Magadhan varhaisista hallitsijoista on vain vähän varmaa tietoa. Tärkeimmät lähteet ovat buddhalainen Pāli-kanoni, Jain Agamat ja hindulaiset Puranat. Näiden lähteiden perusteella näyttää siltä, että Magadhaa hallitsi Haryanka-dynastia noin 200 vuoden ajan, noin 543-413 eaa.
Buddhalaisuuden perustaja Gautama Buddha eli suuren osan elämästään Magadhan kuningaskunnassa. Hän saavutti valaistumisen Bodh Gayassa, piti ensimmäisen saarnansa Sarnathissa, ja ensimmäinen buddhalainen neuvosto pidettiin Rajgrihassa.
Hindulaisessa Mahabharatassa Brihadrathaa kutsutaan Magadhan ensimmäiseksi hallitsijaksi. Haryanka-dynastian kuningas Bimbisara johti aktiivista ja ekspansiivista politiikkaa ja valloitti Angan kuningaskunnan nykyisen Länsi-Bengalin alueella. Kuningas Bimbisaran tappoi hänen poikansa, prinssi Ajatashatru. Kuningas Pasenadi, viereisen Kosalan kuningas ja kuningas Bimbisaran lanko, otti pikaisesti Kashin maakunnan lahjan takaisin.
Kertomukset eroavat hieman toisistaan kuningas Ajatashatrun sodan syyn osalta Ganges-joen pohjoispuolella sijaitsevaa Licchavia vastaan. Näyttää siltä, että Ajatashatru lähetti alueelle ministerin, joka työskenteli kolmen vuoden ajan heikentääkseen Licchavin yhtenäisyyttä. Käynnistääkseen hyökkäyksensä Ganges-joen yli Ajatashatru rakensi linnoituksen Pataliputran kaupunkiin. Erimielisyyksien repimät Licchavit taistelivat Ajatashatrun kanssa. Kesti viisitoista vuotta, ennen kuin Ajatashatru voitti heidät. Jain-teksteissä kerrotaan, kuinka Ajatashatru käytti kahta uutta asetta: katapulttia ja katettua vaunua, jossa oli heiluva keihäs, jota on verrattu nykyaikaiseen tankkiin. Pataliputra alkoi kasvaa kauppakeskuksena ja siitä tuli Magadhan pääkaupunki Ajatashatrun kuoleman jälkeen.
Haryanka-dynastian syrjäytti Shishunaga-dynastia. Viimeisen Shishunaga-hallitsijan Kalasokan salamurhasi vuonna 345 eaa. Mahapadma Nanda, ensimmäinen niin sanotuista ”yhdeksästä Nandasta” eli Mahapadmasta ja hänen kahdeksasta pojastaan.
Vuonna 326 eaa. Aleksanterin armeija lähestyi Magadhan länsirajoja. Armeija, joka oli uupunut ja peloissaan siitä, että se joutuisi kohtaamaan toisen jättiläismäisen intialaisen armeijan Gangesilla, kapinoi Hyphasisilla (nykyisellä Beas-joella) ja kieltäytyi marssimasta edelleen itään. Aleksanteri vakuuttui upseerinsa Coenuksen tapaamisen jälkeen siitä, että oli parempi palata, ja kääntyi etelään valloittaen tiensä Industa pitkin valtamerelle.
Nandan dynastia päättyi noin vuonna 321 eaa. ja Chandragupta Mauryasta tuli Chanakyan avulla suuren Mauryan-dynastian ja Mauryan-valtakunnan ensimmäinen kuningas. Myöhemmin valtakunta laajeni suurimpaan osaan Etelä-Aasiaa kuningas Ashokan alaisuudessa, joka tunnettiin aluksi nimellä ”julma Ashoka”, mutta myöhemmin hänestä tuli buddhalaisuuden oppilas ja hänet tunnettiin nimellä ”Dharma Ashoka”. Myöhemmin Mauryan valtakunta päättyi, samoin kuin Shungan ja Khārabēḷan valtakunnat, ja sen korvasi Guptan valtakunta. Guptan valtakunnan pääkaupungiksi jäi Pataliputra Magadhassa.