Restoration
Målen i Yellowstones plan för bevarande av infödda fiskar (2010) är bland annat att återställa förekomsten av YCT i sjön till den nivå som dokumenterades i slutet av 1990-talet, att bibehålla tillgång till lekvatten för lekande YCT i minst 45 av Yellowstone Lake’s 59 historiska lekande bifloder, och att bibehålla eller återskapa genetiskt ren YCT i den nuvarande omfattningen av de vattendrag som upptas av ren eller hybrid YCT.
Lamar River
Då det inte finns några hinder för fiskvandring uppströms i huvudfåran av Lamar River har ättlingar till regnbågsöring som utsattes på 1930-talet spridit sig till många platser i avrinningsområdet och hybridiserat med öring. Genetisk analys visar att kutthroatöring i Lamar-flodens övre vattendrag förblir genetiskt oförändrad.
För att skydda de återstående kutthroatöringarna i Yellowstone har NPS infört en metod för selektivt avlägsnande. En obligatorisk reglering av dödligt fiske på alla regnbåge som fångas uppströms Lamar River Bridge infördes 2014. I de nuvarande bestämmelserna anges att alla icke-inhemska fiskar och identifierbara hybrider av cutthroat x regnbåge uppströms Knowles Falls måste dödas. Selektivt avlägsnande genom elfiske har genomförts årligen genom Lamardalen sedan 2013. Under 2019 klassificerades 7 % av den fisk som togs i prov vid elfisketester uppströms Lamar River Canyon som regnbåge eller hybridöring. Denna låga procentandel står i stark kontrast till det arbete som utförts nedströms Canyon.
Under 2015 togs prover på 136 fiskar nedströms Lamar River Bridge. Baserat på fältidentifiering var 48 % Yellowstone Cutthroat Trout, 19 % regnbågsöring och 31 % hybrider. Majoriteten av dessa fiskar märktes med radiosändare eller passiva integrerade transponder (PIT) som en del av ett pågående forskningsprojekt för att fastställa om Yellowstone cutthroat-, regnbåge- och hybridöring använder samma områden för att leka och lektidpunkt och för att informera om förvaltningsåtgärder.
Slough Creek
I Slough Creek har hybrider av regnbåge och kutthroatröding hittats allt oftare under det senaste decenniet. Till skillnad från Lamar River är Slough Creek mindre, och ett hinder för fiskens rörelse uppströms har byggts. Med ett hinder på plats och regnbågsöring som inte längre tillåts passera in i systemet, kan befintlig regnbågs- och hybridöring hanteras effektivt med fiske och elfisken för att ta bort den.
Soda Butte Creek
Brödöring etablerade sig i Soda Butte Creek utanför parkens gränser och spred sig nedströms till parkens vatten i början av 2000-talet. Till en början isolerades bäckrödingen i uppströms liggande vattendrag av en kemisk barriär som skapades av gruvföroreningar uppströms Cooke City, Montana. När gruvavfallet täcktes och vattenkvaliteten förbättrades, kom bäckrödingen nedströms och började påverka öringen negativt.
Under nästan två decennier räckte elfisketesterna mellan myndigheterna till för att hålla bäckrödingspopulationerna på en låg nivå, men de förhindrade inte en utvidgning av utbredningsområdet. Med tiden spred sig bäckrödingen nedströms och blev ett hot mot Lamar River. Dessutom fortsatte man att identifiera hybridisering av regnbågsöring i mörtforell uppströms Ice Box Canyon.
2013 ändrades Ice Box Falls så att det blev en fullständig barriär för uppströmsflyttning av fisk, vilket helt eliminerar hotet från icke-inhemska fiskar som färdas uppströms. Nästan 450 bäckrödingar avlägsnades under den kemiska behandlingen 2015. Endast två bäckrödingar samlades in från Soda Butte Creek under en andra behandling 2016. Sedan 2017 har eDNA- och elfiskesamplingar samt elfiskesundersökningar inte gett några bevis på förekomst av bäcköring i systemet. Detta är en god indikation på att en fullständig avlivning uppnåddes i avrinningen.
Elk Creek Complex
Det finns en naturlig kaskadbarriär i Elk Creek strax uppströms från dess sammanflöde med Yellowstone River. Kaskaden hindrade fisk från att naturligt befolka systemet, så Elk-, Lost- och Yancey Creek-komplexet av vattendrag (Elk Creek Complex) var fiskfritt när man först satte ut cutthroat-öring i början av 1920-talet. År 1942 utsattes bäckarna med bäckröding, vilket resulterade i att öringen helt försvann.
Elk Creek Complex behandlades årligen med rotenon från 2012 till 2014 för att avlägsna bäckröding. När bäckrödingen var borta började återinförandet av inhemska Yellowstone-öringar. Antelope och Pebble creeks levererade fisk för utsättning av Elk Creek Complex i oktober 2015. Ytterligare utsättning skedde 2016 och 2017. Naturlig reproduktion dokumenterades även 2017 under elfiskestudier.