Sir Ernst Boris Chain, (född 19 juni 1906 i Berlin, Tyskland – död 12 augusti 1979 i Mulrany, Irland), tyskfödd brittisk biokemist som tillsammans med patologen Howard Walter Florey (senare baron Florey) isolerade och renade penicillin (som upptäckts 1928 av Sir Alexander Fleming) och utförde de första kliniska försöken med antibiotikan. För sitt banbrytande arbete med penicillin delade Chain, Florey och Fleming 1945 Nobelpriset i fysiologi eller medicin.
Chain tog examen i kemi och fysiologi vid Friedrich-Wilhelm-universitetet i Berlin och ägnade sig sedan åt forskning vid institutet för patologi, Charité-sjukhuset i Berlin (1930-33). Han tvingades fly från Tyskland på grund av Adolf Hitlers antisemitiska politik och gick först till universitetet i Cambridge, där han arbetade under Sir Frederick G. Hopkins, och sedan (1935) till universitetet i Oxford, där han arbetade tillsammans med Florey med penicillin.
Chain var direktör för det internationella forskningscentret för kemisk mikrobiologi, Superior Institute of Health, Rom, från 1948 till 1961. Därefter blev han medlem av fakulteten vid Imperial College, University of London, där han var professor i biokemi (1961-73), professor emeritus och senior research fellow (1973-76) samt fellow (1978-79). Chain blev adlad 1969.
Förutom sitt arbete med antibiotika studerade Chain ormgifter; spridningsfaktorn, ett enzym som underlättar spridningen av vätskor i vävnad; och insulin.