Alexis
Michels son Alexis (Aleksej Michajlovitj), som senare generationer betraktade som en förebild för en välvillig och mild tsar, inledde sin regeringstid på ett dåligt sätt. Liksom sin far kom Alexis till tronen som en ren pojke. Den pojkar som kontrollerade regeringen, Boris Ivanovitj Morozov, inledde genast en politik som förde regeringen till katastrofens brant. Morozov sänkte regeringens löner; han införde också en skatt på salt och ett statligt monopol på tobak, vilket ledde till utbredd nöd och missnöje och det senare till kyrkans fördömande. Samtidigt alienerade han bojargrupper som stod tronen nära genom sin inblandning i sin skyddslingars äktenskap.
Med tillstånd av Statens historiska museum, Moskva
Morozovs agerande förvärrade en redan farlig situation i landet. Stadsbefolkningen och i synnerhet tjänstefolket belastades hårt av skatter och andra förpliktelser och blev alltmer arga på den härskande klickens växande rikedom och makt. Under ett upplopp i Moskva i maj 1648 omringade en mobb den 19-årige tsaren och krävde att Morozov och de ledande tjänstemännen skulle avrättas. Några av de sistnämnda kastades till mobben, och en kort skyddande exil ordnades för Morozov. Morozovs bojarfiender, som kan ha medverkat till upploppet, tog kontroll över affärerna och genomförde en rad reformer. Saltskatten och tobaksmonopolet upphörde, och en kommission inrättades för att utarbeta en ny lagbok. Allvarliga oroligheter fortsatte i städerna i norr, särskilt i Pskov och Novgorod, där det krävdes våld för att återinföra auktoritet.
I Novgorod var den viktigaste aktören i regeringens intresse metropoliten Nikon, en energisk och auktoritär munk som hade skaffat sig inflytelserika vänner i Moskva när han var archimandrit i familjen Romanovs kyrka och som fortsatte att ihärdigt kultivera tsaren och hans relationer när han var i Novgorod. År 1652 fick han patriarkatet på grund av sina förfrågningar. Enligt traditionen krävde Nikon, innan han accepterade tjänsten, en förklaring om full lydnad i religiösa och moraliska frågor från tsaren. Under de första åren av Nikons ämbetsperiod var hans relationer med Alexis och hovet goda. Patriarken genomförde med officiellt stöd ett antal liturgiska och organisatoriska reformer och omgav sig med en imponerande byråkrati med statsapparaten som förebild. Relationerna med tsaren blev dock ansträngda 1658, och efter att han offentligt hade blivit nobbad av Alexis meddelade Nikon att han övergav patriarkatet. Han hävdade senare att han helt enkelt hade gått in i tillfällig avskildhet, men hans faktiska makt och inflytande var slut.
Den viktigaste händelsen under Alexis regeringstid var annekteringen av östra Ukraina. Hans regering hade fortsatt den tidigare politiken att undvika förvecklingar i väst samtidigt som den expanderade österut, men kunde inte motstå den möjlighet som erbjöds 1654 när Bohdan Khmelnytsky, ledaren för en kosackrevolution mot det polska styret i Ukraina, vädjade till Moskva för att få den hjälp han inte hade kunnat få från Sverige och turkarna. Moskva accepterade hans lojalitet i utbyte mot militärt stöd och blev på så sätt indragen i en långvarig kamp med Polen och Sverige om de ukrainska, vitryska och baltiska territorierna. Till en början gick kriget bra, men de ukrainska och moskovitiska allierades olika mål visade sig snart. När Karl X av Sverige gav sig in i striden mot Polen slöt Alexis fred, 1656; han fruktade ett starkt Sverige lika mycket som ett starkt Polen. Moskovitiska styrkor kastade sig in i krig med Sverige om de estniska, livländska och karelska territorierna längs Östersjökusten. Situationen i Ukraina blev alltmer förvirrad och farlig för Moskva, och det var nödvändigt att avsluta kriget med Sverige 1661, även till priset av att än en gång ge upp Östersjökusten.
I Ukraina fick kriget en ny aspekt när Peter Dorosjenko, en ny ledare, 1664 ställde sig under ottomanernas beskydd. Turkarna deltog i ett antal större militära operationer som alarmerade både Polen och Moskva tillräckligt för att få dem att sluta vapenvila i Andrusovo (1667). Polen erkände Moskvas kontroll över östra Ukraina och Kiev, medan Moskva gav upp den del av Ukraina som ligger väster om Dnepr och större delen av Vitryssland.
Freden förbättrade inte regeringens ställning nämnvärt, för samma år inleddes en hotfull rörelse bland donkosackerna och bönderna i Volga-regionen, som leddes av Stenka Razin, och en politisk strid inom de inre kretsarna vid hovet, som orsakades av Alexis hustrus död. Efter två år gifte sig Alexis med Nataliya Naryshkina. År 1676 dog dock Alexis själv, och Fjodor, en sjuklig son till hans första hustru Mariya Miloslavskaya, efterträdde honom. En kamp började mellan de rivaliserande familjerna Narysjkin och Miloslavskij. Narysjkinerna landsförvisades och Miloslavskijerna, med sina klienter och anhängare, tog över. År 1682 dog emellertid Fjodor, och Narysjkinfraktionen försökte placera hans halvbror Peter på tronen i stället för Fjodors helbror, den sjuke Ivan. Elitkåren av streltsy (en ärftlig militärkast) revolterade och instiftade Ivans äldre syster Sophia som regent. För Peter den stores trontillträde och regeringstid, se nedan Peter I:s (den stores; 1689-1725) regeringstid.