Restoration
Målsætningerne i Yellowstones Native Fish Conservation Plan (2010) omfatter genoprettelse af YCT’s forekomst i søen til det niveau, der blev dokumenteret i slutningen af 1990’erne, opretholdelse af adgangen for gydende YCT i mindst 45 af Yellowstone Lake’s 59 historiske gydetilfloder og opretholdelse eller genoprettelse af genetisk ren YCT i det nuværende omfang af vandløb, der er besat af ren eller hybrid YCT.
Lamar River
Da der ikke findes nogen hindringer for fiskevandring opstrøms i hovedløbet af Lamar River, har efterkommere af regnbueørreder, der blev udlagt i 1930’erne, spredt sig til mange steder i hele vandløbsoplandet og hybridiseret sig med ørred. Genetiske analyser viser, at cutthroat-ørreder i hovedvandløbet af Lamar-floden forbliver genetisk uforandret.
For at beskytte de resterende Yellowstone cutthroat-ørreder har NPS gennemført en selektiv fjernelse. I 2014 blev der indført en obligatorisk bestemmelse om obligatorisk aflivning af alle regnbueørreder, der fanges opstrøms broen ved Lamar River, på alle regnbueørreder, der fanges opstrøms Lamar River-broen. De nuværende regler fastsætter, at alle ikke-indfødte fisk og identificerbare cutthroat x regnbueørredhybrider opstrøms Knowles Falls skal aflives. Selektiv fjernelse ved elektrofiskeri er blevet gennemført årligt gennem Lamar Valley siden 2013. I 2019 blev 7 % af de fisk, der blev udtaget prøver af under elektrofiskeundersøgelser opstrøms Lamar River Canyon, klassificeret som regnbue- eller hybridørred. Denne lave procentdel står i skarp kontrast til det arbejde, der er udført nedstrøms kløften.
I 2015 blev der udtaget prøver af 136 fisk nedstrøms Lamar River-broen. Baseret på identifikation på stedet var 48 % Yellowstone cutthroat ørred, 19 % regnbueørred og 31 % hybridørred. Størstedelen af disse fisk blev mærket med radiosendere eller passive integrerede transpondermærker (PIT) som led i et igangværende forskningsprojekt med henblik på at fastslå, om Yellowstone cutthroat-, regnbue- og hybridørreder bruger de samme områder til at gyde og gydetidspunktet og for at informere om forvaltningstiltag.
Slough Creek
I Slough Creek er der fundet regnbue- og cutthroatørredhybrider med stigende hyppighed i løbet af det seneste årti. I modsætning til Lamar River er Slough Creek mindre, og der er bygget en barriere for fiskens bevægelse opstrøms. Med en barriere på plads og regnbueørreder, der ikke længere kan passere ind i systemet, kan de eksisterende regnbue- og hybridørreder forvaltes effektivt med lystfiskeri og fjernelse ved elektrofiskeri.
Soda Butte Creek
Børneørreder blev etableret i Soda Butte Creek uden for parkens grænse og spredte sig nedstrøms i parkens farvande i begyndelsen af 2000’erne. I første omgang blev bækørreden isoleret i de øverste vandløbsstrækninger af en kemisk barriere, der blev skabt af mineforurening opstrøms Cooke City, Montana. Da mineaffaldet blev afdækket, og vandkvaliteten blev forbedret, kom bækørreden nedstrøms og begyndte at have en negativ indvirkning på cutthroat-ørreden.
I næsten to årtier var de tværministerielle elfiskeriundersøgelser nok til at holde bækørredbestandene nede, men de forhindrede ikke udvidelsen af udbredelsen. Med tiden spredte bækørreden sig nedstrøms og blev en trussel mod Lamar-floden. Desuden blev der fortsat konstateret hybridisering af regnbueørreder i cutthroat ørreder opstrøms Ice Box Canyon.
I 2013 blev Ice Box Falls ændret til at være en fuldstændig barriere for fiskebevægelser opstrøms, hvorved truslen fra ikke-hjemmehørende fisk, der bevæger sig opstrøms, blev helt elimineret. Næsten 450 bækørreder blev fjernet under den kemiske behandling i 2015. Der blev kun indsamlet to bækørreder fra Soda Butte Creek under en anden behandling i 2016. Siden 2017 er der ved eDNA- og elektrofiskeprøver samt elektrofiskeundersøgelser ikke fundet tegn på bækørred i systemet. Dette er en god indikation af, at der blev opnået en fuldstændig aflivning i afvandingen.
Elk Creek Complex
Der er en naturlig kaskadebarriere i Elk Creek lige opstrøms fra dens sammenløb med Yellowstone River. Kaskaden forhindrede fisk i at befolke systemet naturligt, så Elk, Lost og Yancey Creek-komplekset af vandløb (Elk Creek-komplekset) var fiskeløst, da det første gang blev udlagt med cutthroat-ørred i begyndelsen af 1920’erne. I 1942 blev vandløbene udlagt med bækørreder, hvilket resulterede i et fuldstændigt tab af ørreder.
Elk Creek Complex blev behandlet med rotenon hvert år fra 2012 til 2014 for at fjerne bækørreder. Da der ikke længere var bækørreder, begyndte genindførelsen af indfødte Yellowstone-ørreder. Antelope- og Pebble-bækkene leverede fisk til udsætning af Elk Creek Complex i oktober 2015. Der blev foretaget yderligere udsætning i 2016 og 2017. Der blev også dokumenteret naturlig reproduktion i 2017 under elektrofiskeundersøgelser.