä ja vähän zeiniproteiinia. Tärkkelys koostuu kahdentyyppisistä molekyyleistä, amyloosista ja amylopektiineistä. Amyloosi koostuu glukoosimolekyylien haarautumattomista säikeistä, kun taas amylopektiinimolekyylit ovat glukoosiyksiköiden haarautuneita säikeitä. Tämä molekyylirakenteellinen ero vaikuttaa maissitärkkelyksen käyttötapoihin jalostetuissa elintarvikkeissa. Amyloosimolekyylit liukenevat helpommin kuumaan veteen eivätkä muodosta tahnaa, kun taas amylopektiinilla on taipumus hyytelöityä helpommin. Amyloosimolekyylit värjäytyvät jodissa siniseksi, mutta amyloosimolekyylit eivät värjäydy jodissa. Useimpien maissilajikkeiden endospermi värjäytyy siniseksi amyloosin vuoksi, vaikka sen osuus endospermin tärkkelyksen kokonaismäärästä voi olla vain 25 prosenttia.
Ressessiivinen mutanttigeeni waxy (wx) estää amyloosimolekyylien tuotannon. Tämä johtaa amylopektiinitärkkelyksen kokonaistuotantoon. Se on helppo tunnistaa jodireaktiolla. Koska geeni on resessiivinen, sitä on oltava sekä hybridisiemenen naaras- että urospuolisessa vanhemmassa, mikä edellyttää sen eristämistä kontaminaatiosta vanhemman siemenen, hybridisiemenen ja jyvän tuotannon aikana. Resessiivinen geeni amylose extender (ae) lisää huomattavasti endospermitärkkelyksen amyloosiosuutta. Myös tämä edellyttää eristämistä kaikissa vaiheissa siemenestä jyvien tuotantoon, jotta korkein amyloosipitoisuus säilyisi. Molemmat tärkkelystyypit vaikuttavat maissin jyvän lopulliseen käyttöön eläinten sulavuudesta teolliseen jalostukseen. Entsyymi amylaasi pilkkoo amyloosia ja amylopektiinimolekyylien suoraketjuista osaa, mutta ei haaroja.
Kolme makean maissin geeniä (sugary, sugary-enhanced, shrunken-2) estävät tai viivästyttävät tärkkelyksen muodostumista endospermissä. Niitä käytetään yksinään ja yhdistelmänä sokerimaissi-lajikkeissa.
Endospermin solujen tärkein proteiini on zein. Se syntetisoidaan endospermisolujen endoplasmisessa retikulumissa aminohappojen liittyessä suuriksi molekyyleiksi. Siemenen kovuus liittyy näiden molekyylien rakenteeseen, määrään ja muotoon. On tunnistettu monia mutaatioita, jotka vaikuttavat zeiniproteiinin aminohappopitoisuuteen. Resessiivinen geeni opague-2(o2), joka mahdollistaa korkean lysiinipitoisuuden omaavien aminohappojen sisällyttämisen zeiniin, on hyödyllinen eläinten rehussa käytettävän välttämättömän aminohapon tuottamiseksi. Valitettavasti se heikentää viljan kovuutta. Toinen mutantti nimeltä floury-2 (fl2) lisää zeinin metioniini-aminohappo-osuutta. Molemmat näistä geeneistä ovat resessiivisiä, joten ne on eristettävä puhtauden varmistamiseksi. Molemmat näistä geeneistä vaikuttavat jyvän kovuuteen ja voivat siten vaikuttaa viljan jalostukseen.
Ihmiset ovat jo pitkään valikoineet maissista käyttötarkoituksiinsa ja kulttuureihinsa sopivia geenejä. Valintoihin on kuulunut myös endospermigeenit.
Valintoihin on kuulunut myös endospermigeenit.