Tämä toiminto-osion alajakso määrittelee kunkin proteiinissa esiintyvän DNA:ta sitovan domeenin sijainnin ja tyypin.
Merkitsemme kokeellisesti määritellyt DNA:ta sitovat domeenit ja InterPro-resurssien PROSITE, Pfam ja SMART määrittelemät konservoidut DNA:ta sitovat domeenit; esimerkkeinä AP2/ERF-domeeni, ETS-domeeni, Fork-Head-domeeni, HMG-laatikko ja Myb-domeeni.
Ennustetut DNA:ta sitovat domeenit
Esim: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
DNA-sitovan domeenin erityistyypit
a. bHLH- ja bZIP-proteiinit
Basic helix-loop-helix (bHLH) ja basic leucine-zipper (bZIP) -domiinien osalta kuvaamme C-terminaaliset HLH- ja leusiini-vetoketjumotiivit erikseen ”Perhe ja domeenit”-osion Domain-alalajaksossa. Näiden domeenien N-terminaalinen perusalue kuvataan ”DNA-sidonta”-alaluvussa.
BHLH-proteiineilla perusaluetta seuraa sekvenssissä yleensä suoraan HLH-domeeni.
Esimerkki: P35869
BZIP-proteiineissa perusaluetta seuraa leusiini-zipper-domeeni, jolle on ominaista LXXXXXXL-motiivi, ja se alkaa ensimmäisestä Leu/Ile- ja päättyy viimeiseen Leu/Ile-jäännökseen.
Esimerkkejä: P18289, P15407
b. Homeobox-proteiinit
Homeobox-proteiinit muodostavat suuren perheen, joka sisältää useita alatyyppejä. Kun homeobox kuuluu johonkin alatyyppiin, se ilmoitetaan ”Kuvaus”-kentässä ”Homeobox”-kohdan jälkeen, jota edeltää puolipiste.
Esimerkkejä: Esimerkkejä: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Kun tietty homeobox on epätäydellinen tai poikkeaa merkittävästi konsensuksesta, se voidaan merkitä joko ”osittaiseksi” tai ”epätyypilliseksi”.
Esimerkkejä: Q6WRX8, Q8MJD5
Kokeellisesti määritetyt DNA:ta sitovat domeenit
Kun DNA:ta sitova domeeni on tunnistettu kokeellisesti, mutta se ei vastaa InterPro-resurssin mallintamaa domeenia, merkitään pelkkä fakta domeenin olemassaolosta, mutta erityistä kuvausta ei anneta.
Esimerkki: P13574
Tällaiset domainit siirretään läheisiin lajeihin käyttämällä ”By similarity”-ominaisuutta.
Esimerkki: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger