Během počáteční fáze Napoleonova vpádu do Ruska velel Bagration 2. ruské armádě rozmístěné poblíž běloruské Viljeky. Francouzský pochod na Vilnius měl za cíl oddělit Bagrationovy síly od sil Barclaye de Tolly, který převzal celkové velení. Napoleon by pak Bagrationovu 2. armádu zničil kombinovanou operací kladiva a kovadliny, kterou provedli maršálové Jerome, Davout a Evžen poté, co se mylně domníval, že narazili na Bagrationovu armádu, ačkoli šlo pouze o prvky jezdectva generála Dokturova. Zmatek, falešné domněnky a nedostatek informací bránily Francouzům udělat si jasný obrázek o situaci. Na druhé straně to nebylo o mnoho lepší. Rozporuplné rozkazy a nedostatek informací postavily Bagrationa téměř před slepý pochod přímo do Davoutových sil. Blátivé cesty, problémy se zásobováním, počasí a spory o velení mezi Francouzi daly Bagrationovi dostatek času, aby se spojil s Doktorem a převzal velení nad 45 000 muži. Maršál Davout, který již ztratil velkou část svých vojáků v důsledku potyček, špatných povětrnostních podmínek a nemocí, se zdráhal bojovat s Bagrationem, aniž by ho Jerome nejprve posílil. Francouzské jezdectvo bylo dvakrát poraženo generálem Platovem, takže zůstalo v nejistotě. Bagration nebyl lépe informován, přičemž obě strany přeceňovaly síly té druhé. Davout si myslel, že Bagration má asi 60 000 mužů, a Bagration si myslel, že Davout má 70 000 mužů. Bagration dostával rozkazy jak od Alexandrova štábu, tak od Barclaye (což Barclay nevěděl) a nechával Bagrationa bez jasné představy o tom, co se od něj očekává, a o celkové situaci. Tento proud zmatených rozkazů Bagrationa naštval na Barclaye, což mělo mít později následky. Přestože Barclay de Tolly dostal jako ministr války celkové velení, Bagration mu nebyl podřízen, protože byl starší generál. To je důvod, proč neustále dostával rozkazy od cara Alexandra a Barclaye současně.
Přes obrovské ztráty mezi Francouzi jejich rychlý postup silovým pochodem k Moskvě opakovaně znemožnil de Tollymu vytvořit obranné postavení a byl nucen ustoupit pokaždé, když to zamýšlel. Vrchní velitel se odmítal postavit na odpor i přes Bagrationovy četné urgence. De Tollyho pokračující odpor vzdát se boje později vedl k jeho odvolání z funkce.
Bitva u MogilevaUpravit
Bitva u Mogileva, známější jako bitva u Saltanovky, byla výsledkem Bagrationova neúspěšného pokusu spojit se s hlavní ruskou armádou poté, co navrhl carovi Alexandrovi preventivní úder na Francouze. Jeho 2. armáda byla zadržena při pokusu o dosažení 1. armády Barclaye de Tollyho a střetla se s vojsky maršála Davouta u řeky Dněpr. S cílem prolomit francouzské linie u Mogileva nasadil Bagration 20 000 mužů silný 7. sbor vedený generálem Nikolajem Rajevským. Na opačné straně sbor maršála Davouta složený z pěti divizí o celkové síle 28 000 mužů vytvořil obranné linie kolem Saltanovky. Davout vyčkával na blížící se Rusy a zasazoval jim mohutnou mušketovou salvu a dělostřeleckou palbu. Rajevskij pokračoval v postupu a osobně vedl své muže do útoku. Navzdory velkému odhodlání ruských vojáků se Francouzům podařilo odrazit útok po celé linii. Davout poté podnikl protiútok, který 7. sbor vrhl zpět, ačkoli Rajevskij je dokázal opakovaně odrážet, dokud se Bagration nerozhodl nařídit všeobecný ústup, když jeho armáda dostala také údery dalších francouzských sil na křídlech a v týlu. Aby se vyhnul úplnému obklíčení, rychle se stáhl ke Smolensku. Obě strany utrpěly těžké ztráty, ale Bagration špatně odhadl situaci a domníval se, že bojuje s hlavní Napoleonovou armádou, zatímco šlo jen o Davoutovy síly a nějaké posily. To poukázalo na špatnou komunikaci mezi ruskými armádami. Zároveň však Bagrationovo rozhodnutí ustoupit zmařilo Napoleonův plán zničit druhou západní armádu a ten byl nakonec nucen bojovat se sjednocenými ruskými silami u Smolenska, což se také stalo, protože Bagration v obavách z dalšího útoku ustoupil ke Smolensku a čekal, až ho Barclay posílí.
Bitva u SmolenskaEdit
Tři maršálové Murat, Davout a Ney překročili 14. srpna 1812 řeku Dněpr po rychle postavených pontonových mostech. Měli v plánu doběhnout ke Smolensku a dobýt ho bez boje. Napoleon považoval Smolensk za důležitou zásobovací a doplňovací základnu, odkud by pochodoval na sever, aby zaútočil na týl hlavních ruských sil pod velením Barclaye de Tolly. Město mělo pro ruskou stranu také symbolický, náboženský význam. Naneštěstí pro Francouze vedly protichůdné rozkazy a porucha komunikace již Bagrationa k neuposlechnutí rozkazů a místo pochodu na západ obsadil Smolensk na jihu. Do 16. srpna našly francouzské jednotky město silně obsazené Bagrationovými jednotkami. S příchodem de Tollyho armády se dále posílil. Napoleon však předpokládal, že Rusové budou bojovat mimo město, aby nedošlo ke zničení historických památek, což se nestalo. Boj o Smolensk začal 16. srpna 1812, kdy Napoleonova vojska tří sborů obsadila část předměstí města, ale brzy poté byla odražena. Nepřetržité dělostřelecké ostřelování zapálilo město, které se skládalo převážně z dřevěných budov, ale Francouzům se nepodařilo dostat přes předměstí až k hradbám, protože jim chyběly žebříky a další vybavení. Způsobili útočníkům těžké ztráty, ale ruská posádka dokázala své pozice udržet. Rozsáhlá palba však donutila Bagrationa a de Tollyho 18. srpna 1812 hořící Smolensk opustit. Bitva skončila bezvýsledně, ruská vojska ustoupila a Napoleon město dobyl, ale stejně rychle opustil i to, co z něj zbylo, protože už nebylo k ničemu.
Partyzánská válkaEdit
Od samého počátku invaze Bagration pochopil, že vlastenecká válka není obyčejnou válkou, ale spíše válkou národní. Místní občané projevovali velkou statečnost, kde mohli, proti malým francouzským jednotkám, zejména v okolí Smolenska, ale i v jiných částech Ruska. Sporadické útoky malých diverzních skupin lehce vyzbrojených rolníků upoutaly Bagrationovu pozornost již dříve a jejich odhodlání a účinnost ho fascinovaly. Od té doby byl přesvědčen, že jedinou metodou, jak zastavit Napoleonův postup, je chytrá spolupráce nepravidelných jednotek s pravidelnými ruskými armádami. Jeho pobočník, podplukovník D. V. Davydov, velitel husarského pluku, sdílel Bagrationovy názory na partyzánské hnutí a navrhl možný postup. Bagration návrh schválil, ale když plány předložil Kutuzovovi, vrchní velitel povolil poskytnout pro takové operace jen velmi omezený počet vojáků. Davydov dal slovo, že převezme plnou péči a odpovědnost za zásobování a činnost svých jednotek, pouze nespokojen s prostředky, které považoval za velmi nedostatečné, požádal Bagrationa, aby mu poskytl alespoň 1 000 kozáků. Bagration, jakkoli chtěl vyhovět žádosti svého důstojníka a provést tuto operaci sám, nechtěl Kutuzova neuposlechnout a odpověděl: „Pro začátek bych vám jich dal 3000, protože nerad jednám povrchně, ale nemohu o tom ani mluvit; Kňaz (tj. kníže) určil složení skupiny sám, je třeba se podřídit.“ Poté Bagration napsal Davydovovi následující instrukci:
Víceplukovníkovi Achtyrského husarského pluku Davydovovi.
Po přijetí tohoto vezměte sto padesát kozáků od generálmajora Karpova a padesát husarů z Achtyrského husarského pluku.
Přikazuji vám přijmout veškerá opatření, abyste nepřítele znepokojili a snažili se ho připravit o zásoby nejen na křídlech, ale i ve středu a v týlu, rozvrátit dopravu a parky, rozbít převozy a odvézt všechny prostředky. Jedním slovem, jsem si jist, že když jsem vám udělil tak důležitý příděl, prokážete svou rychlost a píli, a to ospravedlní mou volbu. Oficiální zprávy mi můžete posílat při každé vhodné příležitosti. Nikdo by se neměl dozvědět o vašich pohybech; snažte se je udržet zahalené v co nejneproniknutelnějším tajemství. Pokud jde o potraviny Vašeho velení, měl byste vzít odpovědnost na sebe…
– Pjotr Bagration
Bagration než také napsal dopisy generálu Vasiličkovovi a generálu Karpovovi ohledně přídělů a všeobecných informací o nejlepších dostupných kozáckých a husarských jednotkách. Na Davydovovu žádost poskytl podplukovníkovi kopii své mapy Smolenské oblasti a při loučení popřál mladému důstojníkovi hodně štěstí a také doufal v jeho úspěch. Jeho důvěra se měla brzy zdůraznit, když partyzánské hnutí rozvinulo široký záběr. Brzy se kromě Davydovova hnutí objevily další skupiny: generála Dorochova, kapitána Fišera, kapitána Seslavina, plukovníka Kudaševa a mnoha dalších. Tyto skupiny úspěšně bojovaly proti Francouzům a spojovaly svou činnost s činností rolnických partyzánských skupin. Bagration se stal autorem prvních skutečných taktických pokynů pro takovou činnost a jedním ze zakladatelů ruského partyzánského hnutí proti Napoleonovi.
Bitva u BorodinaEdit
V obavě, že by Napoleon mohl obsadit Smolenskou cestu na Moskvu, nařídil Kutuzov Bagrationovi a jeho 2. armádě postupovat vlevo, zatímco Barclay de Tolly s 1. armádou střežil pravou stranu. Kromě 1. armády, která byla rozmístěna na pozicích, které byly silné a pro Francouze prakticky nedobytné, neměla Bagrationova armáda vůbec žádnou terénní výhodu a jeho žádost o změnu na výhodnější pozici byla Kutuzovem zamítnuta. Rozhodl se tedy, že si ji vytvoří sám, a nařídil svým sapérům, aby vybudovali čtyři velké redany, známé také jako Bagrationovy fléry, čtyři otevřená zemní tělesa ve tvaru šípových hrotů, která se vyklenula vlevo en echelon před potokem Kolocha. Když 7. září 1812 začala bitva mohutnou kanonádou proti ruskému středu, vyslal Davout kolem šesté hodiny ranní proti flèches dvě divize. Jeho síly o síle 25 000 mužů podporované 102 děly čelily 8 000 ruských obránců s 50 děly.
Při postupu byly Davoutovy divize tvrdě zasaženy masivním ruským dělostřelectvem, které bylo rozmístěno na druhé straně Kolchy na podporu Bagrationových linií, a také ruskými jízdními jednotkami, které byly rozmístěny před opevněním. Francouzské jednotky utrpěly těžké ztráty, než se jim podařilo dosáhnout cíle, a podnik byl na spadnutí, když Davout viděl, že jeho jednotky ustupují, a vrhl se vpřed, aby osobně vedl útok. Druhým pokusem se mu podařilo dobýt nejjižnější flèche v 7 hodin ráno. V reakci na to však Bagration nařídil Raevskému a jeho 7. sboru znovu se Davoutovi postavit, jenže tentokrát byli Francouzi podruhé zasaženi na svém křídle a vrženi zpět. Napoleon si již Bagrationa velmi vážil a označil ho za to nejlepší, co proti němu Rusové mohli postavit, ale byl překvapen tuhým odporem, který kladl. Zatímco Napoleon posílil Davouta s maršálem Neyem a Junotem pro třetí útok, Bagration přeskupil své jednotky a nasadil své zálohy, 2. granátnickou a 2. kyrysnickou divizi.
Třetí pěší divize byla stále držena v záloze u Semjonovska pro případ, že by se Francouzi pokusili o jeho obchvat. Kutuzov, který pozoroval těžké boje u Flečů, posílal 2. a části 5. pěšího sboru se 100 děly ze své dělostřelecké rezervy, ale jejich příjezd by trval jednu až dvě hodiny, což znamenalo, že Bagration byl odkázán sám na sebe. Napoleon požadoval, aby byly flèches dobyty za každou cenu, a zahájil třetí ofenzivu mohutným dělostřeleckým ostřelováním, po němž následoval současný útok pěchoty a jízdy. Francouzům se nejprve podařilo obsadit pravý a levý flèche, ale Bagrationovy jednotky je opět vytlačily. Maršál Poniatowski, který měl za úkol obklíčit Rusy a udeřit svým jezdeckým sborem na Bagrationův týl, byl rovněž poražen Tučkovovým 3. pěším sborem. Obránci obnovili své pozice v 9 hodin ráno. Při třetím neúspěchu se Napoleon rozzuřil a nyní do operace zapojil i maršála Murata, který v 9 hodin ráno zahájil čtvrtý útok. Tentokrát se Napoleonovým silám podařilo nejen vytlačit Bagrationovy jednotky z fléry, ale také se zmocnit Semjonovska.
V té době však již konečně dorazily 2. a 5. sbor vyslané dříve Kutuzovem na pomoc Bagrationovi a Bagration vrhl proti Francouzům všechny dostupné síly, zcela je vytlačil ze všech obsazených pozic a způsobil jim těžké ztráty. Poté byly odraženy další tři francouzské útoky za sebou, přičemž při pátém útoku byl zabit generál Tučkov. Navzdory rostoucím ztrátám Napoleon pokračoval v útoku na Bagrationovy pozice. Jeho vojáci byli zasaženi nejen palbou z mušket, ale také kanystrovou střelbou z dělostřelectva zblízka. Hromady mrtvol a raněných bránily jezdectvu a pěchotě v řádném manévrování na bojišti. Napoleon uvažoval o vyslání své elitní císařské gardy, aby posílila morálku jeho vojska, ale váhal, nechtěl riskovat, že bude také roztrhána. V poledne zahájili Francouzi osmý útok s přibližně 45 000 muži podporovanými 400 děly proti bránícím se 18 000 Rusům a jejich 300 dělům. Bagration se rozhodl útočníkům odvážně čelit, což vedlo k dlouhému a brutálnímu boji zblízka, pravděpodobně nejkrvavější scéně během celé bitvy, kterou historik Buturlin popsal takto:
Došlo ke strašlivému boji, v němž se na obou stranách projevily zázraky téměř nadpřirozené statečnosti. Pěchota, jezdectvo a střelci obou stran, kteří se do sebe zamíchali, předváděli strašlivou podívanou na velkou část vojáků bojujících v soukromí v zuřivém zoufalství.
Bagration nařídil celému svému vojsku protiútok, ale byl vážně přečíslen a pomalu zahnán zpět. Francouzský 57. pěší pluk pokračoval v útoku, přestože byl téměř celý roztrhán mušketovou palbou ze všech stran. Jejich odvážné chování si vysloužilo dva Bagrationovy výkřiky „Bravo“ a právě tehdy byl 2. vrchní velitel zasažen střepinami granátů do nohy. Jeho podřízení ho rychle odnesli na bezpečné místo mimo boj a zároveň se snažili utajit, co se stalo, ale Bagrationova nepřítomnost byla brzy zpozorována. Rozšířily se zvěsti o jeho zabití a morálka jeho vojáků začala stále více kolísat. Bagration, který nyní nebyl schopen situaci zvládnout, trval na tom, aby se z bojiště nepřesouval, dokud nebude bitva rozhodnuta, a doufal v úspěch 2. kyrysnické divize generála Duky. Kyrysníkům se podařilo porazit síly maršála Neye, ale zpráva o zasažení Bagrationa se rychle rozšířila a přinesla zmatek a zhroucení morálky uvnitř 2. armády. Její řízení se zhroutilo, takže ruské síly začaly ve zmatku opouštět své pozice a ustupovat před drtivým francouzským útokem. Bagrationovy flétny byly opuštěny a ponechány Francouzům, ale stálo je to obrovskou cenu. Z 60 000 francouzských vojáků, kteří se operace zúčastnili, bylo asi 30 000 zabito nebo zraněno. Ruské ztráty byly také vysoké, ale menší. Bitva však skončila bezvýsledně a obě strany se vrátily do svých původních zón nasazení. Bitva vyčerpala Napoleonovi poslední bojové schopnosti a zdroje a nakonec ho donutila vzdát se plánu na dobytí Ruska, když vstoupil do prázdné Moskvy.