Tietosuoja & Evästeet
Tämä sivusto käyttää evästeitä. Jatkamalla hyväksyt niiden käytön. Lue lisää, mukaan lukien evästeiden hallitseminen.
Vietin ensimmäiset 15 vuotta työelämästäni haluttomana tunnistamaan eroa bioinformatiikan ja laskennallisen biologian välillä. Se ei johtunut siitä, etten olisi uskonut, että eroa on tai voisi olla, vaan siitä, että mielestäni ero ei ollut merkittävä. Olen muuttanut kantaani tässä asiassa. Uskon nyt, että ne ovat aivan erilaisia ja että ne kannattaa erottaa toisistaan. Minulle,
Computational biology = biologian tutkimus laskennallisia tekniikoita käyttäen. Tavoitteena on oppia uutta biologiaa, tietoa elävistä systeemeistä. Kyse on tieteestä.
Bioinformatiikka = sellaisten työkalujen (algoritmien, tietokantojen) luominen, joilla ratkaistaan ongelmia. Tavoitteena on rakentaa hyödyllisiä työkaluja, jotka toimivat biologisella datalla. Kyse on insinööritieteestä.
Kaikki tämä tuli minulle tärkeäksi, kun pääsin vihdoin biotekniikan osastolle ja jouduin kysymään itseltäni, olenko tiedemies vai insinööri. Olen molempia, ja nyt olen rauhassa.
Kun rakennan menetelmän (yleensä ohjelmistona ja yhdessä henkilökunnan, opiskelijoiden ja post-dokkareiden kanssa – en valitettavasti enää koskaan tee sitä itse), harjoitan insinööritoimintaa: Suunnittelen sen niin, että sillä on tietyt suoritusominaisuudet, rakennan sen käyttäen parhaita insinöörikäytäntöjä, validoin, että se toimii niin kuin olen tarkoittanut, ja luon sen ratkaisemaan ei vain yksittäisen ongelman vaan luokan samankaltaisia ongelmia, joiden kaikkien pitäisi olla ratkaistavissa ohjelmiston avulla. Sitten kirjoitan menetelmästä artikkeleita, ja ne ovat insinöörien artikkeleita. Tämä on bioinformatiikkaa.
Kun käytän menetelmääni (tai muiden menetelmiä) biologiseen kysymykseen vastaamiseen, teen tiedettä. Opin uutta biologiaa. Onnistumisen kriteereillä ei ole juurikaan tekemistä käyttämieni laskentatyökalujen kanssa, vaan kyse on siitä, onko uusi biologia totta ja onko se validoitu asianmukaisesti ja biologisen yhteisön odottamien todistusstandardien mukaisesti. Tuloksena syntyvät artikkelit kertovat uudesta biologisesta tiedosta ja ovat tieteellisiä artikkeleita. Tämä on laskennallista biologiaa.
Katsellessani julkaistuja töitäni olen aina pyrkinyt tasapainottamaan biologisissa/lääketieteellisissä lehdissä ja insinööritieteellisissä/informatiikan lehdissä julkaistut työt. Se on oikeastaan esteettistä, ei ole mitään syytä, miksi pitäisi tuntea itsensä pakotetuksi tekemään näin. On kuitenkin hyödyllistä tietää, milloin tekee biologiaa ja milloin jotain muuta. Joku voi varmaan väittää vastaan, että käytän termiä ”bioinformatiikka” insinööritieteenä. Se sopii minulle – olen avoin eri termille. Mutta kysyisin, miksi bioinformatiikka ei ole hyvä. Mielestäni laskennallinen biologia on vankempi – ’biologia’ on selvästi substantiivi ja ’laskennallinen’ on selvästi adjektiivi.