Saunders skrev oprindeligt under med Florida Marlins’ minor league-system i 1992, et år før deres udvidelsessæson. Han måtte gennemgå en rekonstruktiv operation af sin albue i 1994.
Florida MarlinsRediger
Saunders kom med i Marlins’ startopstilling på åbningsdagen i 1997, og på trods af en knæskade, der kostede ham syv uger midt i sæsonen, endte han med et resultat på 4-6 i 22 starter, hvor hans tre første sejre kom mod Atlanta Braves. Marlins opnåede en wild card-plads i slutspillet i 1997, og efter at være blevet udeladt fra Division Series-holdet, blev Saunders sat på holdet i LCS mod Braves. Han startede kamp 3 i serien, som Liván Hernández vandt i stedet for Saunders.
I World Series startede Saunders kamp 4 mod Cleveland Indians, men tog tabet efter at have givet seks fortjente runs i to kastede innings; ikke desto mindre fik han en World Series-ring, da Marlins besejrede Cleveland i syv kampe.
Tampa Bay Devil RaysRediger
Saunders var et af de mange medlemmer af det hold, der forlod Marlins efter den sæson og sluttede sig til Rays i deres første sæson efter at have været det første valg i MLB Expansion Draft i 1997. Saunders var 9. i den amerikanske liga i strikeouts, men også 1. i walks, da han kæmpede sig til en 6-15 rekord. Saunders’ 1999-sæson var kortvarig, da han gik 3-3 med en ERA på 6,43.
Den 26. maj 1999, mens han kastede mod Texas Rangers, pådrog Saunders sig en bizar armskade, mens han kastede mod Juan Gonzalez. Da han var ved at levere et 3-2 kast til Rangers’ slugger, knækkede hans pitchingarm pludselig med tilstrækkelig kraft til, at lyden kunne høres i hele boldbanen. Saunders kollapsede efterfølgende på højen, skreg af smerte og slog sin højre arm i jorden. I løbet af få øjeblikke skyndte holdets træner Jamie Reed og holdkammeraterne John Flaherty og Kevin Stocker sig hen til hans side. Saunders måtte bæres af banen, da smerten var for stor til, at han kunne gå. Han fik konstateret et brud på overarmsknoglen og revet ledbånd i armen, en skade, der var alvorlig nok til at afslutte hans sæson.
Saunders forsøgte at genoptræne skaden og gøre comeback, og blev sendt til Single-A for at kaste i en genoptræningsopgave i august 2000. Under kampen knækkede Saunders’ overarmsknogle igen på nøjagtig det samme sted, som den havde gjort før. Han trak sig tilbage i en alder af 26 år umiddelbart efter.
Saunders vandt Tony Conigliaro Award i 2000.
Efter baseball arbejdede Saunders som børsmægler. I 2005 annoncerede Saunders et comeback, idet han underskrev en minor league-kontrakt med Baltimore Orioles og blev optaget på deres forårstræningsliste. Han kastede en inning mod St. Louis Cardinals, inden han blev sendt tilbage til de mindre ligaer. Han forblev opført på Bowie Baysox’ liste i hele 2005-sæsonen, men kastede aldrig i en kamp, selv om han optrådte i 9 kampe for Mesa Miners i Golden Baseball League.